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一、藥商銷售藥品與藥局，倘屬醫師處方藥品，核屬藥局執行調劑業務之進貨，藥商應依統一發票使用辦法第7條第1項第2款規定開立二聯式統一發票；倘屬醫師藥師藥劑生指示藥品、成藥及固有成方製劑或其他貨物，則應依同條項第1款規定開立三聯式統一發票。
二、藥商已依藥事法相關規定區分藥品類別，並據以開立統一發票與藥局，事後稽徵機關查獲藥局有違規轉售行為時，得依行政罰法第7條第1項規定不予處罰藥商，惟藥局倘涉有逃漏營業稅，仍應依加值型及非加值型營業稅法第51條規定核處，並應通報其目的事業主管機關依法辦理。