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1998年腸病毒EV71型首度在台灣大流行，因多數孩童沒有抗體，疫情只能用「慘」字來形容，當年共78名孩童死亡，政府甚至下令關閉游泳池，停辦暑期營隊，更有家長嚇到把小孩送出國。經過此次防疫經驗，也給醫界上了重大一課，往後治療更精確，醫師提醒，EV71型每3-4年大流行一次，家長應多注意。
台灣兒科醫學會秘書長、台大兒童感染科主治醫師李秉穎說，1998年的那波大流行非常嚴重，因全國10歲以下孩童體內幾乎沒有抗體，重症人數持續攀高，當時統計有78名兒童死亡，不過後來醫界推算，由於相關人員對疫情不熟悉，死亡人數可能低估。
李秉穎說，腸病毒有60多種類型，EV71最易引起重症，近年觀察平均3-4年大流行一次，主要是因為有抗體的兒童會逐漸減少。疫情預測沒有100％的準確度，可以知道的是今年疫情應該不會有1998年嚴重，家長做好準備即可，毋須恐慌。
腸病毒多為兒童感染，重症死亡4歲以下居多，當時造成幼兒園、國小低年級家長極大恐慌，李秉穎表示，別說是進醫院看病，就連走在路上、孩子聚集的地方都人心惶惶，政府甚至下令暑假期間營隊停辦，並關閉游泳池。李秉穎說，他印象最深的是，當年有個國際兒童營隊如期舉辦，許多國外小朋友根本不敢來台灣，台灣家長則是一到暑假，就立刻把孩子送到國外親戚家「避疾」。
防疫醫學會理事長王任賢表示，當年腸病毒確實很慘，光是台大一間醫院就收治1871個病童，死亡個案中多數是4歲以下兒童，更有不少1歲左右小小孩，令人心疼。
李秉穎說，腸病毒EV71型造成的重症，多半是心肌炎或嚴重心臟衰竭死亡，這類病患不可給予大量點滴，10多年前醫界比較沒有相關認知，在治療上有較多爭議與討論，目前腸病毒重症治療已大幅進步，致死率自然也降低。