Hardy將新島帶往他的自宅，讓他穿上西裝打上領帶以及大衣和長靴，夫婦兩人領著新島一同前往波士頓北方，坐火車約一小時的Andover，在那裡有一所私立的名門學校Phillips
Academy（美國總統布希以及小布希的母校）。Hardy年輕的時候也在此校就讀過，當時他是該校的理事，於是將這位日本的青年新島推薦給校長。
想必校長對於接納這位英語講的不好，年齡比同儕大了許多，黃皮膚黑頭髮的亡命客，是否能夠接受教導多少感到憂慮？至於新島原本“只要是學校就可以”結果卻進入水準格調這麼高的學校，應該也是感到相當的不安吧！
在Phillips Academy的隔壁有著一所Andover神學校，兩校之間沒著圍牆隔籬，得以經常觀察學生的一舉一動，新島深受該校學生高尚舉止的感染。另外住在新英格蘭（美國東北六州的緬因州、佛蒙特州、新罕布夏州、麻州、羅德島、康乃迪克州）的清教徒的生活起居與宗教信仰的契合，也帶給新島全新的感受。入學的次年新島因而決心受洗，並邀請Hardy夫婦前來觀禮，從此新島與Hardy夫婦的關係更加的緊密，超越了純粹保護者與被保護者的角色，成為了Hardy家族成員四個兒子裡再增加的一個兒子。
Phillips Academy畢業後，接下來到底是要如何的安排新島呢？Hardy夫婦確實認真的考慮過。最後他們決定讓向學精神極佳的新島繼續升學，所安排的學校位於波士頓西方，康乃迪克河流域的一個叫做艾姆赫斯特的小鎮，那裡有一所充滿基督教精神的大學，Hardy亦擔任校的理事，他並不考慮學費以及生活費的多寡，反倒是因為能讓新島接受基督教主義的教育，不嗇惜的繼續協助下去。
創立於1821年的艾姆赫斯特學院（Amherst College），源於威廉阿姆斯學院（Williams College）由會眾派與長老派，將喀爾文主義和清教徒主義融合共同設立的大學，歷任的校長都是神學博士並曾擔任過牧師的職務。該校主要招收來自清寒家庭，有著堅定信仰的學生，學校供給獎學金讓如此有為的青年學習課業，畢業之後還能持續升入神學院，期待學生將來獻身傳道事業做好牧師的準備工作。該校後來出過一位美國總統，他是第30任的總統（1923～1929）柯立芝（曾在哈丁總統之下當副總統，為人清廉勤勉，哈丁總統死後，他擔任總統職位，貫徹自由放任主義，因而造成了美國繁盛的巔峰時期）。
獲得理學士學位的新島，是第一位自美國大學畢業的日本學生。1870年大學畢業的那一年九月，新島又進入了Andover神學校，為將來從事傳道聖業做準備。隔年他與明治政府首位派駐海外的外交使臣森有禮見面，出身自薩摩藩（鹿兒島縣）年齡小新島四歲的森，早先留學英國兩年，後來轉到生活費較便宜的美國，那時兩人並沒有見到面。再次來到美國的他已經擁有官銜，而將來必是大人物的森，向新島提及日本國內的禁教即將開放，而正當國家求才若渴之際，希望能代償Hardy為新島所付出的一切費用。換句話說，倘若新島接受如此的安排，將受到政府的拘束，反而不能做個自由自主的公民了。
新島並沒有因為可以平步青雲，就忘卻情義違背初衷，他斷然的拒絕了森的要求，不過森還是發給了新島留學證書、護照，一筆勾銷了不法出國的情事。翌年的1872年日本政府派出「岩倉具視使節團」廣泛深入的考察歐美進步的典章制度。新島接受了歐美教育制度調查的委託，隨從文部理事官田中不二麻呂視察歐美各國的教育，歷經一年又四個月的考察行程結束後，新島起草了『理事功程』的報告書，此則成為明治初期教育改革的基礎。
新島未返回祖國前曾經想過，如果不能在日本傳播基督教，那麼先在學校當個老師，再慢慢等待解禁的日子。沒想到解禁的日子來的如此快，也就安心的繼續神學院的功課，期待早日取得聖職者的資格，將福音宣揚給日本國內的同胞。
