貳、大學與大學自治
一、大學與自治
大學制度之起源，最早可追溯至中古世紀的十一、十二世紀，當時在義大利首先設有大學。至十三世紀，此項制度逐漸擴及西班牙、法國及英國等地，德國則在十四世紀始設立大學。這些大學隨著時代的發展而有所變易，於此同時也發展出兩項重要特徵（特權）：一是自行頒訂規章準則，並設立機關管理校務（即自治）；另一是有權授予學位。此二項特徵儼然成為大學之傳統精神，直至現在未曾改變。但當時的所謂「自治」，並非如現代大學自治隱含有「自由」之意味。毋寧是在十六世紀後歐洲人道主義思潮興起及宗教改革運動才使得理性主義抬頭，讓大學著重於經驗科學之研究，逐漸擺脫中世紀大學僵化之教條規範，才慢慢地寓有「自由」的意涵【9】。
另值得一提者是，除了以上兩個傳統外，大學自治另一項基本精神在於「教授治校」。即傳統上，大學內之最高決策權限，由教授組成之「教授會議」來行使，就大學內部之人事權、教學及研究事項享有決定權，此種由教授「獨治」之大學，又稱為「教授型大學（Ordinarieuniversitat）」。與此相較，隨著民主思潮的強化，為正當化大學決策之代表性與正當性，亦有擴大大學決策參與者之趨勢。蓋大學除教授外，有為數更多之學生、行政人員、助理等人員，因此，有必要容納此等人員參與大學決策之制定，此時，大學即成為大學內各個階層之人員所「共治」之大學，又稱為「共治大學（Gruppenuniversitat）」【10】。然後者因容許大學內非教授之成員參與決策之制定，使得大學中人數最少之教授的意見變得沒有份量，反而侵害了學術自由。德國聯邦憲法法院於著名的大學判決案（Hochschulurteil）中，甚至宣告此種容許大學內非教授之成員參與大學決策形成之做法，違反基本法第五條第三項規定，並認為法律必須保障教授之地位，對於教學事務，教學助理及學生代表可參與決定，但教授的影響力必須獲得保障，至少應有一半之表決權數；而對於研究事務，參與決策之要求更高，只有研究助理以上人員（非學生等非研究人員）才有參與決策之權限【11】。
而亞洲地區出現所謂現代意義的大學，大約也都是在十九世紀以後之事，如中國北京大學設立於一八九五年【12】。而臺灣第一所大學則是日治時代設立之臺北帝國大學，即現今的臺灣大學，於一九二八設立，是臺灣最早設立之大學【13】。
二、大學自治作為憲政秩序中的一環
「大學」作為一種先於憲法存在的制度（「既存制度」），不得由國家任意立法加以作不利之變更或廢除，應該是「大學自治」成為憲政秩序中所謂「制度性保障（institutionelle Garantien）」一環而受到憲法保障的原因。所謂「制度性保障」，依據最早提出此一概念的德國學者卡爾‧史密特（Carl Schmitt）之見解，係指透過憲法規範，某些特定之制度（bestimmte Einrichtungen）受到憲法保障，而憲法規範對於這些特定制度的保護係以禁止立法者立法除去（beseitgen）這些特定之制度目的之方式來達成【14】。
由上述大學之發展可知，大學既然早於近代憲法國家（Verfassungsstaat）【15】而存在（不論是德國基本法或在我國憲法【16】公布施行都在二次大戰之後，在時間點上，大學存在皆遠早於憲法之公布施行）。即這種大學（自治）制度，是憲法國家成立前就存在已久之制度，並有一套特殊的內部運作方式。同時，大學在教育及培養全人格知識公民上扮演重要角色（這對一個現代市民國家來說是重要的），而這樣的教育權限通常由國家獨占（如國民教育），大學則是接續國民教育之後的教育制度。因此，大學實係分享著憲法制定後國家權力一部份（教育權力部分）的行使。在憲法制定後，大學制度應被憲法所保障，國家不應對此項制度再去做任何的變動，此亦為各國實證憲法所加以承認並加以規範，此即所謂大學自治之「制度性保障」。
判決理由謂，「憲法第十一條關於講學自由之規定，係對學術自由之制度性保障」。然憲法關於「基本權」之規定，何以成為「制度性保障」，判決理由並未交代清楚。雖然說大多數國內學者在詮釋「大學自治」這樣的概念時，亦係由憲法第十一條所謂「學術自由（或講學自由）」的主觀公權利面向出發，再導出國家對於大學應有客觀面向上之「大學自治」之「制度性保障」【17】。但需特別指出的是卡爾‧史密特在提出「制度性保障」理論之同時，係特別將此用以與「基本權」相區別，氏強調基本權與制度性保障之結構在邏輯上（logisch）與法律上（rechtlich）完全不相同【18】（然而在戰後德國學說與實務不斷操作此一概念下，制度性保障的概念確實已與卡爾．史密特原初的構想大為不同）【19】。縱使，依據國內大多數學者通說見解認為由第十一條學術自由此一基本權之規定，導出客觀面向之「制度性保障」，因此國家不得侵犯大學之自治權，與本文所認為的大學自治是先於憲法存在之制度，國家不得加以侵犯，在結果上是相同的，但國內多數學者所持之見解似與歷史發展的現實狀況不符，亦有穿鑿附會之嫌，在法釋義學上更是繞了個大圈子【20】。
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