明朝末年，西方耶穌會傳教士利馬竇來到這個古老的帝國，帶來了他所信仰的神，也帶來了西方科學文明，中國終於有機會接觸「所謂的科學」。然而一次插曲的發生 ，中國皇帝嚴禁傳教，竟然使得中國再次閉關自守，之後的一百年，西方的工業大革命，將西方文明帶到前所未有的大燦爛，而中國卻仍過著和一百年前沒什麼改變的生活。
當中西再次接觸，西方帶著船堅利炮，將古老帝國的門給轟出一個大洞，中國人才猛然一覺，「直問到底發生了什麼事？」於是開始追呀！各類西方文化被介紹到中國。人們首先認為西方比中國進步是在於科學的進步，「科學主義」就在這種偏見下被介紹了進來。
五四中學生高喊的兩位先生；德先生和賽先生，被認為是西方文化的兩大支柱。其中，賽先生(science)就是指科學。現在中國的「科學主義」是指一項意識形態的立場，它強詞奪理地認為，科學能夠知道任何可以認知的事物(包括生命的意義)，科學的本質不再於它研究的主題，而在於它的方法。
根據這句話，我們可以得到一個結論--科學是無所不包的。這對於學物理的我來說是非常不可思議的一件事情。當然，西方自十九世紀工業革命以降，發展到二十世紀初，人類可以飛上天空，可以使無盡的黑夜放出光芒，可以讓的人聲音傳到遠方，人類的能力似乎總是無窮無盡，參加世界博覽會的人似乎都對科學萬能抱持著一定程度的信心。這是西方人的看法。D.W.Y.鄺 對「科學主義」所下的定義︰「一般來說，『科學主義』是從一個傳統或遺產中產生的一項信仰，在這項信仰中有限的科學原則被廣泛地應用。並成為這個文化的基本預設及不證自明的公理。它把所有的實在都排在一個自然秩序之內，而且認為只有科學方法才能理解這一秩序的所有方面，無論是生物的、社會的、物理的或心理的。」
的確，科學是西方社會一個大勝利，對於汲汲吸收西方文化的中國人來說，這種衝擊是巨大，以致於蒙蔽中國文人的眼，而看不到西方社會底層的根本及其接下的反動。
況且，當兩種文化交流時，文化的傳播者總以其自身的背景來解釋其所看到，這種被中國文化和其時代背景所扭曲的科學主義，就這樣被胡適丁文江陳獨秀等人給帶到全中國，不管其意函背後的本意是如何，它的確轉化成為中國式的「科學主義」，正如馬克思主義在中國變成毛主義，它的影響至今仍影響這一
代中國人。
到底五四文人眼中的科學主義是什麼呢？首先是丁文江，他以為概凡一切真物皆可利用「科學方法」得到結論，如果找不著，不是科學方法有誤，只是事實的複雜不易分析，但最終還是可用客觀的方法尋求真理 。比丁文江更激烈的是胡適，他以為世界上真有一種「科學的人生觀」，而這種人生觀是可以利用科學方法求得 。事實上，他們都犯了一個對於科學方法的最大誤解，以為科學方法就是歸納法--吾等若能將世上一切事情找出來，那麼真理唾手可得。他們將W.Stanley Jevons的〔科學的原則〕一書當作自己理解科學方法的權威來徵引，卻只注意到Jovons提到關於歸納法的敘述，卻忽略科學的另一面--演繹。Jovons認為科學研究過程的重點是「假設，演繹」，絕非是丁文江所說那樣，靠「經驗的暗示」變得可靠。這裡可以舉一個例子，達爾文再提出〔物種起源〕(Origin of Species)之前，也是觀察了許多生物，作了許多詳細的紀錄。坦若真如同歸納法就是科學方法，那麼他提的果然是真理？我們可以看見在他之前，Lamarck所提出的演化理論，他認為演化是一個目的導向的過程，後天的特徵可以傳給子代，很顯然，達爾文的想法並不是歸納而來。如果我們找到一萬隻烏鴉都是黑的，我們就能斷定天下的烏鴉都是黑的嗎？如果我們不小心發現一隻白的烏鴉 ，我們又要如何自圓其說呢？
可悲是，當時的中國人接受了，而且是用一種近似英雄似的崇拜著。胡適提出一個很膚淺卻使得大家為之信服的想法--大膽的假設，小心的求證。他以為「大膽的假設」就是假設、演繹的功能，實際上「大膽」與推理並無關係；以為經由很勤勉的歸納，總有一天在科學的領域可以獲得真理。
