行政院函請立法院審議之配合促進產業升級條例租稅減免落日「所得稅法」部分條文修正草案，業經立法院於本(98)年5月1日三讀通過，其修正內容如下：
一、自99年度起，營利事業所得稅稅率由25%調降為20%，採行單一稅率，並將起徵額由5萬元提高至12萬元，以適度減輕營利事業租稅負擔，並提升我國投資環境之國際競爭力。
二、自99年度起，綜合所得稅稅率「21%、13%、6%」3個級距稅率分別調降為「20%、12%、5%」，並將適用稅率5%之課稅級距由41萬元提高為50萬元，以適度減輕中低所得及薪資所得者租稅負擔，增進社會公平。
三、合理調降綜合所得稅之課稅級距金額按消費者物價指數上漲程度調整門檻，由現行之10%調降為3%，俾能及時反映物價上漲程度，合理降低綜合所得稅之負擔。
四、簡化營利事業所得稅暫繳申報制度。自辦理98年度暫繳申報起，營利事業依上年度結算申報應納稅額二分之一計算暫繳稅額並繳納者，免再填具暫繳申報書向稽徵機關申報。
五、簡化獨資合夥組織之營利事業所得稅申報及其盈餘歸課稽徵程序。自辦理98年度營利事業所得稅結算申報起，獨資合夥組織於申報時，僅須依規定計算所得額辦理申報，無須計算及繳納應納稅額，其所得應直接歸課綜合所得總額並計算及繳納綜合所得稅應納稅額。
六、簡化資產評價報備程序及縮短財務會計與稅務法令之差異。
七、修正違反扣繳、短漏所得稅、未依規定申報信託所得資料、超額分配可扣抵稅額及未依規定申報未分配盈餘等規定之處罰罰度，賦予稽徵機關得視違章情節輕重予以彈性處理之機制。
　　財政部說明，本案完成立法，除可落實配合促進產業升級條例租稅減免落日之所得稅制改革方案外，並預期達成下列效益：
一、提升產業競爭力：
(一)降低營利事業所得稅稅率，建立具國際競爭力之租稅環境及透明之投資環境，增進招商誘因，吸引外人投資，以帶動經濟成長。
(二)透過營利事業所得稅稅率之調降，將促進產業升級條例落日之租稅減免利益由70萬家之營利事業共同分享，有助產業間稅負分配之公平化，衡平中小企業及傳統產業之發展。
(三)簡化稅制與稅政，減少徵納雙方爭議，降低納稅依從成本，進而提升稅務行政與企業營運效率。簡化暫繳申報制度部分，每年約32萬家(占每年暫繳申報總家數35萬家之93%)營利事業可適用免辦理暫繳申報之規定。簡化獨資合夥組織之營利事業所得稅申報及其盈餘歸課稽徵程序部分，可使約26萬家獨資、合夥組織之營利事業(占全國營利事業申報總件數比率35%)免先繳納營利事業所得稅，直接將營利所得歸課資本主或合夥人之綜合所得稅。
二、減輕中低所得及薪資所得者之租稅負擔：
　　適度調降綜合所得稅稅率及提高適用稅率5%之課稅級距，可使380萬戶(占全國綜合所得稅申報比率73%)綜合所得稅納稅義務人普遍受益，以減輕中低所得及薪資所得者之租稅負擔。
　　此次所得稅制改革將有助於貫徹「輕稅簡政」之改革理念，期能在兼顧財政負擔能力、產業競爭力及租稅公平之前提下，建構「增效率、廣稅基、簡稅政」之租稅環境，使我國稅制與國際接軌，並建立健全透明之稅制與稅政，促進產業發展，增進全民福祉，為我國經濟永續發展及國際競爭力提升注入新動能，進而以改革績效作為厚植經濟之強力後盾，達到「以財政支援建設、以建設培養財政」之良性循環目標。
　　財政部表示，配合本案完成立法，將儘速修正所得稅法施行細則等相關子法規，俾使修正後之課稅規定能順利實施。