唐飛院長的辭職，以及之前一連串扁唐體制誰當家的爭議；都突顯出所謂雙首長體制在台灣實務運作上的困境。這樣的體制如果不加以改進，除非未來台灣國會多數黨與總統均屬於同一個政黨；否則無論誰當總統，類似的困難仍舊會隨時引爆。
回顧過去四個多月的扁唐體制，我們最常見到的情境為：一件事情發生時，在野陣營會批評阿扁總統沒有「盡心盡力」；可是當阿扁有一些動作時，又會被批評「不尊重行政院長職權」。類似的論述方式也出現在執政陣營，只是引號內的文字前後對調。所以大部分的政治人物，就在這種「權責不分」的結構中；大打廉價的口水戰，這對台灣的發展並沒有幫助！
其實雙首長制的問題一直存在，只是在過去國民黨一黨獨大、以黨領政的操作下；利用執政黨的中常會來確立誰是「老大」，模糊了這個錯誤。朝野各政治人物過去這四個月的表現，已經足夠讓人民了解雙首長體制的弊病所在。要徹底解決這個問題，建構一個權責權責相稱的政治制度是刻不容緩之事。以台灣的政治現實和民情而言，總統制應當是一個較適當的選擇。
但體制的變動相當艱鉅與困難，所以阿扁新政府的首要課題；就是如何在體制的缺陷中建構一個可行的過渡架構。扁唐體制或許可以解決「首次」政黨輪替時一些可能的問題，但並不是一個很有效能的執政機器；所以唐飛的辭職可說是完成階段性任務。目前政局的發展明顯是向「少數執政」與「總統制」傾斜，行政院長成為總統的幕僚長。這樣的架構會不會成功很難說，因為對朝野的政治人物而言；這都是前所未有的經驗。但也只有在實務中去驗證，才能真正修正出一套符合台灣現狀的運作模式吧！
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