日本著名的寺院主要集中在日本的三大古都京都、奈良和鐮倉。佛教文化是日本文化的一個重要的組成部分，對日本的文學、音樂、美術和日常生活都有著重要的影響。
京都地區的著名寺院有:
*金閣寺——正式的名稱是鹿苑寺，位於北區，是京都北山文化的中心。作為該寺舍利殿的金閣，二、三層貼滿了金箔，因此顯得金碧輝煌。原物1950年毀於寺僧放火，1955年重建。寺中的池泉回游式庭園也頗引人注目。
*大德寺——位於北區。始建于1351年，曾一度成為日本佛教五山之首。廣闊的寺內保存著很多重要文物，日本茶道的創始人千利休的墓也在其中。
*三千院——位於左京區。是一座建在高地上的天臺宗寺院，最初由最澄法師建寺，後因戰亂數次遷徙，慶仁之亂後移到現在的寺址。極樂院中安置的三尊阿彌陀佛像，非常有名。
*寂光院——位於左京區。據傳是由聖德太子于594年創建的天臺宗尼庵。平家滅亡後，安德天皇的母親建禮門院即由此寺出家為尼。本堂中有一尊高達2米多的地藏像。
*清水寺——始建於798年。位於東山區，現存建築物的大部分都是1633年由三代將軍德川家光再建。此寺為法相宗的總本山。本堂有一個在懸崖上由139根木柱支起的木板平臺，是春天觀櫻、秋天賞楓的好去處。
*知恩院——位於東山區，由法然上人於1175年始創的淨土宗的總本山。1619年建 設的三門為日本最大，本堂中安置著法然上人像。
*醍醐寺——位於伏見區。為真言宗醍醐派的總本山，847年由理源大師創建。寺內的五重塔是京都最古老的建築之一。自豐臣秀吉來此寺賞櫻以後，該寺已經成為京都賞櫻的名勝。
*救王護國寺——位於南區。因該寺為東寺真言宗的總本山，故俗稱“東寺”。寺內有高達57米的五重塔和金堂等國寶建築物，還收藏有平安時代以來的各種珍貴文物。
*妙心寺——位於右京區。位臨濟宗妙心寺派的總本山。1337年由花園太上皇將自己的離宮改建為禪院，是典型的禪宗寺院建築。40萬平方米的寺內建有七堂迦藍，在日本僅此一寺。國寶梵鐘也是日本最為古老的。
*廣隆寺——位於右京區。622年奉聖德太子之命而建，為真言宗的總本山。因該寺為飛鳥時代最為傑出的寺院建築而被指定為日本第一號國寶。寺內安放著彌勒菩薩半跏思惟像。
*三十三間堂——正式的名稱是華蓮王院。位於東山區。始建於1164年，1266年再 建，寺名由支撐寺廟的33根柱子之間的柱房而來，裏面安置了1001尊木制千手觀音像。
奈良地區的著名寺院有:
*興福寺——為“南都七大寺”之一法相宗的總本山。710年作為藤原家的家寺遷到現在的寺址。經數度火災，原寺的建築及器物已十不存一。現寺內仍有東金堂、五重塔和三重塔等不少國寶。
*東大寺——為“南都七大寺”另一大派別華嚴宗的總本山，也是日本屈指可數的大寺院之一。752年由聖德太子創建。曾遭兵火，江戶時代中期進行過補建。寺內有三月堂、南大門、金堂，還有專門用來收藏古代美術品、工藝品的正倉院和高達14.8米的盧舍那佛坐像(俗稱“奈良大佛”)。
*唐招提寺——是由中國唐代高僧鑒真大和尚于759年開山建立的巨刹，為律宗的總 本山。該寺摹仿了中國寺院的建築格式和佈局，寺中處處可以看到中國文化的影響。金堂中供奉的眾多的佛像和鑒真坐像是天平時代的精品。
*藥師寺——為“南都七大寺”之一法相宗的本山。680年奉天武天皇之命建立。現存寺內的藥師三尊像和吉祥天畫像是日本佛教美術的最高傑作。
