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自貿港區有助於台灣全島形成境外航運中心，並可吸引物流及大型航商來台投資，但各港定位及吸引的對象未來應予區分，才能獲致加分效益，相對台灣未來的政經穩定度及業者的經營成本，更是影響廠商進駐自貿港區的兩大關鍵因素。

　前交通部航政司長、現任路政司長李龍文指出，目前包括台北港BOT案八月將與廠商簽約，高雄港規劃建立的貨櫃中心，這些基礎設施在自貿港區制定完成設置管理條例並獲立法通過後，均有加成效益，未來台灣全島也都可能像新加坡一樣，形成一個自由貿易港區。儘管自貿港區條例是由經建會主導，相關部會支援，但未來仍由交通部主管，因自貿港區的「境內關外」特性與加工出口區不同，具有更多的優惠條件，因此現在雖然是「不患寡而患不均」，業者申請「先到先嬴」，但各港在定位釐清及成本的基本考量下，若仍做出進一步的完整規劃，以增加誘因，應不致造成過多現象，如現在的部分園區淪為荒廢的命運。

　自貿港區設置管理條例通過後，在經建會的評估當中，除了現有多項管制未來均能走向開放鬆綁，引進諸多經濟發展效益外，台灣港口將有望重現生機，進一步提昇國際競爭力，二○○三年之後的五年內，甚至可以增加一兆元的進出口貿易量，促成兩千多億元的投資，並創造十七萬五千個工作機會，這將是台灣發展成為區域營運中心的一大契機。

　不過，部分學者對自由貿易港區的未來發展，仍持保留態度。成功大學交通管理科學研究所副教授呂錦山認為，儘管台灣的生產、製造、加工佔有一定優勢，但政治穩定度、行政效率、勞工成本、租稅優惠條件、原物料取得、社會治安、能源成本、外資政策保障、通關的便利性及土地取得成本若無法符合業者的期待，仍會影響廠商進駐自貿港區的投資意願。

　針對「影響廠商進駐自由貿易港區因素」，呂錦山曾進行一次問卷調查，分析結果顯示，總計多達廿九項因素將影響廠商進駐自由貿易港區進行投資，而政經穩定度及成本，則是其中的兩大關鍵變數。這項調查係以國內前五百大績優進出口製造業為主，但進駐廠商未來還包括物流、金融、貿易等產業，因此將列為下一波的研究調查對象。

　由於自由貿易港區設置管理條例對於交通部所屬的中正、高雄機場及四個國際港均列入推動實施對象。李龍文認為，未來整個台灣將會形成自由貿易港區，包括基隆、高雄、花蓮、台中四大國際商港，以及麥寮工業港、國際空港或內陸場站，但其關鍵在於成本，以及外勞薪資的適用問題，未來自由貿易港區的設置，港務局、民航局為管理機構，職掌將包括港區業務規劃及營運管理策略、投資事業審查、單一窗口服務、自由港區的行銷等。
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　依規劃，自貿港區設置地點位於國際海空港或與其相毗鄰的土地，面積超過卅公頃者，而港務局或民航局均可為開發主體的身份，再循法定程序申請設置，並享有管制區內人員及貨物自由進出港區事業自主管理與租稅措施的配合等優惠，以協助企業走向全球運籌管理，現有港口、機場範圍及新建港口、機場相關範圍，如貨物園區也將會進行轉型。

　目前分佈在全球的六○○多個自由貿易港，已主導國際貿易流通樞紐及商品集散、交易中心，過去的傳統自由港，也已發展到今天的集商貿、加工、開發一體的綜合性自由貿易港，並成為全球開放度最高的經濟區域。台灣與新加坡、香港、上海等重要鄰近機場及港口相較，由於與亞太地區及西太平洋間平均航行時間最短，因此如何善用台灣優勢的地理區位，發揮機場與港口的良好設施，以提昇全球貨物供應鏈中的地位，將是自貿港區設置後的決定性因素。