1874年6月Andover神學校畢業之前，新島接受了美國海外傳道委員會的確認，該會當時已經派遣了八位的宣教士，在大阪、神戶從事宣教的工作，這些宣教士連名寫信給新島，邀請他在歸國後一同協助傳道事業。該會宣教士志願者的口試通過，新島被任命為美國海外傳道委員會的日本準宣教士。授証明朗之後，返國的交通費、日本的生活費、傳教的行動費這都將由委員會支付，至少解除了新島在返國後生計壓力上的些許不安。
接受過聖職者資格的儀式，以及出席者的祝福，結束美國所有的行程，新島從此就可順利的返回日本走上傳道之路了。但是事實上並不如此，新島的內心除了想著傳播福音外，還有別個志向，別個使命感在胸中醞釀著。這並不是說新島不熱心基督教的傳道，與其如此不如設立基督教主義的教育，這才是宣教最重要的根源，像是艾姆赫斯特學院的藍本一樣，就這個想法在新島的內心反覆翻騰著，或許這可說是新島所作的「白日夢」吧！
他將想法與師長好友分享卻得不到贊同，原因除了日本剛剛解禁250年之久的「切支丹禁制」（切支丹是由葡萄牙文的Christão天主教一詞的外來語音譯漢字）設立學校的時機還不成熟外，另外若是新島將重心放在學校設立的推動工作，教會在宣教上勢必少了重要的臂膀，這對於出錢出力訓練他的委員會來說，與當初的宗旨不相符，可能導致追二兔而不得一兔的結果？不過新島有另外一種的想法，與其漫無目的四處傳教，不如將基督教傳給前來大學接受教育的知識青年。在基督教氣氛的學園裡，除了可以直接傳播基督教義，亦可培育青年人良好的教養，就是無法兩全其美擇一專美，其實也是基督教對於日本近代化教育的一種貢獻。遺憾的是新島當時的見解，卻得不到任何一個人的支持！
在美國舉目無親苦讀多年的新島，孤獨之感油然而生，不過孤獨也使人得以成長，為山九韌豈可功虧一簣呢！返國前夕的新島，受邀參加美國海外傳道委員會的第65次年會，除了發表臨別感言外，他把握了此一機會，將設立基督教大學的理念報告傳達給與會的會眾。3000餘人的會眾大多數是慕名而來，有一位日本年輕人在美國接受了大學以及神學的教育，如今獲得了聖職者的資格，即將返國從事宣教的工作，大家對他充滿著相當大的關心與好奇心，因而前來聆聽他的致答詞。
面對這般踴躍出席的會眾，開始時新島是有點害怕，雙腿好似不聽使喚的發抖起來。逐漸鎮定後腳也不發抖了，進入演講的內容新島如入無我的境界，內容除了感謝自己在艾姆赫斯特學院所受的教育恩惠外，也提到祖國將來的安危，幸或不幸，不僅是政治的改良及物質文明的進步而已，更為重要的是國民必需要有教化的教育。如果自己安全的返回日本，最想設立一所基督教主義的大學，因而需要這方面的資金，敬請與會的弟兄姊妹們給我支持與幫助。在演講的當中，新島腦海裡想到無緣受教育的同胞，聲音嗚咽的哭了起來。演講的最後：「假使我沒有募集到設立基督教主義的大學的基金，我也不準備回日本了，並且會在這裡一直的站下去！」說完他就像根棒子矗立在講台上。
執事的人慌了起來，而會眾們聽了新島的述說後，是有著某個程度的理解但是也有著某些的疑惑？總之是想設立基督教大學需要設立的基金，因而大力疾呼大家樂捐這肯定是錯不了！突然間此起彼落的叫聲，一千美金、五百美金…陸續的從會眾的口中喊出，這一幕就成為了流芳百世的畫面。當中最為感人的，是有一位貧窮的老農夫走向新島的面前，將回程的火車車資二塊錢交到新島的手上。他說：「我不像其他的人能夠出那麼多的錢，但是這是我身上所僅有的，等一下我要用走的趕路回家了。」「怎麼？俺的腳力可沒那麼差呢。」說完那位老農夫就隱身於人潮之中。
當場所募集到的基金一共收到五千美金，對於像是籌辦艾姆赫斯特這樣的學校，大約需要五萬美金，五千美金雖然只是杯水車薪而已！不過設立基督教主義大學的目標在此拔錨揚帆起航。