或許是中國的道統正在崩壞，傳統的中國文化已經不能再救中國，人們產生了劇烈的焦慮與不安，他們需要一項確定的信仰來消除他們的焦慮與不安。此時胡適的科學主義，洽當地填補了真空，給人們心理確實，總是存在著一個客觀的世界，是不容主觀的滲入。
這種對科學主義的誤解，不但未能提供對科學的本質及其方法更切實的領悟與理解所需的資源，相反地，它更剝奪了中國人獲得這項領悟與理解的機會。中國的科學主義實際上顛倒了科學本質的過程--先提出可能的假設，演繹，再經過各種可能的實驗觀察歸納，才可能得到的科學真理。他誤以為光憑著歸納就可得到真的真理。
所以科學方法在中國並沒有提出答案，因為光憑歸納法本來就無法提出答案。根據西方社會文化發展的脈絡，各種思想的發展也往往無法定奪誰比較優於誰，就拿資本主義和社會主義來講，右派和左派，保守主義與自由主義，一兩百年下來，互有激盪，重點是各種思想並不是從歸納而來，而是由當時的思想家由心裡的一個圖像推演而來，正確與否，只有留待後世證明，並不存在一個「所謂的真理」。
中國人自以為是的要用科學來救中國，卻不明瞭真正的科學，只是利用中國的舊思想來解釋西方文化的科學，還理直氣壯，自以為正確。理性訓練的創造性思考，在中國找不著根基，反而以為只要將歸納法的形式方面應用到自己的學科上去，並認為這是神聖不可侵犯的科學探索活動。他們不能理解唯有形成理論性的問題才真是學術研究的關鍵。
近代西方開始也對其抱持的科學主義有了反動，科學提供我們的是否為真實的知識？如或不然，它提供的是什麼？很自然的，看法可大致分為兩派。一派看到的是一個理論毀在另一個理論手裡，結論是科學提供的並非真理，而只是一連串的不同詮釋。有些詮釋或許就某特定目的而言，優於別種說法。另一派所看到的卻是原始的理論被較為複雜的理論取代，而且他們認為有些理論也的確摸著了自然的終極真相，換句話說，終極真相是在那而靜待發掘，而發掘的工作無疑乃是科學的偉大使命。
然而，時至今日，後者的論點以越來越不得人心了。當代宗師孔恩在他著作〔科學革命的結構〕(The Structure of Scientific Revolutions) ︰「我們不再輕易相信所謂的『真理』；我們已受啟蒙，已被解放。我們的意願已提升到可以面對以下事實︰人類唯一可以掌握的只是各種不同的觀點，每一種觀點在特定的程度或方式上都可算是正確。即使有所謂『客觀實體』這回事存在，也無法從中跳脫出來而給予直接的驗證；原因是我們都戴著有色的眼鏡，也就是我們先前的經驗、我們的文化、語言和先入為主的世界觀等等，這些東西會在不知不覺滲到我們觀察世界的過程中，以致與事實有所出入。回溯到美好的昔日，人們常認為我們可以不預設立場、成見，心如白紙般純潔的來觀察大自然。這是各不折不扣的幻想，我們愈早承認自己的確戴著有色眼鏡愈好。」
五四文人對科學的誤解至少影響了一到兩代的中國，至今八十年，情況究竟如何呢？在某方面來說，我是樂觀的，至少是對在台灣的中國人。首先，終於有中國人願意從原點出發，深刻地去了解西方文化，再者，台灣的自由氣氛，也是一個適合「科學精神」滋長的沃土。但是，這並不表示，台灣真能了解所謂的「科學精神」。我所謂「科學精神」，絕非是那種誤以為天底下一切事情都可包括在科學的旗幟下，而是一種態度，一種「懷疑」的態度。所有的科學知識都是不確定的，沒有什麼所謂的真理，必須隨時容許著「可能沒全弄對」的可能性，科學知識並不是絕對重要，如果光懂了一堆科學名詞及科學事實，那並不叫做懂了科學。當然，如果世界上有不科學的事物，這並不是那麼糟的一件事情，在藝術與音樂之中，在文學和戲劇之中，那麼多歡愉，那麼多的激動，都不需要科學，也沒有理由科學 ，在這些情況，大家還是可以放輕鬆，享受生命。
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