與以往的任何時期相比，SOF擔負著更多的任務，在更多的地區進行更多樣的行動。1999年度，SOF部隊在152個國家的地區進行行動，每個星期，約有5000名特種兵在60餘個國家執行任務。
1999年度的特別行動，以及在美國本土和海外的軍事訓練，繼續證明了兩個關鍵性的原則：第一，SOF加入常規部隊的行動，他們全面的能力會大大擴展戰區司令的軍事選擇；第二，當SOF充分融入戰區總司令的作戰計劃時，他們能發揮出最佳的作用。無論是戰時還是和平時期，戰區特別行動指揮部能確保在整體的計劃過程中，最恰當地發揮SOF的作用。
美國聯合部隊司令部和特種部隊聯合行動司令部(SOCJFCOM)
1999年10月1日，「統一指揮計劃」（UCP 99）將「美國大西洋司令部」（USACOM）改為「美國聯合行動司令部」（USJFCOM），規定它為聯合行動的組織者、訓練者和聯合者。UCP 99這樣描述從USACOM到USJFCOM的變化：從一個功能性的地區總司令部，變為功能統一的司令部，負責聯合行動的訓練和綜合計劃，同時繼續擔負一些地區聯合司令部的職責。
著眼於UCP 99，USJFCOM制定出了戰略計劃「聯合目標：2010」：通過聯合訓練、軍事力量的整體綜合，使美軍的能力實現最大化。為實現這一目的，USJFCOM已經成為卓越的訓練中心、訓練服務中心，綜合美軍及其盟軍的力量，進行任何形式的聯合行動和多國聯軍行動，保護國家的利益。
USJFCOM的變化，對特種部隊聯合行動司令部（SOCJFCOM）來說意義極其重大，它是USJFCOM的一個下級聯合司令部，位於弗吉尼亞的諾福克，它的職責是將SOF充分融入USJFCOM的總體計劃中，參加它的聯合、多國、綜合訓練。SOCJFCOM同時協助制定、建立「聯合特別行動特遣隊」（JSOTF）、「聯合心理戰特遣隊」（JPOTF）和「聯合民間軍事行動特遣隊」（JCMOTF）的訓練綱要。
1999年9月，USJFCOM批准在SOCJFCOM的行動綱領中，增加以下內容：
隨著USJFCOM不斷提高美軍的全球範圍裡的聯合作戰能力，特聯司令部也將發揮越來越大的作用，積極、有效、快速提高SOF的聯合行動能力。
「美國南方司令部」和南方特別行動司令部(SOCSOUTH)
「美國南方司令部」（USSOUTHCOM）的職責區域包括大部分陸地及環繞陸地的拉丁美洲南部墨西哥、加勒比海和墨西哥灣的水域。這一區域包括32個非獨立國家和15個獨立國家，包括法國、英國、荷蘭和美國的地區。除古巴外，這個區域的每個國家都進行民主選舉，由民選政府執政。在經濟上，這個地區對美國的持久繁榮有著重大的影響。美國所用原油的40%來自加勒比盆地，巴西是世界上第八大經濟強國，阿根廷的國內總產值（GDP）與澳大利亞、俄羅斯或印度相當。生活在這個區域的4億多人口使用7種官方語言：英語、西班牙語、荷蘭語、葡萄牙語、法語、蓋丘亞語和艾瑪拉語，這是一個在地理、地形、繁榮程度、社會穩定及民族特點等方面差別極大的地區。
南方特別行動司令部（SOCSOUTH）是南方司令部的一個下屬機構，負責特種部隊的統一行動，除了心理戰部隊和民間事務部隊，它負責管理、調動這個戰區的所有特種部隊。以羅斯沃特海軍港為基地，SOCSOUTH由3支部隊組成了它的聯合司令部：第7特別行動大隊（航空）3中隊C小隊，海軍特別作戰隊4隊，第160特別行動航空大隊D小隊，它的主要職責是根據特種部隊的能力，執行任何形式的任務，服務於USSOUTHCOM的「協作和平行動戰略」，協助保持、推進這一地區的和平穩定，而且確保在美國利益受到威脅時，在最快的時間內、以最恰當的方式採取有效行動。為實現這一目的，每個SOCSOUTH要派出200多名特種兵在16個國家執行42余種任務。
