為補償舊804醫院作為校地，成功大學應允為國軍斗六醫院新建醫療大樓，工程已決標，準備擇日動工；成大醫院計畫在動土典禮時，一併與國軍斗六醫院簽署策略聯盟合作契約，經營康復之家。
這只是成大醫院接手國軍斗六醫院的起頭，因為精實案，國軍斗六醫院明年中裁撤，行政院公立醫院多元化經營專案小組已決定，將由成大醫院接手經營。
成大醫院已著手進行接手國軍斗六醫院的規畫，將與台大雲林醫院採互補合作方式，提升一向醫療資源比較缺乏的雲林地區醫療水準。
根據分析，雲林不僅醫資源較缺乏，民眾也信心不足，健保區域外就醫較普遍，原本國軍斗六醫院有擴大的計畫，於是成大必須以折抵舊804醫院土地的金額，為該院建一新醫療大樓。然而精實案又決定裁撤國軍斗六醫院，正好由成大醫院接手經營，也造成台大與成大兩大國立醫學中心將在斗六碰頭。
成醫祕書室主任謝忠焚表示，原本國軍斗六醫院將經營到明年3月，但6月才交給成大，經過協調，經營將延到6月底，7月1日直接交給成大醫院，以免影響民眾就醫。
而兩大國立大學醫院在雲林碰頭，成大醫院的想法是互補，不做不必要的競爭，更積極的合作。謝忠焚表示，院方的規畫考慮到地方老年化的需要，比較偏向於慢性，除了即將以策略聯盟方式開辦的康復之家，其他像是骨科、復健科、老人醫學，甚至是職業病等，都是可以考慮的科別，與台大雲林醫院合作互補，讓雲林的民眾能夠獲得兩大國立大學醫院的最好照護。
《民生報》
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=成醫擬爭取斗六醫院=2004年02月14日
國軍斗六醫院在國防部「精進」方案中可能被裁撤，消息傳出後，成大醫院有意爭取經營權，初步將由院長陳志鴻在近日北上親自拜會軍醫局，表達意願並了解實際情況。
由於斗六醫院新建醫療大學已完成規劃，不久後即可動工，一旦完工後，可望成為雲林地區最新且最具規模的醫院，因此除了成醫外，台大醫院也興致勃勃，並已展開人脈運作，成醫拜會軍醫局之舉，不無提前表態、積極爭取的意味，希望以成醫與斗六醫院新建醫療大學的「淵源」背景，順利為成醫在雲林建立一個發展據點。
斗六醫院新建醫療大樓，原是因成功大學爭取台南八○四醫院為力行校區，當時成大應允出資為斗六醫院興建醫療大學作為交換條件，總經費五億元，除了成大出資三億元外，其餘兩億元由教育部補助，目前已完成規劃，預計九十四年完工。
為了討論規劃案，近一、二年來成大與斗六醫院的相關人員往來密切，建立很好的互動基礎，副總務長陳長庚更幾乎是每星期都跑往斗六跑，善盡溝通之責，對於醫療大學將來的營運，雙方雖然還未言明，但已有「合作」的默契，沒有想到國防部政策丕變，有意裁撤國軍斗六醫院，讓台大醫院也動了心，並展開人脈運作，成大基於出錢出力的立場，沒道理讓斗六醫院就此拱手讓人，於是也將積極展開爭取。
初步，除了向軍方強烈表達接手意願外，也希望軍方考量成大過去的財、力的付出，將來若真的軍方退出經營，則在接手選項上能以成大為優先，或是以合作方式，由成醫進行人力支援；校方人士認為，就算到時台大、成大兩邊短兵相接，也要據理力爭到底。
=斗六醫院經營問題點燃台成之戰=2004年06月22日
台灣大學及成功大學都是國內知名學府，兩者在國際學術界占有重要一席之地，兩校的現狀也相當類似，除都是綜合大學外，致力學術發展，且都附設有教學醫院，近來因斗六醫院經營權問題，讓雙方心結再度浮上檯面，並有點燃戰火之勢，近日將交由衛生署協調。
