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財政部本次大幅翻修營所稅查核準則，影響所及約有數十條文，不過，除了修改法源依據之外，大多是把現行的解釋令予以條文化，實際上增加或變更的範圍有限，我們僅就實務上較常見的部分加以分析：
一、增訂第二十條第二項有關外銷折讓規定：以往廠商因為外銷商品之瑕疵，如果買方不退還商品而僅要求讓價時，國稅局通常會轉列外銷損失科目，再適用第九十四條之一外銷損失的規定查核，而外銷損失所要求的憑證較為嚴格，除了國外進口商的索賠文件及實際賠償證明文件外，要求提示買賣契約書已經很不符合當前貿易實務了，還要訂有購貨條件及損失歸屬等搬石頭砸腳的規定，若金額超過新台幣五十萬元，另外須再提示難以取得的國外公證機構的檢驗證明，所以，一般廠商到了這裡就形同剔除了。現在增訂認列外銷折讓應備的憑證為國外廠商出具註明折讓原因、折讓金額及折讓方式之證明文件，相對於外銷損失的憑證，可是減輕多了，既不必提示那不合時宜的買賣契約，更不必為了國外公證機構的檢驗證明（實在是不可能的任務）大傷腦筋；但是，仍然要備妥實際給予折讓的證明文件，此外，千萬別忘了營業稅申報時要把折讓金額填在零稅率項下（401的第19欄），以減少當期零稅率應退稅額。
二、修訂第三十條第四款因應公司法刪除資本公積規定回歸商業會計法，參照經濟解釋修正並明定發行股票溢價之資本公積範圍共十二項：
1、以超過面額發行普通股或特別股溢價。
2、公司因企業合併而發行股票取得他公司股權或資產淨值所產生之股本溢價。
3、庫藏股票交易溢價。
4、轉換公司債相關之應付利息補償金於約定賣回期間屆滿日可換得普通股市價高於約定賣回價格時轉列之金額。
5、因認股權證行使所得股本發行價格超過面額部分。
6、特別股或公司債轉換為普通股，原發行價格或帳面價值大於所轉換普通股面額之差額。
7、附認股權公司債行使普通股認股權證分攤之價值。
8、特別股收回價格低於發行價格之差額。
9、認股權證逾期未行使而將其帳面餘額轉列者。
10、因股東逾期未繳足股款而沒收之已繳股款。
11、公司因企業分割而發行股票取得他公司股權或資產淨值所產生之股本溢價。
12、公司因股份轉換而發行股票取得他公司股權或資產淨值所產生之股本溢價。
三、修訂第九十二條第一款佣金支出應提示契約或其他居間仲介事實證明文件，這項規定無論支付國內或國外佣金，均一體適用。
四、修訂第九十五條第十四款自93年1月1日起購入乘人小客車提列折舊，其成本提高為二百五十萬元。
五、增修第一○二條第四款配合商業會計法，規定災害損失較為鉅大者，得於五年內平均攤列。營利事業未委託會計師簽證申報，當年度的損失就不能遞延到以後有盈餘年度抵減課稅所得，但是，如果是符合本條規定的災害損失，而且金額較為鉅大者，就可以分年攤列，達到損失遞延的效果。
六、增訂第一一四條之一具體規定非常規交易之調整方法：
1、可比較未受控價格法：按非關係企業間相同或類似交易之未受控制交易價格，推算常規交易價格。
2、再售價格法：按再銷售給非關係企業之售價，減除合理費用及利潤後之金額，推算常規交易價格。
3、成本加價法：按來自非關係企業之購入成本或自行製造之實際成本，加計合理費用及利潤後之金額，推算常規交易價格。
4、其他財政部規定之方法。
另外，營利事業如果對關聯企業間交易的情事，想要早日確定其稅負，得於該交易所屬會計年度終了前，向稽徵機關申請核定其常規交易價格，據以申報或繳納所得稅他方交易對象之相應調整、預先訂價協議；而且，若是交易雙方都是我國的納稅義務人，國稅局按常規交易調整一方交易價格時，基於平衡的原則，也必須同時調整交易他方有關事項的價格，例如：把賣方的售價調整增加10元，則買方的進貨價格也必須同時調整增加10元。
其實，我國在常規交易調整課稅所得方面，徵納雙方的經驗都不是很豐富，雖然，所得稅法第四十三條之一早已訂定，卻沒有具體的方法可供遵循，現在至少有了基本的規定，算是進一大步了。