SOCCOUTH在以下幾方面服務於SOCSOUTH的戰區計劃：
在這個地區，大部分國家的民主十分脆弱，廣泛的政治、經濟、社會問題破壞著民主的基礎，他們面對著多元的、地區性的安全問題。拉丁美洲是一個貧富差別很大的地區，40%的最貧窮人口的收入只佔總收入的10%，貧困問題十分嚴重。快速增長的人口、跨國界犯罪率不斷提高、國際毒品交易、犯罪集團、環境污染、非法移民、地雷氾濫以及非法准軍事力量等，威脅著包括美國在內的西半球的繁榮與道德精神。這個洲的國家國內犯罪威脅著美國的經濟利益以及在國外的美國公民的安全——全世界一半以上的綁架案發生在哥倫比亞。邊境的相互連接，暴亂組織的影響不斷擴大，非法販毒組織與暴亂組織相互勾結，這些複雜的因素，使SOF面臨著更大的挑戰。
這個地區軍事活動的重心已經與傳統的軍事行動有很大區別，保持均衡的軍事力量、聯合防禦以對抗西半球以外的軍事威脅的觀念已經不再適用了。現在，地區安全的重點，來自內部的動盪，包括自然災害及其結果，非國家組織如恐怖主義、犯罪集團和准軍事團伙等，威脅著國家的統一和政府的權力。
為迎接這些挑戰，捍衛國家利益，SOCSOUTH採用靈活的手段執行任何形式的任務。作為這個戰區惟一的一支快速反應部隊，SOCSOUTH經常在緊急需要軍事援助時派兵。當「喬治」颶風席捲多米尼加共和國時，最先到達投入救援的是SOF士兵和直升機，「米奇」颶風在洪都拉斯肆虐時，SOCSOUTH立即派兵予以救援，他們到達的第一天，就幫助900人脫離了危險。
完成救險後，SOF又利用自己的語言交流能力，協助多國在洪都拉斯、危地馬拉、厄瓜多爾和尼加拉瓜對難民進行緊急救援。在一次救援中，當時其他的美國部隊都因為惡劣的天氣狀況而被迫返回，最終，海豹部隊隊員和SOF的直升機在萊卡海岸附近的一隻漁船上，救起了一個危在旦夕的漁民。還有一次，在執行低空偵察任務時，一架美國飛機墜毀在哥倫比亞境內的安第斯山中。由於複雜的地形和惡劣的天氣，使善後任務面臨著極大的困難，特種部隊的直升機、SOF隊員和特別戰術隊加入了搜索的任務，最終圓滿完成了墜毀現場的善後任務。
1999年12月，委內瑞拉遭受特大洪水，致使30000人死亡。僅在幾小時內，SOCSOUTH即派兵前往災難現場，派出指揮控制分隊組織人道主義援助行動。
反毒品是南方司令部的一項重要任務，SOF派兵前往毒品的生產和銷售區，與東道主國家合作，從陸上、海上、河上切斷非法毒品的耕種、製造和運輸過程。在偵察與監視任務中，海軍特別作戰海岸巡邏艇發揮著關鍵的作用。海豹部隊隊員和特別巡邏艇隊員一直擔負著訓練任務，幫助東道主國家訓練他們的海域和航道巡邏隊。同時，陸軍和空軍SOF也為東道主國家提供訓練服務，提高他們的反毒品能力，獨自進行反毒品空中行動。
針對國內的毒品走私行動，哥倫比亞政府一直在努力打擊販毒組織，他們要求美國給予協助，以成立一個能在夜間、各種地形和天氣情況下進行行動的反毒品陸軍旅。現在，SOCSOUTH正作為USSOUTHCOM的代表，在哥倫比亞實施訓練計劃。1999年12月，哥倫比亞的第一支反毒品陸軍旅正式投入了行動。
