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 在歐洲，義大利最早栽培番茄，當時北部主要以大果型、扁圓的品種為主，主要用於生食和作為義大利麵的調味汁，南部則以圓筒形和卵形品種為主。 當時僅以果實的顏色加以區別（田淵俊人，2013d），並無具體名稱。 19世紀主要是進行單株選擇，直到 1870 年海恩特（Hand）博士將大紅品種和早紅平品種雜交（Large Red× Early Red Smooth）而得到新品種戰利（Trophy），這是番 茄有性雜交選種的最初記錄（沈德緒和徐正敏，1957）。 1910年美國 Livington Seed Co.公佈的最初 有價值的品種名錄有石東、圓球、安林娜、早雀鑽、磅大洛沙、真善美等 21個番茄品種。

適於遠途運輸和加工用的番茄品種選育較晚，是1914~1920年間，美國考普爾（C'oope r CD）於1914年育成 C'oope r Special，美國約翰貝爾（John Baer）於 1915年從真善美中分系育出以自己名字命名的 John Baer品種，海灣州市場（Gulf State Market）是美國康倍爾公司（Campbell Soup Co. ）從 Early Detriot 分系選出的（沈德緒和徐正敏，

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1957） 。 至於抗病育種可能最早始於美國，Essary和 Edgerten於 1910年發表：在發病的田間用混合選擇的方法育成的紅台耐西 （Tennessee Red）（Atherton & Rudich，1988）。

番茄的一代雜種選育是目前的主要育種方式。 雄性不育機理相關研究由美國 Larson（1948年）首先開展，日本的芹漍1970年育成番茄雄性不育系（清水茂監修，1977），但在此之前昭和 11年（1936年）開始研究雜交一代育種，大阪府農事試驗場用Delicious×June Pink培育出福壽2 號和福壽1號（Fruit×June Pink）、 福壽3號（Ne w Globe×June Pink）。 另據日本《蔬菜園芸大事典》記載：昭和7、8年（1932、1933 年）引進Globe和 Fruit等粉色品種;昭和 10~15年（1935~1940年）廣泛進行雜交育種，相繼育成成功 （1937年）、豐玉（1940年）、清州1號 （1940年）、松島粉（1940年）、極光（1948年）等品種，從而構成日本以自家品種為主的生產局面（清水茂監修 ，1977）。

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中國在全國解放之前主要以引種為主，僅知武魁2號是育成品種。 在抗日戰爭勝利后，聯合國善後救濟總署大量配給了邁球、羅脫格、石東、真善美、潘裡加、皮爾生、大貝爾鐵木等品種，此外中國農業院校及科研機構也紛紛從國外（主要是美國）引種（沈德緒和徐正敏，1957）。 抗日戰爭勝利以後至解放建國前，城郊農民已開始零星種植。 解放后由於工礦區和城市建設的發展，國家非常重視蔬菜產業發展，至20世紀70年代末番茄栽培已遍布全國，以引種為主。 80年代尤其菜籃子工程的啟動促使蔬菜科研工作取得長足進展。

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1983年番茄抗病育種列入國家重點科技攻關課題，針對番茄因病害而減產問題制定全國統一研究規劃。 同年啟動全國番茄品種區域試驗，80年代以系統選育穩定品種為主;1990年制定“八五”番茄抗病育種攻關研究計劃，除抗病外將品質育種、保護地番茄育種也列入計劃，90年代則全為一代雜種。 雜交一代育種研究始於“六五”期間，“六五”期間驗收 8個新品種“，七五”期間驗收 19個新品種（李樹德，1995 ）。 “八五”又驗收 19個新品種，基本取代了國外品種（高振華 等，1997，2014）。 目前國內的科研生產單位正使蔬菜育種工作與時俱進、經久不衰。