這支在當時共產黨率領下已算龐大的部隊給日軍帶來了沉重的打擊。 為此，毛澤東還曾親自誇讚呂正操：「堅持平原遊擊戰爭的模範，堅持人民武裝鬥爭的模範」。
而抗日根據地的發展勢頭也引起了日軍強烈的恐慌，日軍開始對抗日根據地不斷的發動合圍掃蕩。 呂正操面對這種危局依舊從容不迫，他深知敵後武裝抗日的精髓，發展出了著名的"地道戰"、"地雷戰"等戰術。
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蠡縣、無極、定縣、新樂等縣開展的兩種戰術是最早的，收效也最顯著。 地雷在這些地方猶如奪命的死神鐮刀，轟轟烈烈地收割著敵人的生命。 冀中軍區的軍民們發揮著勞動人民的智慧，讓日軍的探雷工事如啞了一般
日軍視這「土八路的爆炸物」為眼中釘肉中刺，多次遭受到慘烈的打擊。 為了摧毀掉冀中抗日根據地，1942年5月開始日軍召集5萬兵馬及數萬偽軍，配備3個中隊的飛機和數十輛坦克，發動大掃蕩。
生死存亡之際，呂正操身先士卒，視死如歸，同部隊一起進行了兩百多次的戰鬥。 冀中根據地的戰場是一塊大平原，無險可守。 呂正操就指揮部隊，靈活運用多種新戰法粉碎敵人的圍剿和掃蕩。
他在冀中軍區進行酣暢淋漓的抗日之旅，後來去晉綏軍做司令，直到抗戰結束，成功地打回到東北老家去
部下是日後開國大將，呂正操主動讓位
1945年日本宣布無條件投降，呂正操任東北民主聯軍副總司令兼西滿軍區司令員。 當時日軍陸陸續續退離中國的土地，但仍然有不少的日軍部隊滯留在中國作亂，同時東北匪患仍舊猖獗，呂正操的西滿軍區便負責肅清。
同年，黃克誠率領新四軍第三師來到了東北與西滿軍區合併。 合併后的西滿軍區中，呂正操任軍區司令，黃克誠任副司令。 在同黃克誠的協作過程中，呂正操發現這名副司令的才能果然非同凡響，遇上難纏的匪患問題，沒過多久心中就有了決斷。
黃克誠的履歷呂正操是知曉的，1925年加入共產黨，是老革命了。 原本呂正操擔心這位老黨員此前做的都是政委的工作，打仗這塊恐有失，沒想到用兵和政治教育一樣了得，有些地方甚至比自己
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這讓呂正操覺得兩人待在一塊有些許浪費，黃克誠單憑才能的出眾就不適合做他的副司令，理應做正職位才是。 於是呂正操當即向東北局發函申請調度，將自己調離了西滿軍區。
黨接受了呂正操的申請，將之調回到總部去，但仍然任東北民主聯軍副總司令。 1946年，東北鐵路管理總局成立，呂正操擔任局長兼政委。
1955年，呂正操被授予了上將軍銜，肯定了其在抗日戰爭時期為中國做出的傑出貢獻。 而黃克誠則被授予了大將軍銜，在大將中位列第三，可見當時呂正操的眼光，他的讓位也更加令人
呂正操與鐵路的不解之緣，源於家裡菜地邊上的南滿鐵路。 雖然日軍的暴行給人民帶來無數的損失，但是呂正操也是看到了日本對鐵路管理之道，心裡悄悄埋下了修鐵路的種子。
在他擔任東北民主聯軍副總司令時，主管後勤工作。 為了保障軍備補給運輸，他首先要解決鐵路修復問題。
1945年至1946年間，他總共修復的東北解放區鐵路的通車里程達到4690公里左右，後來到鐵路局任局長也就順理成章了。
為了做好這件事情，呂正操進行了系統化的研究，將鐵路視為國民經濟發展的基礎設施，要將鐵路管理做到科學化、正規化。 他寫的報告引起了毛澤東的關注，在1949年3月的二中全會上，毛澤東對他說："你寫的報告寫得很好！ 我們就是要加大力度搞建設
呂正操頗為謙虛，真誠地回道：「我講的有不少是外行話。 "毛澤東並不在意，反正笑著說："外行可以變內行嘛！"
至此，呂正操與鐵路的緣分便正式展開。 建國以後，他面對的鐵路線最困難的一條便是成昆線。 那段鐵路建設之重要難度之高，令毛澤東一想起來就徹夜難眠。
呂正操直言：「要讓主席睡好覺。 言下之意便是一定要修建好成昆線。
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