每年，第7特別行動大隊（航空隊）3中隊A小隊都要組織召開「反恐戰術與技術座談會」（CTTTS），邀請這一地區的軍隊代表，就「反恐」的一般性問題，進行交流和探討。同時，對這一地區內部動亂的國家，SOCSOUTH派兵對美國設在當地的有關部門和美國公民進行保護。
SOCSOUTH為USSOUTHCOM的訓練計劃提供技術人員，它負責實施兩項JCS訓練。在卡比那建有南美國家的聯合訓練營，主要訓練從事維和行動的部隊。每年訓練營組織一次《加勒比地區安全體系》協約國參加的防禦演習。這些訓練有效地促進了地區的穩定。同時，SOCSOUTH還參加其他的訓練演習行動，如「橢圓回聲」、「藍色優勢」、「統一努力」等，不斷加強聯合行動的能力。
美國歐洲司令部和歐洲特別行動司令部(SOCEUR)
美國歐洲司令部（USEUCOM）是第二大地區統一作戰指揮機構，它的活動區域包括三大洲、89個國家、面積為一千三百萬平方公里，人口超過10億。在這一廣闊的地區裡，USEUCOM的職責是促進和平穩定、遏制敵對國家。為實現這一目標，USEUCOM在很大程度上要倚重歐洲特別行動司令部（SOCEUR），特別在一些時間急的非常規軍事行動中。
作為下屬司令部，SOCEUR司令部負責特別行動的指揮和控制，負責指揮USEUCOM的民間事務和心理戰部隊。SOCEUR由駐紮在歐洲的SOF陸軍、海軍和空軍組成，在執行任務時，常規性地由駐地的美軍派兵以加強它的軍力。SOCEUR的司令員參加歐洲司令部(EUCOM)的首長聯席會和特別行動聯席會，對涉及有關特別行動的計劃，向戰區總司令提出戰略性的意見和建議。
SOCEUR的任何行動，服務於USEUCOM的戰略計劃：促進和平穩定、遏制敵對國家。保持、促進這一地區的和平環境，SOCEUR發揮著重要的作用，它致力於通過行動減少、阻止衝突的發生，它的主要任務有：聯合演習訓練（JCET）、聯合聯絡計劃（JCPT）、非洲衝突主動反應（ACRI）和人道主義排雷行動。
JCET是與這一地區的盟國之間進行的訓練演習行動，確保在各項行動中，SOF優先考慮其盟國的需求。
JCTP是為前「華沙」國家或前蘇維埃國家提供的訓練服務，SOF隊員為他們所訓練的部隊樹立了絕好的榜樣。
ACRI是有選擇地為一些非洲國家提供訓練服務，以提高他們解決地區衝突的能力和水平，其中包括人道主義排雷計劃，通過為東道主國家訓練排雷人員、教育公眾認識到地雷的存在及危險性，這一計劃每年都拯救數百人的生命。
在這個地區，人的生活狀況與戰略環境差別很大，多數情況下，衝突的雙邊、甚至有時是多邊基本上都歡迎美國的介入。在有些地區、特別是非洲次撒哈拉，由於戰區小，美國的介入程度最低。SOCEUR以國家為單位制定行動計劃，在EUCOM的領導下，將這些國家劃分為幾個區域，以便於行動的管理和控制。
西歐/NATO
在地區穩定方面，西歐將繼續起「定海神針」的作用。這一地區穩定與合作的「模板」是北約。SOF擔負著訓練北約的陸、海、空軍特種部隊在各種天氣與地形，從冰封的挪威海灣到炎熱的非洲沙漠進行行動。相互協作能力、指揮與控制、戰術交換等確保美國和他的盟國能隨時在戰區的任何地區進行行動。對新加入北約的國家，美國是率先與他們接觸的國家，對他們的特種部隊進行評估和訓練，組織演習。
中 歐
國家主義的浪潮正衝擊著中歐，而且在某種情況下表現為極端國家主義。這裡歷史上長期存在的問題暴露了出來，如種族/民族仇恨、邊界爭端等，這些問題為這一地區的內外安全帶來了很大的危害。今後幾年，正在民主進程中的中歐——特別是巴爾幹地區，這裡政治不穩定的風險，將繼續是關注的一個中心。