闊別日本十餘年，時齡三十一歲的新島，終於滿載著理想，學成返回日本，最疼愛他的祖父、以及與他感情深厚的弟弟卻都已先後過世了！他回到安中（現在的群馬縣安中市）的老家盤桓數日，與雙親及姊姊們共敘家常外，親友們聞風而來求見，聽聽他講的國外奇聞逸事，可謂是門庭若市戶限為穿，最後只好借用學校或是寺廟來報告他的見聞。他也陸續的拜會政府要員，探詢設立學校的方法要領。
新島會選擇在關西地區設立學校，主要由於會眾派的宣教士都集中在神戶地區，委員會的派令也指派他到神戶報到。考慮交通聯絡的便捷，京都、大阪、神戶等關西地區他逐一的找尋適當的設立地點。說到這裡，或許是神的旨意吧！在京都府擔任顧問的山本覺馬，本來對於基督教就有好感。他曾隨外籍傳教士學習英語，並委託授以醫術來做治療，不過山本與傳教士約束的唯一條件，就是不能傳揚基督教。事後他得到教士贈送的一本《天道溯源》的漢譯書籍，眼盲的山本請人唸給他聽，書籍內容不僅吸引著他，至此對於基督教抱持著的疑問，也逐漸的理解明白起來。於是他才購買了好幾本的《天道溯源》送給至親好友閱讀，又陸續購買了日文版的福音書、漢譯的聖經來做更深入的研究。
新島多次拜訪京都府的知事，知事將山本覺馬介紹給新島，之前山本曾從別的宣教士口中得知，新島想設立一所基督教主義的學校，兩人一見如故理念剛好不謀而和，山本就勸告新島不如將學校設立在京都。宣教士們聽了都不表贊同，原因京都素為佛教重鎮，寺廟林立僧侶眾多，天子腳下關係緊密的神道、神社的神官還為數不少，況且此地還曾發生襲擊外國公使的事件，對於基督教表示善意主張「開國貿易」的官員橫井小楠數年前也遭暗殺（他的兒子橫井時雄後來自同志社畢業，留學美國耶魯大學，曾任同志社第三任社長，眾議院議員；女兒みや及女婿海老名彈正，也都是同志社的畢業生。），京都可說是極端保守的區域。
宣教士們幾經熱烈的討論，最後還是決定將學校設立在京都。山本將自己擁有位於皇宮北側的土地，以極其優惠的價格廉讓出來，學校土地的事情總算圓滿解決。
新島將此好消息去函告知舊友田中不二麻呂時，田中急忙的專程西下來與新島會面。田中勸告新島斷了這個艱鉅的念頭，原因不外日本當時不適合成立私立學校，另外將基督教學校設在佛教之城的京都，根本毫無立足的空間。他認為新島是個人才，更急欲延攬新島在文部省（教育部）工作幫忙。田中的此話算是舊事重提，早在三年前歐美教育考察的途中，田中已向新島提過一次，新島當時回以：「我才不作政府的奴隸呢。」一口回絕了田中的邀請。如今兩人再次見面，田中已經高居文部省第二把交椅的次官職務，邀他入朝給的職位不僅不低，薪水肯定也會讓一般的百姓驚嘆連連呢！滯京的三天裡，田中一直在新島的耳邊遊說，得不到新島應允的田中，終於到了忍耐的極限：「你真是耶穌基督的奴隸啊！」說完後田中憤而離開。新島不為高官利祿所誘，一心一意只為創設基督教主義的學校努力。
學校得到京都府官廳的正式認可後，教師陣容一是美國海外傳道委員會的宣教士Jerome Dean Davis，還有一位就是新島本人。首期招收八位學生，取名「同志社英學校」以基督教主義立校的學校，於是就在1875年的11月29日誕生了。
一生盡瘁於教育及基督教事業的新島 襄，秉持他一貫的理想教育學生「可以為一國之精神、元氣、柱石的人」而不單單是訓練宣教士而已。這與明治維新初期，日本政府設立的開成學校（明10，1877年改制為東京大學）的宗旨，教育出「希望他們當個配電盤」的學生如出一轍，百餘年後來看這種「踏實作風」新島的遠見果真是成功的。至於早新島二十餘年畢業自耶魯大學的中國第一位留美學生容閎，滿懷希望理想回到祖國創辦教育，卻被中國的官場以及科舉制度所打敗，就不得不令人嘆息他沒有著新島的「機運」了！
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