邱妙津是個備受爭議的作家。她描繪女同性戀的愛欲，塑造強烈鮮明的Ｔ形象，以及Ｔ－婆的關係。她的小說以女同志為主題與主體，締造了九零年代台灣女同志書寫的里程碑。《鱷魚手記》裡的敘事者「拉子」已成為女同志的認同和代稱。她藉「鱷魚」批判異性戀社會，亦使「鱷魚」成了某些女同志自我認同的身分。然而邱妙津的意識形態毋寧是保守的。在她最著名的《鱷魚手記》與《蒙馬特遺書》兩長篇之中，字裡行間皆表現出強烈的男性／陽剛認同，以啟蒙者、書寫者、藝術家的身分企圖操控情慾、生命和文學的文本，追求絕對的愛與美。
從邱妙津的作品中也可讀出她內化了社會歧視，以邊緣人、畸零人自居，使同性愛欲成為禁斷之愛的同時，也或多或少地陷溺於愛情大悲劇的想像，製造撕扯之間張力滿溢的美感。在人頭馬身的自我心象，與迷戀悲劇之愛的美學信仰，兩者交互作用之下，邱妙津遂不可自拔地旋起死亡之舞，最終甚至以肉身證成書寫。
愛欲的原型
「從前，我相信每個男人一生中在深處都會有一個關於女人的「原型」，他最愛的就是那個像他「原型」的女人。雖然我是個女人，但是我深處的「原型」也是關於女人。」(鱷魚手記，頁十)
邱妙津的心理學背景，使她的書寫援用心理分析(psychoanalysis)式的語言，而呈現出關係中介乎意識與無意識之間，種種幽微複雜的互動，同時許多意象與符號也皆是從學術概念與術語轉化而來。「原型」(archetype)此一概念正是源於C. G. Jung分析心理學的理論。Jung認為人格原型包含著「陰質」與「陽質」，亦即人格中男／女性的層面，而非關於生理性別。在邱妙津較早期的短篇小說〈馬撤羅瓦解斷簡〉裡，她也將這個意象化為虛構部族的徽誌，中間有著男女合生圖形的「杜綠」：
（「我超出種族之外了……據尤克拉說只有初生時才看得到杜綠，它慢慢地從女性的半邊圖徵流過紅色到男性圖徵這一半。我的杜綠裡是完整的紅色圖案，叛徒。」）
完整的紅色圖案代表著同時具有男女兩性，是否象徵著雌雄同體？而雌雄同體者，是為異端、叛徒。邱妙津如此審判著小說裡的第一人稱敘述者「我」，也是自我定罪。在《鱷魚手記》中，Ｔ敘述者拉子在遇到水伶之前，只是「預期著將幹下與女人肌膚相親的滔天大罪」，但水伶出現，愛欲有了「指名性」的對象，遂無比確實、無法逃避／否認了起來：
「水伶不要再敲我的門了。你不知我的內心有多黑暗。我根本不知道我倒底是誰，隱約有個模糊的我像浮水印在前面等我，可是我不要向前走，我不要成為我自己。我知道謎底，可是我不要看到它被揭開。……你將成為我開啟自己的鑰匙」(《鱷魚手記》，頁二四)
人面獅身的心象
台大時期，邱妙津的作品雖同時展現了對生活、政治、學術、社會價值批判等的關懷，「愛情」仍是貫穿眾多文本的主線。《鬼的狂歡》、《寂寞的群眾》二書內集結的短篇小說，她以異性戀、甚至男男關係，描寫具有某種心理缺陷的男性主敘者面對愛欲的心理扭結：如〈臨界點〉以「歪嘴」、〈囚徒〉以幼年目睹母親與男子媾和而對性接觸產生不潔感的男子李文。唯一「女性」的主角則僅有〈柏拉圖之髮〉裡的羅曼史小說家。
邱妙津早期的書寫，美麗與醜陋的兩極意象使文字飽漲痛苦的詩情，但與晦澀的心理描寫及迂迴的情節合看，又暗示著同性禁斷之愛的絃外之音，而成為「衣櫃中」(closeted)的文本，也旁證了此時期的邱妙津，尚有無法將自己的Ｔ身分、此種「類似希臘神話所說半人半馬」Sphinx式的心象公諸於表的障礙。
邱妙津筆下的第一人稱敘述者，常認為只有Ｔ才具有真正的女同性戀身分。這顯然是因為在異性戀社會裡，性愛皆為男－女的模式，同時各有二分式涇渭分明的性別準範，Ｔ遂順著此一既有腳本，自以為「像男人般地」愛欲女人，而認為婆則仍是個「社會蓋印下的正常女性」：「你愛我仍是以陰性的母體在愛，你的愛可橫跨正常的男性，基本上你與一般女性不同的只是多出包容心，在我們的關係裡質變的是我，是我被你撕露陽性的肉體.....你並沒有被拋出來」（《鱷魚手記》頁一五五）。Ｔ背負不男不女的特殊身分，被拋擲於分類的格線之外，而欲尋求一個確切的形象以自我認同；邱妙津則使Ｔ認同採取順著「男性版腳本」走的途徑。
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