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公、教、軍、警、公私事業職工，由服務單位支領或給付健康檢查費，係屬職務上取得補助費，核屬所得稅法之薪資所得，依法應併計取得年度綜合所得總額課稅。另營利事業補助員工健康檢查費用，並不因係由員工檢據核銷，或由服務單位直接支付健檢機構而有所不同，均應列為員工薪資所得課稅。而營利事業依照勞工安全衛生法第12條第1項規定對於在職勞工應施行定期健康檢查，及對於從事特別危害健康之作業者，應定期施行特定項目健康檢查，其依同法第2項規定負擔之健康檢查費，與一般定期健診性質有別，可適用營利事業所得稅結算申報查核準則第81條第5款及第8款規定核實認定，列為職工福利，不視為勞工薪資所得。