關於捲款一事，教科書隻字未提，因此真實性也遭到不少人質疑，為丘逢甲辯護者，大多引用姚錫光所著東方兵事紀略的內容。
『５月２５自立之日，藩庫尚存四十萬兩，自軍興後，糧餉開支浩大，張之洞續撥三十萬兩……景崧微服混於弁勇中出逃，散兵游勇沿途劫掠，藩庫猶存銀二十四萬兩。』
許多人由此段文字推論，所謂的捲款只是誤傳，在東方軍事紀略裡，根本就沒有丘逢甲捲款的說法，而且軍餉早就被唐景崧帶走，其餘皆在唐景崧大開庫房之時，被搶奪一空。但是姚錫光只說唐景崧遁逃，並無提到唐景崧攜款，而台北之亂到底搶走了藩庫多少銀兩，書中沒有說明，所有的一切都只是猜測，是否姚錫光未提到丘逢甲，就表示丘老大當真沒做過這件事呢？
許多人圍繞在藩庫數字的加加減減，其實都忽略了一件事，所有的財資都集中於同一藩庫內嗎？官府不會笨到把雞蛋全放在同一籃子裡，但其他金庫位置在何處，又放了多少的財物，一直是個謎，光是板橋林維源就捐了一佰萬兩，其餘無明確數目者，北埔少年英豪姜紹祖，先後兩次仗義疏財，為抗日軍散盡家產，還有當地小富的捐助總額，這些錢的數字是多少，又何去何從，全是未公開的爛帳，以當時抗日未興、軍備未齊的狀況，資金動用不多，絕大多數仍在官方手中，是否如同陳基昌在《台島劫灰》所述：『計台省防辦一年，大小各官無不市利三倍。』以致募來款項被官員中飽私囊，因此帳目不清不楚無法記載明細，所以丘老大是否捲款，若有則是拿了多少，大概只有他本人才知道了。
曾有那麼多人為丘老大辯護，但丘老大的得意弟子的謝雪漁，卻表達的過於含蓄與旁觀，不敢提出自己的意見，在其《乙末抗日什記》中，以旁觀者態度留下這一段話：『當台灣割讓，馬關條約署印時，丘師代表電爭，與甚憤激！家資席捲云者，以丘師只收拾家財，別無所取，恨云者，恨之不死國難，竟先盾逃也。』對於先師的捲款，謝雪漁用收拾家財別無所取輕輕帶過，沒有附帶任何的佐證來護師，再看台灣通史裡，連爺爺的爺爺，大膽指控丘逢甲，謝雪漁卻未針對此事表態，連、謝二人雖無深交，卻也不曾交惡，台灣通史在１９２０年付梓成書，而連橫與謝雪漁在１９３０年同為《詩報》顧問之一，身為同僚接觸機會當然更勝以往，可是謝雪漁對於先師捲款事宜，並未向連橫提出關切之意，再看謝雪漁當時在台灣文壇的牛耳地位，只要他肯站出來說上幾句話，就能平息眾家責難，但他並沒有這麼做，或許也有些默認的成份存在。
１９１２年丘老大逝世，台籍舉人林金城，寫下一幅對聯來紀念他。
盜臺軍餉，盜粵軍裝，軍法總能逃，事變兩番成大盜。
非清人物，非漢人材，人言終不息，心甘一死莫知非。
丘老大捲款，或許只是誤傳，但讓當代眾人訐譙，也未免誤傳的過於離譜，以較客觀的說法，丘逢甲應是從中拿了一些跑路費，做為盤纏之用，卻無誇大後的十萬兩，但詳細數字是多少，當時兵荒馬亂，說不定丘老大只是隨手一抓，也沒當場數過，反正他現在已經是愛國詩人的典範，捲款與否，倒也沒什麼人計較。
即使捲款之事不去計較，丘老大未戰先逃，就狹義來說，對不起自己筆下的憂國憤世，對不起乙未戰役中犧牲的同胞，就廣義而言，身為副總統與團練使，對不起台灣這塊土地，著文寫詩卻不能言行合一，狹義與廣義，都有愧於愛國之名。