針對這一威脅，SOCEUR聯合前華約國家，建立特種行動部隊，使他們達到北約所需要的相互協作能力。JCET計劃在中歐為每一個SOCEUR成員國提供訓練服務，在提供良好的訓練、專業技術的同時，他們也展示了美軍的素質與能力，而這一點，正是它們的軍隊所缺乏的。近來發生在巴爾幹的衝突中，在歐洲特別行動部隊司令部(COMSOCEUR)的指揮下，聯合特別行動部隊在廣泛的地區展開了行動。特別值得一提的是特種部隊兩次成功地營救了被塞爾維亞人擊落飛機後跳傘的飛行員。此外，民間事務和心理戰部隊在現代戰爭中的作用也不可估量。在歷史上，巴爾幹地區就是一個衝突的熱點，SOF將繼續在這個地區扮演關鍵角色。
新獨立國家
這些新獨立的國家（NIS）正在將國家的體制由集權制改為民主制，由省份變為國家，儘管有些國家成功地建立了民主制度，但還有一些又恢復了集權制，還有一些由於嚴重的民族問題而分裂，對USEUCOM和SOCEUR來說，這是一個新的地區。在這個地區最初的行動是進入並幫助它們在民主的前提下建立軍事力量。
SOF的任務，是在這些新建立的、局勢不穩定的國家作為美國的「耳目」。1998年，在德國的斯圖加特，SOCEUR發起了首次NIS特別行動部隊會議，參加會議的有來自摩爾多瓦、格魯吉亞和烏克蘭的代表，他們參觀了美國SOF的訓練，商討了未來進行JCET和JCTP合作的事宜。隨著在這一地區發現貯備豐富的石油和礦藏，國際社會對這一地區的關注程度明顯提高，因此，在這裡發展、建立、開展行動，是一項十分緊迫的任務。
非 洲
由於許多國家處於穩定與不穩定之間，非洲是一個複雜、多變的地區。儘管一些國家經濟繁榮，建立了充分的或部分的民主制度，但還有相當一部分國家極度貧困。政變、內戰或無法建立強有力的中央政府等因素，制約著它們的發展。在這片廣闊的大陸上，SOF是美國「實幹」形象的最好代表，他們的ACRI行動和人道主義排雷行動，在這塊動盪的大陸上，產生了積極有效的影響。此外，他們執行的港口和海岸線行動計劃，使他們能夠進入一般的美國海軍無法進入或不能進入的地區。充滿活力的JCET訓練計劃，密切了美國與當地軍隊的聯繫，促進了民主思想的傳播。
美國中央司令部和特別行動中央司令部(SOCCENT)
中亞地區是世界上最複雜多變的地區之一，它一直是美國的一個主要戰區，並且未來形勢不容樂觀。世界上的三大主要宗教發源於此，這裡的總人口約四億兩千八百萬，生活著17個民族，有6種主要語言，數百種方言，政府的形式區別很大，貧富差別也很明顯。
美國中央司令部(CENTCOM)的戰略是「為21世紀塑造中亞」，致力於與美國的其他政府機構、非政府/私人志願組織和美國的友好國家，共同創造一個和平、穩定、繁榮的地區局勢。在這一戰略思想指導下，它開展了廣泛的行動，包括作戰與應急計劃、雙邊聯合訓練、安全援助和排雷行動等。在所有的這些行動中，特別行動中央司令部（SOCCENT）都發揮著「槓桿」的作用。
SOCCENT通過大量的主動行動和完成計劃，服務於戰區司令的戰略目標。因為他們所具有的深刻文化理解力，能夠與東道主國家的相關部隊直接合作，制定聯合行動的訓練綱要，幫助成立特別行動指揮控制隊(C2)，並對訓練戰區內所有的C2隊進行訓練。SOCCENT的基地設在巴林，海軍特別作戰隊3隊（NSWU-3）也駐紮在巴林，負責為C2和戰區內所有的海軍特別行動部隊提供服務。特別行動指揮控制隊(SOCCE)科威特營地為C2的「沙漠春天行動」提供服務，特別行動指揮控制隊(SOCCE)卡塔爾營地為這個戰區的SOF提供後勤援助。
