1625年8月，縱橫東亞海域的巨賈李旦在日本平戶過世，李旦的逝世，引起東亞海域個勢力的重新洗牌；後續的四十年間，稱霸閩海地區的鄭家勢力便在此時開始萌芽。然故事的開頭還是需要回到李旦。
西班牙人於1571年佔領菲律賓，此前哈布斯堡王朝的版圖早已隨著地理大發現而擴展到中南美洲，並在該處發現大量的白銀；此後的兩個世紀當中，中南美洲所鑄造的里爾銀幣，便隨著大帆船送到了馬尼拉與歐洲，成為當時世界所通行的貨幣。當時中國為朱明政府當政的時代，隨著各種海外貿易的擴大，白銀大量流入，取代原有的寶鈔及通寶；1457年明英宗將法定貨幣改為白銀，此後明朝的稅收便都以白銀為主，當然中國也不是不產銀，但產銀的地區集中在雲南，且產量上供少於求，加上1522年日本大名間的貿易紛爭鬧到了寧波，明政府便禁止產銀的日本到中國進行貿易（中日朝供貿易的終止主要發生於1551年陶晴賢謀害了大內義隆以後，陶晴賢扶植大友義鎮的弟弟繼承大內家，但中國方面不承認大友家假大內家之名前來朝貢；寧波事件發生後，明政府關閉了福建、廣東、浙江的市舶司）。在這一切的原因下，中日貿易便進入了走私貿易（取而代之的中介團體反而是葡萄牙人），新興的馬尼拉，則在地緣之便的情況下，竄升成為福建商團積極前往的地點。
李旦原先在馬尼拉曾從事中菲貿易，並為當地有名的商賈，對西班牙人與華人來說都具有一定的影響力，然而1603年，福建官方為了瞭解馬尼拉產銀的傳說，派遣官員前往探查，此舉觸動了馬尼拉西班牙當局的神經腺，認為大明將派遣軍隊渡海發動戰爭，因而在大明官員走後便開始對華人進行的第一次大屠殺（一共有七次）。此後，1609年，李旦便離開馬尼拉前往日本平戶，此前李旦的弟弟歐華宇即在日本從事貿易，李旦加入後貿易規模日益擴大，李旦在九州發展得相當順利不僅與地方官肥前守松浦隆信搭上了線，更進一步的與英國東印度公司建立良好的合作關係，甚或是薩摩島津大名的債主之一。
但是李旦在日本從是什麼樣的貿易呢？這得說說李旦的貿易網絡，李旦在馬尼拉之時，即在中國建立了良好的商業網絡，由福建地區的代買人購買商品，再由李旦在該地進行販售。李旦遷到平戶後，仍舊採取這樣的途徑，由福建地區代買商品，再交由李旦販賣（有點類似現在跨國網拍的商業行為）；對於當時的日本市場而言，中國的絲綢具有相當廣大的銷路，不僅僅是地方貴族，甚或中央的幕府將軍、京都的各大貴族都是李旦所販賣絲綢的愛用者；筆者不清楚李旦在馬尼拉從商時福建的接頭人為何（很有可能是他在福建的弟弟，亦或許所指的是許心素），但李旦遷往平戶後，在福建的接頭人則為許心素，這位許心素來頭不小，一來許為李旦的拜把兄弟（簡單說來就是投名狀，不過兩人的關係更為為密切，畢竟他們具有同樣的地緣關係），兩人彼此具有相當親密的關係；二來許的管道多元，不僅只做李旦的生意，更作英國東印度公司的香料貿易；三來許心素具有公職身分為地方的低級軍官－把總，不僅通曉訊息，更掌管地區的海防。
除此之外，當時東亞沿海地區相當的紛亂，不僅哈布斯堡與荷蘭的獨立運動鬧到了亞洲來之外，東亞地區除了李旦，仍有其他的海商集團在運作，彼此間的關係相當紛雜，相互劫掠攻伐的情事時有所聞。為了打擊敵對陣營以及鞏固自身的貿易安全，海商也同時是海寇，具有自身的海上武力。而臺灣的地位就在大航海時代的中國當中浮現了出來，臺灣由於島內棲有獵人頭習慣的原住民，因此在海洋的歷史當中默默無名；然而明朝以來，由於日本進入戰國時代，加上明政府的海禁措施，致使地多人少的中國沿海生計困難，為了謀生，不少沿海居民違抗禁令下海貿易，甚或與日本人勾結進犯沿海，造成沿海地區時生治安問題。對此，明政府採取嚴厲的鎮壓措施，派遣戚繼光、俞大猷等名將進行征討，但仍舊沒有辦法根除海盜肆虐的問題；16世紀以來，林道乾、林鳳、王直等人在明朝的海禁壓力下，皆存有在臺灣經營的紀錄；而李旦也是如此培植自身的海上武力，並在臺灣設有基地。依據黃阿有〈顏思齊鄭芝龍入墾臺灣研究〉的考證，當時李旦在臺的海上武力即由顏思齊所領導，筆者尚找到資料說明顏思齊入臺的明確時間（川口長孺認為是天啟元年，即西元1621年，但一來川口氏將顏思齊與李旦視為同一人；二來李旦1609年時即前往平戶，對於經商有所經驗的李旦，未必會於十年後才培植自身海上武力，筆者認為顏思齊入臺的時間應在1603年沈有容破東番海盜至1622年荷蘭人占據澎湖之間），然而似乎17世紀初葉，臺灣即存有顏等的蹤跡；顏思齊將其部眾安插到臺灣的魍港（即今日嘉義縣的好美里），一共分為十寨；筆者日前有幸親自走訪，現好美里地區之太聖宮供有媽祖一尊（木刻，約一百公分高，遠超過船中所供奉的規格），經教育部考證其入臺的時間早於荷蘭人，不難想見當時漢人聚落的規模。