有人說，丘逢甲落跑之日，是曆法上的誤差，其實丘逢甲離台是農曆６月６日，而乙未年逢閏五月，所以真正離台日是在西元７月２８日，但是，在丘老大的著作裡，包含《嶺雲海日詩樓鈔》與《柏莊詩集》，甚至連後人編纂的《丘逢甲文集》中，這段日子完全空白，即使有留下詩文，也沒提到當時形勢，因此曆法之說馬上就不攻自破。就算丘老大的離台日是７月２８，也不能掩蓋他落跑的事實，最重要的八卦山戰役發生在八月底，但丘逢甲人已離台並未參與，硬要爭執這中間的五十四天，不過是五十步笑百步。
同樣是六月離台，唐景崧與丘逢甲留人笑罵，黃飛鴻至今仍然受到大家敬重，畢竟黃大俠從甲午戰爭爆發時期，就隨著黑旗軍駐守台灣，而我們的愛國詩人丘老大，沒上過戰場也沒領教過烽煙殺戮，扛著團練使的頭銜，什麼都沒練到，就只有躲起來寫詩洩憤，再怎麼說，黃大俠終究是寶芝林的林長，軍醫與教頭，都只是臨時兼差的職務，於理，寶芝林上上下下一堆人等著他養，佛山鄉親裡裡外外等著他回來治病，台灣割讓已成事實，黃大俠沒必要再耗下去；於情，黃大俠從甲午年守護台灣至乙未，他這個非台人物，非台人材，為台灣付出已經夠多，於理於情，他對台灣仁至義盡，除了留下一身武藝與醫術，還種下一份景仰，永存於世人心中。
也許有人會說，丘逢甲是個文人，要文人上戰場過於苛求，其實，沒人希望丘老大上戰場，只希望他做好副總統的本份，很可惜總統落跑之後，副總統也跟逃，等於宣告抗日玩不下去，幸好台灣同胞自力救濟，各地義民揭竿四起，以傳統武器讓戰備精良的日軍吃盡苦頭，而且，沙場就義之人，像吳湯興這樣的一介書生還不少，為了守護自己的家園，願意拋下筆桿扛槍桿，還有像姜紹祖這般少年英雄，死時正值青春二十歲，老婆還挺著九個月大肚子，來不及見到自己的親生骨肉，也難怪連橫會說：獨惜其為吳湯興、徐驤所笑爾。
論勇氣，丘老大比不上吳湯興、徐驤、姜紹祖、詹振、簡大獅等人，說到才氣，劉永福運籌帷幄統御萬軍，讓黑旗軍不要錢、不要命、不要官威名遠播，丘老大也沒這能耐；若要比力氣，恐怕還不到黃飛鴻的十分之一，更河況黃大俠醫術精湛，更是讓丘老大望塵莫及。沒有勇氣、才氣、力氣，最後只剩下文人書生那股酸氣，遇有急難就先落跑，假口托辭憂憤國事；華人世界幾千年來的儒家思想，竟然培育出丘老大這般人物，當年孔老夫子雖然滿口仁義道德，倒也不是貪生怕死之輩，而且他老人家還能輕易撂倒子路，禮樂射御書數六藝皆能，怎知這班徒子徒孫盡學些皮毛，沒把真正精髓領會，只會躲起來寫詩去。
就某個層面來說，劉永福與丘逢甲一樣，都是在眾人未知的情況下偷偷離台，差別只在於劉永福十月離台，比丘逢甲多撐了五個月，但檢視背後的原因，劉永福一面部署戰略，一面向滿清政府求援得不到回應，即使在唐、丘二人離去之後，大家希望劉永福接下總統印信，劉永福依然自稱幫辦拒絕授印，最後，盡了一切努力還是無法挽回頹勢，成了『宰相有權能割地，孤臣無力可回天』的最佳代言人。而我們的愛國詩人丘逢甲，竟是未戰先怯，什麼都還沒做，就收拾細軟逃亡了。
