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「交通部主管自由貿易港區事業營運管理辦法」即日起實施。申請經營自由港區事業應符合從事貿易、倉儲、物流、貨櫃（物）集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修配、加工、製造、展覽或技術服務等事業。對於申請籌設許可之自由港區事業案件，由自由港區管理機關會同海關進行審查，必要時得成立審查小組辦理審查事宜，如涉及特許事項者，並請該特許事項主管機關派員會同審查。

辦法規定，申請入自由港區經營自由港區事業之投資人，應向自由港區管理機關 申請預訂公有土地或設施，並於提出籌設許可申請前，按下列基準繳存預約定金及簽訂預約書：
一、土地預約定金：按預訂土地面積六個月之租金標準計算。
二、設施預約定金：預購者，按預訂設施面積售價百分之五計算；預租者，按設施面積一年之租金計算。

申請經營自由港區事業，應檢具相關文件，如申請書、營運計畫書、貨物控管、貨物電腦連線通關及帳務處理作業說明書等向管理機關申請籌設許可。

　申請入自由港區籌設自由港區事業，由管理機關於受理申請或補正完備後三十日內作成決議許可籌設或駁回其申請，並以書面通知申請人審查結果。申請籌設應具備之文件不全或其記載內容不完備者，管理機關應通知申請人於三十日內補正；逾期不補正或補正而仍不完備者，不予受理。

　經許可籌設之自由港區事業，應按營運計畫於籌設許可之日起二年內完成籌設，管理機關並得會同有關機關依營運計畫進行勘驗；因不可歸責事由未能按營運計畫完成者，得於期限屆滿前，以書面向管理機關申請展期，展期以二次為限，每次不得超過六個月。

至於籌設期間申請營運計畫變更者，應向管理機關申請核准。自由港區事業籌設完成後，應向管理機關申請營運許可，經管理機關受理後，應會同有關機關就自由港區事業工廠內機器設備之裝置、安全衛生設施、勞動條件、污染防治等事項進行勘查，並會同海關勘查下列事項：
一、自由港區事業應設置電腦連線設備實施營運、貨物控管及帳務處理等作業，並應提供管理機關及海關所需艙單、報單等電子資料。
二、自由港區事業應設置專責人員二人以上處理自主管理事項相關業務。前項勘查發現有未依計畫內容進行籌設者，管理機關及有關機關得限期命其改善；屆期未改善者，由管理機關駁回其營運許可之申請。經勘查合格者，由管理機關發給營運許可證。

　有關國際航空站、國際商港管制區域及其毗鄰地區管制範圍，經劃設為自由港區者，原在區內經營之事業，得檢附申請文件，逕依規定向管理機關申請自由港區事業營運許可。自由港區事業經營港區貨棧業務，於取得管理機關營運許可後，應依海關管理進出口貨棧辦法等相關規定，向海關辦理登記。