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依據所得稅法規及財政部解釋，前五年虧損合於規定者，得列為本年度課稅所得扣除：
一、納稅義務人必須為「公司」組織，「合作社」經財政部解釋亦得適用，如果是獨資或合夥等事業組織，即不得適用虧損扣除。至於社團、財團法人或其他機關團體等組織，目前有效的法規及解釋，尚無明文得否適用虧損扣除，不過，這類組織著重在符合行政院頒布的免納所得稅標準，至於能否虧損扣除已屬次要了。
二、虧損及申請扣除年度均委託會計師查核簽證或使用藍色申報書。
三、會計帳冊簿據完備：
1、須依照商業會計法及稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法之規定設置各項帳簿及記載。其中，營建業如果已提示足以查核其耗用材料及人工費用之有關帳簿文據，得免提示施工日報表。
2、記載的詳細程度：必須達到可以逐筆與憑證勾稽核對，也就是俗稱「成本可對」的程度；雖然，財政部民國九十年曾經發布解釋，放寬營業成本依同業利潤標準核定（即俗稱「成本依法核定」）者，仍可適用盈虧互抵之規定，許多人以為成本依法核定者從此得見天日了，誰知道這號解釋中對於盈虧互抵之前提仍以符合「會計帳冊簿據完備」為要件，而迭經核定、復查、訴願及行政訴訟，各級機關對於「會計帳冊簿據完備」的程度幾乎口徑一致，依個人的看法，只有當公司原屬成本可對，但在國稅局查帳時經協談或自行同意營業成本依法核定，並留有書面紀錄者，才有機會適用這項規定。
四、得扣除前五年度經國稅核定之虧損：通常辦理本年度營利事業所得稅結算申報時，前一年度之營利事業所得大多尚未經國稅局核定，因此，實務上多先行按自行申報之虧損數申請扣除，再由國稅局按核定數逕行調整，不過，若以往年度之虧損數若已經國稅局核定，則務必要按核定數申請扣除，否則，如仍按申報虧損數扣除而造成短漏稅，除了公司應該補稅外，簽證會計師也會被懲戒。
五、虧損年度之免稅投資收益應先抵減各該年度之虧損：包括獲配股票股利及現金股利（僅以虧損年度者為限，不及於申請扣除及其他任何年度者），但不包括緩課股票股利在轉讓前、土地交易所得、分離課稅之短期票券利息所得、證券及期貨交易所得。例如：民國九十年度核定虧損一百萬元，但當年度有還有不計入課稅所得之股利所得三十萬元、土地交易所得二百萬元，則當年度可供扣抵之虧損為七十萬元。
六、申請扣抵年度均不得有短漏報所得受罰情事，但情節輕微者仍得適用盈虧互抵，所稱情節輕微之標準如下：
1、被國稅局查獲者：短漏所得稅額不超過新台幣十萬元，或短漏報課稅所得占全年所得額之比率不超過百分五，且非以詐術或其他不正當方法逃稅。
2、自動補報補繳者：短漏所得稅額不超過新台幣二十萬元，或短漏報課稅所得占全年所得額之比率不超過百分十，且非以詐術或其他不正當方法逃稅。
七、合併或分割前虧損之扣除：依大法官會議對所得稅法之解釋，合併前消滅公司之虧損不得由合併後存續或新設公司申請扣除，但企業併購法及促進產業升級條例特別規定，可以按持有合併後存續或新設公司之股權比例扣除各該消滅公司之虧損，分割後新設或既存公司亦得按股權分割比例扣除各參與分割公司之虧損。
八、變更組織前後其公司法人格相同，故變更組織前虧損得由變更組織後公司由請扣除。
九、已彌補虧損之扣除：經國稅局核定之虧損，縱然因為以往年度有累積盈餘而自動彌補，或於以後年度以現金、公積或減資彌補，其虧損仍得申請盈虧互抵。
營利事業所得稅結算申報時，原則上應按全年所得額減除前五年核定虧損數後為課稅所得額，再依課稅所得額計算應納稅額，然後核算當年度可扣抵之投資扣抵數，但營利事業如果因為按上述規定順序，以致損失投資扣抵權益者，得保留虧損數於以後有效年限內申請扣除。