SOCCENT目前總部設在佛羅里達的馬克迪爾空軍基地，與其他的SOF部隊一樣，司令部具有以下功能與任務：人員、行動、計劃、情報、後勤和聯絡。
SOCCENT通過擔負各種形式的行動，服務於戰區司令的戰略計劃，貫徹美國的國家安全戰略目標，塑造有利的國際環境，從現在為不確定的未來作好準備。下面是SOCCENT近年來的一些行動。
「沙漠之狐」
1998年12月，「沙漠之狐」行動開始，目的是配合「美國特別委員會」在伊拉克進行武器核查，因為在核查行動中有可能發生武裝衝突，SOCCENT派出了特別行動聯絡隊和作戰隊。
「海上攔截行動」（MIO）
聯合國安理會通過了687號決定，決定對伊拉克實行經濟制裁。根據安理會的決議，SOCCENT執行MIO行動，由在巴林的NSWU-3提供人員和裝備。
「沙漠春天」
1999年8月，所有的「艾斯古德」訓練合併為「沙漠春天」演習行動。演習最初的目的是兵力支援「科威特旅」，保衛石油輸出管道，及時提供空中援助。參加演習的有9支特遣隊和一支特控隊。
「排 雷」
SOCCENT計劃、組織和實施人道主義排雷行動，幫助建立當地的排雷組織。訓練內容包括勘察、辨認和建立地雷警戒區，清除陸地地雷和非爆炸軍火，減少地雷對生命、生活設施和財產的威脅，把土地重新變為耕地，訓練當地部隊的排雷能力。SOCCENT在也門和約旦進行了排雷行動，即將在埃塞俄比亞的厄立特裡亞開展行動。通過排雷計劃建立的夥伴關係，為其他各地的同類計劃提供了樣本。
反毒品
1999年，SOF為土庫曼斯坦訓練輕步兵和山地部隊，以加強該國的邊境防守。此外，SOF還舉辦了30名土庫曼軍人參加的「軍事發展課程」培訓班。另處，SOF也在埃及和也門進行了反毒品訓練行動。
「聯合檢查計劃」（ISP）
為配合制定每個地區的「緊急行動計劃」（EAP），SOCCENT對美國的有關設施狀況進行了全面檢查，包括美國的大使館和領事館。同時，這項行動也為非作戰撤離（NEO）提供計劃資料。
1998年8月，ISP工作人員正在肯尼亞首都內羅畢對美國大使館的內部設施狀況進行檢查時，正遇到了恐怖分子的爆炸襲擊。這支小隊迅速在大使館周圍形成了防禦陣形，阻止行人干擾和可能的再次襲擊。同時，他們還組成了第一個援救中心，救治使館的受傷人員，他們的及時救治對挽救傷者生命起了關鍵的作用。因為他們的行動，9名特種兵被授予士兵榮譽勳章。
中亞國家
USCENTCOM最近與中亞的五個國家進行了軍事接觸:土庫曼斯坦,烏茲別克斯坦，塔吉克斯坦，吉爾吉斯斯坦，哈薩克斯坦。培育與這些國家良好的軍事關係，SOF的語言與文化能力又一次發揮了重要的作用。
JCS與JCET訓練
圍繞戰區總司令的戰略思想，SOCCENT的聯合訓練演習計劃是和平時期的重要軍事行動。這些計劃的兩個基本目的是隨時保持戰備狀態，保持對戰區的熟悉，提高SOF的行動能力。同時，演習訓練能在軍隊與軍隊之間建立密切聯繫，促進聯合行動的能力。1999年一年，SOCCENT共向15個國家進行了15次JCET行動和8次JCS行動。
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