成大四、五年前與國防部合作，取得小東路旁原八○四醫院土地，但條件是需在斗六設醫院，以提升雲林地區醫療水準，成大已完成規劃案，近期將投入五億元興建醫院，然因時空變革，台大目前已取得署立雲林醫院經營權，加上衛生署新提出「一縣一公立醫院」政策，台大則建議斗六醫院停蓋，讓成大處境難堪。
成大立場為，雲林地區醫療系統仍貧乏，且成大對雲林鄉親有承諾，新設醫院以提升當地醫療水準，因此希望繼續完成設院計畫，台大則提出，既然台大已進入雲林，斗六醫院乾脆由成大興建後，由台大接管。
此一要求更讓成大氣結，認為台大不評估自我經營實力，卻只會貿然搶進，且成醫目前為雲嘉南地區緊急醫療網龍頭，台大接手署雲後，恐因門戶之見，醫療後送單位可能直送台北台大醫院，而非只有一小時車程的成大，成大擔心罔顧病患安危。
對於台大「進逼」作法，成大相當感冒，有人直批是「欺校太甚」，將北上協調的校務代表則希望台大與成大應摒棄門戶之見，雙方以既合作又競爭方式，共同提升雲林地區醫療水準。
鑑於其他醫院積極擴展，成大也記取日前嘉義醫院換人，導致設分校之事告吹教訓，有意進駐南科設立聯合門診，至於醫學院也有意從現有規模擴大，增設護理學院。
=成大爭取斗六醫院=2004年06月25日
成大醫院與台大醫院爭取國軍斗六醫院經營權之爭浮上檯面，廿四日包括成大主任祕書楊明宗、成大醫院院長陳志鴻、工務室主任陳長庚等人，特別聯袂北上參加衛生署召開的說明協調會，表達立場與看法；據了解，衛生署對於這次成大與台大之間的「南北戰爭」，到目前為止仍保留相當大的處理彈性，昨天的協商並未作出任何決定性的結論，但要求雙方提出營運計畫後再進行評估。
成大與台大對國軍斗六醫院的爭取，緣於八十九年成大為擴大校地範圍，曾以台南八○四醫院納入校地、另由成大出資協助斗六醫院興建醫療大樓作為交換條件；整個興建計畫是由成大負責規劃，所需經費預計高達五億元，由成大出資三億元外，其餘兩億元由教育部補助。
因此，為了興建規劃，斗六醫院與成大一直往來密切，雙方也早已有了合作的默契，一旦將來醫療大樓興建完成後需要「支援」的話，成大也一定是不二人選；不料由於台大醫院接管署立雲林醫院，對於鄰近雲林醫院的斗六醫院也因此起了高度的興趣，並憑著其在醫界豐沛的人脈與接近高層的優勢，積極展開運作，變成成大接掌斗六醫院最大的威脅，成大也因此由原本「順理成章」的局面，陷入今日的激烈競爭。
為此，衛生署昨天特別邀集成大與台大雙方面對面進行協商；據了解，為了不讓優勢曝光，成大代表僅作口報簡報，並沒有留下任何文書資料，以免遭對方「破解」，整個協商過程猶如「諜對諜」般的電影情節，成大代表也拒絕對外透露太多，但是強調一定會力爭到底，而且也有高度的把握。
成大副校長、同時也是成大醫學院院長宋瑞珍則強調，成大與台大都是國家的，就和一家人一樣，不需要拚個你死我活，但是斗六醫院與成大之間已早有合作默契，而且成大也有出資的事實，他不解為何台大已經有了署立雲林醫院，還要爭取斗六醫院？成大一定會爭取到底，並且會與署立雲林醫院作區隔，建立自己的特色，不怕競爭。
《中華日報》
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