*法隆寺——位於奈良縣斑鳩町，故俗稱“斑鳩寺”。據傳為聖德太子于607年創立，為“南山七大寺”之一聖德宗的總本山。金堂、五重塔、中門和回廊的一部分是現存世界上最古老的木造建築物，因此被指定為世界文化遺產。
鐮倉地區的著名寺院有：
*瑞泉寺——最初為夢窗國師于1327年創立的臨濟宗建長寺派的寺院，後成為鐮倉禦所足利的墓地。寺境面積16萬平方米，為鐮倉最大。寺內的水仙和梅花非常有名。
*高德院——境內有一座銅制阿彌陀佛坐像，俗稱鐮倉大佛。像高11.39米，加上蓮花座大13.4米。重121噸，是1252年鑄造的，現在成了古都鐮倉的象徵。
*海光山慈照院——俗稱“長穀寺”，為736年建立的淨土宗的名刹。寺中由一根巨木雕成的十一面觀音立像高達9.2米，是奈良時代的作品。該寺建在半山，可遠眺比濱和葉山海岸風景。除了三大古都以外，東京的淺草寺和岩手縣平泉町的中尊寺也是非常有名的寺院。
*淺草寺——創建於628年，為聖觀音宗的總本山。“淺草”本為藏語音譯，意為“聖觀音居住的地方”。該寺祀奉的聖觀世音菩薩也稱“淺草觀音”。山門上掛著的大紅燈籠和寺前的商業街充滿了江戶情調，成了外國遊客必去的地方。
*中尊寺——該寺是由慈覺大師于850年開山的天臺宗寺院，是古奧州藤原文化的最大古跡。寺內有藏著藤原三代木乃伊的金色堂。堂中遍張金箔，光彩奪目，原為收藏“一切經”等佛典而建。該寺被稱為平安時代工藝美術品的寶庫。
據英國《每日電訊報》2012年8月30日報導，由於人口老齡化嚴重，出生率降低，加上僧侶生活孤寂，導致許多日本寺院陷入香火無以為繼的尷尬狀態。為了改變這種狀況，日本僧侶開始參加各種相親會，以圖結婚生子增加繼任者。
根據環球網報導，在日本，僧侶允許結婚和組建家庭。近來，許多僧侶開始參加東京的各種相親會。一些沒有男性繼承人的寺廟所有者，不得不派出女兒參加相親會，以尋找未來的僧侶丈夫。就連日蓮宗(Nichiren Shu)的諮詢辦公室，都開始組織僧侶相親會，一名發言人說：『我們願意給那些尋找美滿婚姻的人一個機會。相親會為寺廟所有者的第二或第三個男性後裔、外來僧侶以及需要將來接管寺廟的女性準備的，那些想與僧侶結婚的信徒也可以參加。』
最近一次僧侶相親會在東京御台場(Odaiba)一棟摩天大樓的30層舉行，51名身穿西裝的僧侶被正式介紹給條件合適的年輕女性。一名來自岡山縣倉敷市(Kurashiki)的27歲僧侶說：『很難找到願意嫁給僧侶的年輕女人，除非我們非常主動去接近這些女子。』來自愛知縣一宮市(Ichinomiya)的24歲女子說：『我父親是一名主持，我有3個姐姐。我想找個願意接管寺廟的丈夫。』一名參加僧侶相親會的37歲女子說：『如果與一名擁有寺院的僧侶結婚，而不是嫁給商人，你就不必擔心因公司重組丈夫失業。』
佛教是日本神道教之後第二大宗教，近年來受歡迎程度急劇下降，許多寺廟面臨財政困境。為了提高吸引力和增加收入，日本寺廟開發了諸多新奇專案，比如開放爵士樂休息室、美容沙龍、時裝表演以及嘻哈音樂會等。
「精進料理」起源於日本平安時代（794-1185年），含有禪宗的精進精神。當時在佛教寺院舉行法事期間，只准進食非肉類的料理，一般僧人吃得簡樸，平常只是清茶淡飯；但若有貴族、武士來到寺院，便會烹調較為多樣化的素食；這種寺院素菜漸漸發展成變化多端的精進料理。日本吃的文化--精緻富有濃郁的故事....
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