從日軍登台後，一連串抗日行動，直到八卦山的慘烈血戰，滿清政府許多官員都已經看不下去，一方面是對台民的犧牲所不忍，一方面又被台民的精神所感動，紛紛上書希望政府與日方商議，更改條約內容，或撥款贖回台灣，其中最著名的一篇，為倉場侍郎鴻臚寺卿劉恩溥，在9月中旬所上書之奏文：『如割付之後，臺民即甘心歸附日人，中國原可置之不問；無如眾志成城、齊心抗拒，日人之所謂亂民，實我中國忠義之民也。在日人騎虎不下，必欲滅此朝食，自屬意中之事；惟此等義民慘罹鋒鏑、至死不變情形，實難恝置！試思各省偶遇災荒，多方賑濟，尚復不遺餘力；今兵荒更甚於災荒，若聽此數百萬生靈膏諸鋒刃，臣知皇上必有惄焉如擣者矣！臣思金、復、海、蓋等處既有三千萬金可以贖歸之議，似臺灣亦可商辦，日人決不至執意不從。可否飭下總理衙門王大臣邀集他國公使與之婉商，酌付數千萬金；即甚至再付二萬萬金，亦不為過？緣借款本非一時所能償清；再行借用，亦不過多展年限而已。若臺灣贖回後，即將該處地利認真興辦，似此項不至終歸無著。且可令臺民知皇上之不忍輕為棄擲，又可以保全中國之疆土，不致淪為異域；似於如天、如神之德尚相符合也。臣愚昧之見，是否有當？伏乞皇上聖鑒！謹奏。』
劉恩溥向來以詼諧奏文而聞名，但他這次收起了嘻笑怒罵，動之以情說之以理，卻不為朝庭所接受，當局以戰亂方息不宜多生事端為由，拒絕了劉恩溥的提議。滿清政府不願再次激怒日本，因此張之洞對劉永福的援助，只好由公開轉為地下，很可惜這招還是被日本人視破，不斷動用外交力量向滿清政府施壓，迫使李鴻章不得不扣住金援，讓張之洞的援助卡在上海，導致黑旗軍彈盡援絕。
本該戰死沙場的軍人，竟已餓死上百，看著子弟兵一個個倒下，劉永福自覺無顏面對眾人，從最初天地會的反清，到清庭招安護民，劉永福帶著這群人戰無不克，如今卻走到這個地步，頗有當年項羽烏江之憾，若要拔營回到廣東，一海之遙的路程，不知又要餓死多少人，幾番思量，只好步上唐景崧、丘逢甲的後塵，１０月２０日瞞著眾人偷偷離台，留下失去主帥、滿臉錯愕的黑旗軍弟兄。到了１０月２２日，日軍攻進台南，黑旗軍在饑饉狀態下，又戰死千餘人，總算日本人還有點良心，並沒有趕盡殺絕，剩下的五千多名戰俘，給予適當的水和食物，派船遣送至金門，
整個乙未戰役，就此終告結束。
劉永福離台前曾大嘆：內地諸公誤我，我誤台民。這句話雖把矛頭指向滿清政府，倒也承認自己的失敗，以他名振國際的聲望，願意自省誤了台民，可是我們的愛國詩人丘逢甲，千錯萬錯都是別人的錯，從沒檢討過自己，詩文中的滿腔悲憤，看來是如此清高，踏出書房後卻又不見有何作為，連爺爺的爺爺形容丘老大：觀其為詩，辭多激越，似不忍以書生老也。不忍書生老，結果還是書生到老，還好留下了一些作品，不然還真的成為典型的百無一用。
槍林彈雨有人衝
我輩驕貴命不同
遠避戰火傳詩文
沽名留予後人封
學學丘老大，我也來玩個打油詩，但我這粗俗台客不是書生，也不想當詩人搞的像濕人，詩人歸詩人，要說丘老大愛國，我還真不同意，可是教科裡書是這樣的尊稱，看來丘老大真是好福氣，生了個好兒子，要不是他兒子丘念台的加持，或許丘老大是個文人、詩人、教育家，而不會冠上愛國之名。
