藥師法門的殊勝正是：
爾時阿難白佛言。世尊。當何名此法門。我等云何奉持。佛告阿難。此法門名說藥師琉璃光如來本願功德。亦名說十二神將饒益有情結願神呪。亦名拔除一切業障。應如是持。
其一、「藥師本願」。
願，是修行者對自己的期許，也是對大眾的愛護。有願才能行，願有多高，成就才能有多大。藥師佛行菩薩道時，為了利眾發下十二大願：
第一大願。願我來世。得阿耨多羅三藐三菩提時。自身光明。熾然照曜。無量無數無邊世界。以三十二大丈夫相。八十隨形。莊嚴其身。令一切有情。如我無異。
「眾生成佛願」
佛為了堅定大眾修行的信心，示現福德莊嚴之相。
佛不是主宰一切的「神」，眾生與佛本質平等，差別只在於迷、悟之間。
佛的教化不是你信我，我給你一切；而是你信我、跟我學，慢慢你也能成佛。
佛是成就圓滿的眾生，成就自己之後，努力幫助其他眾生修成下一個佛。
「迷為眾生覺為佛，不執不妄真快活。悟後依舊阿彌陀，舊佛只為度新佛。」
第二大願。願我來世。得菩提時。身如琉璃。內外明徹。淨無瑕穢。光明廣大。功德巍巍。身善安住。焰網莊嚴。過於日月。幽冥眾生。悉蒙開曉。隨意所趣。作諸事業。
「破暗開曉願」
佛現清淨光明相，一則堅定修行者的道心，再則給予幽冥眾生重見光明的機會。
能度的盡心度，難度的設法度，所謂「佛氏門中，不捨一人」，怨親平等、普度眾生，這是真正的大大慈悲。
第三大願。願我來世。得菩提時。以無量無邊智慧方便。令諸有情。皆得無盡所受用物。莫令眾生有所乏少。
「利眾無盡願」
修行的成就：「減一分無明，增一分智慧」。
佛的圓滿智慧即是：一、成己－看清真相，不為表相所惑。二、化他－真誠利眾，幫助眾生轉迷為悟。
真正的「受用無盡」、「無所乏少」不是無止盡的填滿欲望，而是理解欲望也是因緣，得失有時，一味追求無異作繭自縛。明白真相就不再執著，得到了好好珍惜，失去了隨順釋懷，這便是真正的無盡受用！
第四大願。願我來世。得菩提時。若諸有情。行邪道者。悉令安住菩提道中。若行聲聞獨覺乘者。皆以大乘而安立之。
「導入大乘願」
「菩提」、「大乘」是學佛人都聽過的詞語，歷來多有大德闡釋提說，以最簡單的方式來說就是「真誠無私，自助助他」。
藥師佛知道行念不正將致修行難以圓滿，甚至為了一瞬的偏差或懈怠，害得前功盡棄，由邪入惡，一墮難起。所以發願引導修習各種法門的眾生堅定「真誠無私，自助助他」的正念，不論遲速必有所成！
第五大願。願我來世。得菩提時。若有無量無邊有情。於我法中。修行梵行。一切皆令得不缺戒。具三聚戒。設有毀犯。聞我名已。還得清淨。不墮惡趣。
「得戒清淨願」
「不以規矩，難成方圓」。「戒」就是規矩，因戒得「定」，因定生「慧」，所以知戒、守戒、持戒是修行得力的基礎。
「三聚戒」即「攝律儀戒」、「攝善法戒」、「饒益有情戒」，意指：斷一切惡、修一切善、利益眾生。藥師佛協助大眾堅固修行的根基，唯有根本實在，才能開花結果。
第六大願。願我來世。得菩提時。若諸有情。其身下劣。諸根不具。醜陋頑愚。盲聾瘖瘂。攣躄背僂。白癩癲狂。種種病苦。聞我名已。一切皆得。端正黠慧。諸根完具。無諸疾苦。
「諸根完具願」
健康是一切事業的基礎。種種病苦有種種業因，都是障礙精進的煩惱，藥師佛何等慈悲，發此宏願拔除眾生之大患，成就更多的未來佛！
有人心想：信了藥師佛是不是就能馬上無病無痛？如果病痛依舊，那佛的願力根本不值得相信！
如果有如此想法，肯定很難與佛相應，因為這不是真信佛！
真信佛就是深信因果，身心遭遇病痛，一定真誠懺悔，報盡業銷，坦然自在。反之，信佛只是妄求不可思議的大威神力，全然不明事理，這樣怎麼對呢？
比如說：某甲常常頭痛，係因過去世傷害眾生，而遭業主菩薩討報。如果只說了一句「我信藥師佛」就要抹去所造惡業，這樣合理嗎？如果您是那位被害的業主菩薩，能夠服氣嗎？如是因，如是果。圓滿如佛尚且昧不得因果，豈會幫助凡夫規因避果呢？
相信藥師佛的教法，就是真誠懺悔、真誠負責，斷一切惡、修一切善，終能等到報盡福生的一刻。
生理的缺陷可以看作提醒精進的自警，不管過去世如何作為，一定要把握今得人身的可貴，那麼缺陷不再是限制，反倒成為增上的遇緣。心能通了，就無礙了，一片坦然即是無上淨土！
從藥師佛的第一願到第六願，可以看出藥師佛對眾生的慈悲、祝福與教化，如能用心體悟其中真義，並且老實契入生活，所得利益確實不可思議。
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