稅法對於股權投資損失是以實現為認列標準，所謂實現係指被投資公司發生減資或清算情事，如果被投資事業發生虧損，而出資額並未折減，則不予認定。因此，依據以上規定認列股權投資損失時有些值得討論之處：
一、應備文件：經濟部或直轄市政府及國稅局核准被投資公司減資、清算之相關登記文件，若是被投資公司辦理清算，應該再取得其營利事業所得稅清算申報回執聯。雖然，依據公司法規定清算應受法院監督，清算完結並應向法院聲報核准，才能完成清算，公司之法人人格才消滅，然而，並不是每一家公司清算都遵循法院程序，通常只向公司登記機關（即經濟部或直轄市政府）辦理解散登記，並向國稅局辦理各項稅務申報，因此，目前實務上還沒有要求法院核准清算完結之證明。另外，還有一種稅法未明文規定，但應該認定為投資損失之情形，就是被投資公司宣告破產，須取得法院之裁定書為憑。
二、認列時點：被投資事業減資彌補虧損時，於股東會決議之減資基準日認列，如需經目的事業主管機關核准者，以核準後股東會決議之減資基準日認列；若是被投資事業解散清算，尚無明文規定認列時點，不過，我們從清算程序來看，只有清算完成分配賸餘財產後，才能知道損失確切的金額，因此，應該在被投資公司清算完結時認列損失。至於被投資公司宣告破產時，應該是以法院裁定之日為準了。
三、認列金額：被投資公司發生清算時，投資損失的金額是以股權投資的取得成本與收回的財產差額；在被投資公司宣告破產情形下，因為資產已不足抵償負債，股東之投資已收回無望，以其投資成本全額認列損失；若是被投資公司發生減資時，投資損失的金額要如何認列，尚無明文解釋應如何計算，台北市國稅局曾發布新聞稿，認為應該就減少的股數按面額計算，例如：被投資公司原實收資本5,000萬元共500萬股，辦理減資1,000萬元並銷除股份100萬股彌補累積虧損，投資公司持股比例10%共50萬股原始取得成本800萬元，減資後剩餘40萬股，公司自行按被投資公司減資比例20%認列與原始投資成本計算投資損失160萬，而台北市國稅局則按減少之股數10萬股及每股面額10元計算投資損失100萬元，但財政部訴願撤銷台北市國稅局的處分，支持公司的作法，認為「應按其實際投資金額，依因減資所減少之股數占原持股股數比例計算之；如有獲退部分現金者，則應以上開計算之投資損失再減除獲退現金後之淨額認列」，不過財政部同時也指出，若公司有刻意違反營運常規或有稅賦規劃、規避情形，稽徵機關自得採實質課稅原則，以投資時被投資公司資產之淨值（投資股數乘每股淨值）與減資時淨值總額（投資股數乘每股淨值）比較決定其參與經營期間有無實際損失。
然而會計上依穩健原則，於該項投資之價值發生減損時，就應該認列投資損失了，如果會計上和稅務上投資損失認列的時點不同，應該作為暫時性差異處理，但有一些實務上應該注意的一些問題：
一、長期股權投資採權益法處理下：被投資公司歷年虧損已按持股比例認列，並在結算申報時作為暫時性差異，帳外調整減列投資損失。
1、當被投資公司辦理減資時，若認係永久性的價值減損，應比較該項投資實際價值是否已低於帳面價值，決定應否再認列投資損失，否則即無需作會計處理；辦理當年度營利事業所得稅結算申報時帳外調整增列投資損失。
2、當被投資公司辦理清算時，如有清算利得或損失，應再按權益法認列，清算完結分配賸餘資產時與長期股權對沖；當年度營利事業所得稅結算申報時，並按原始投資成本與實際獲配資產價值之差額帳外調整投資損失。若被投資公司分配給股東之賸餘資產價值大於實收資本額，超過的部分應作為盈餘分配並申報股利憑單，投資公司收到清算股利憑單時，按一般股利憑單計入股東可扣抵稅額帳戶即可，不必作會計處理。
3、當被投資公司宣告破產時，會計上即將該項長期股權投資之帳面價值沖轉投資損失，當年度營利事業所得稅結算申報時，按原始投資成本帳外調整投資損失。
二、長期股權投資採成本法處理下：
1、當該項長期股權投資之實際價值發生無法回復之減損時，即應在帳上沖減投資成本並認列投資損失，但是，若被投資公司未辦理減資彌補虧損，則當年度營利事業所得稅結算申報時，應就該投資損失金額帳外調整減列，俟被投資公司辦理減資彌補虧損之年度，再按稅務上得認列之投資損失金額帳外調整增列。
2、當被投資公司直接辦理清算時，按該項長期股權投資帳面價值與實際獲配資產價值之差額認列損失，當年度營利事業所得稅結算申報時，再依原始投資成本與實際獲配資產價值之差額帳外調整投資損失。
3、當被投資公司宣告破產時，會計上即將該項長期股權投資之帳面價值沖轉投資損失，當年度營利事業所得稅結算申報時，按原始投資成本帳外調整投資損失。
三、短期股權投資：會計上僅按成本市價孰低法辦理，另外，由於短期投資損益屬於證券交易損益，其交易利得與損失均不計入課稅所得計算，故其評價損益通常作為永久性差異處理，於年度營利事業所得稅結算申報時，全數帳外調整減列。至於因被投資公司減資、清算或宣告破產時，其會計及稅務處理與前項「長期股權投資採成本法處理」同。
最後，減資或清算在所得稅法上是否會被認定為證券交易，其損失就不得列入課稅所得計算，所得稅法規尚無明文或解釋，目前實務上當然不認為如此，但是，財政部曾就證券交易稅法對於現金減資銷除股份，解釋為非屬證券買賣免徵證券交易稅，按照這樣的法理，可令人安心多了。
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