此處該說說鄭芝龍了，鄭芝龍為泉州人，十八歲時前往澳門母舅黃程處學習經商，在澳門時習得葡萄牙與西班牙語，並受洗成為基督教，徒教名Nicholas（從後續的發展看來，筆者很難確信鄭芝龍是真心信奉基督教，反而在當時西方人的脈絡中，與上帝較為接近的中國人才是值得信任的，也可能是這樣的原因，鄭芝龍為了與歐洲人士打好關係，「策略的」信奉基督教），並助黃程押貨到日本及馬尼拉，此間結識了李旦，受到李的賞識，鄭便前往日本，並在日本娶妻生子，生下了鄭成功。
荷蘭東印度公司鞏固了南亞的貿易勢力後，便希望將貿易的大手伸向東亞，1622年，果斷堅毅的Coen總督命令艦隊司令雷也山攻擊澳門，並佔領鄰近中國沿海的根據地；也即如此，荷蘭人再次踏上了澎湖（第一次是1604年，但被沈有容諭退了），希望能夠在福建地區開設商館，與中國自由貿易，但卻遭到明政府的拒絕。1624年福建巡撫南居益在得到熹宗皇帝的首肯下，帶領大軍登陸澎湖，企圖以武力逼退荷蘭人，面對到福建海域的緊張關係，李旦的商業利益不免有所受損，便在荷蘭人的請求下充當兩方的和事佬，由於鄭芝龍通曉荷蘭文，便成為雷也山與中國官方的通譯，後來中荷達成了協議，荷蘭人退往大員，而中方私下允許中國商人前往臺灣進行貿易。
荷蘭人遷往大員後，李旦仍舊在中荷之間穿針引線，試圖獲取利益，而鄭芝龍也仍在大員擔任荷蘭人的通譯；然筆者認為，此時李旦將鄭安插到顏思齊的手下擔任要職，以疏通荷蘭人與在臺中國人之間的關係。1625年李旦在平戶，原先龐大的海商集團瞬間解體，日本方面由李旦之子李國助、歐華宇等人經營，臺灣方面則由顏思齊為之，中國方面則為許心素。10月，顏思齊在諸羅地方逝世，鄭芝龍在鬥爭當中勝出（有說法認為鄭芝龍拜拜時顯神蹟，但是筆者認為由於鄭芝龍與李旦的關係良好且精通國際語言，或許在海盜眾的考量下，被推舉成為首領也不無可能），接替顏思齊在臺勢力，竄升成為獨霸一方的海上勢力。隨後鄭芝龍在沿海地區與許心素相互爭鬥，並劫掠中國沿海，打斷中臺貿易；也即在這樣的背景下，帶著朱印狀臺來的濱田彌兵衛，方才沒有辦法渡海進行貿易；然而鄭芝龍也沒有放棄顏思齊在臺經營的魍港基地，仍舊持續與當地部落－麻豆社存有往來，其手下亦不斷干預荷蘭人統治勢力的擴張。筆者認為或許在這樣脈絡下，才能解釋大員商館為何在1626年派遣軍隊至魍港征伐海盜的史實，但魍港的海盜眾不少為昔日替李旦在的海上武力，具有相當程度的武裝與經驗，致使配有良好裝備的荷蘭人遭到大敗，連帶引起大員地區複雜的族群關係，甚或牽動到日後魍港「弗立辛根堡」（vlissingen）的建築以及1636年麻豆協約的簽訂。
1628年，臺灣的代理總督De Witt在致東印度巴達維亞總公司的報告中存有以下的紀錄：
中國海賊日益壯大，幾乎足已控制整個中國海，將所有海岸的戎克船破壞燒毀殆盡，更在陸地大肆掠奪暴行。他們已壯大到擁有四百艘戎克船和六、七萬之徒眾。此頭領稱作一官，曾在大員商館擔任公司之通譯，後不告而別，前去投靠海盜，轉瞬間獲得如此偉大的地步，連中國官方都不知該如何將海盜自海岸加以驅除。…海賊一官（指鄭芝龍，「一官」即當時東南沿海的黑話，可以將之視為「大爺」，二官即二爺）長期與我等維持良好之關係，對我等相當有信用，誰知卻有前述不意之後果。（引自岩生成一，1999：213-214）
對於鄭芝龍的崛起，東印度公司感到相當的吃驚；由此可見，鄭家的崛起似乎與東印度公司的關係不大，亦或東印度公司沒有給鄭芝龍太多的援助（荷蘭人1620年以前在東亞多半從事海盜行為，若說荷蘭人給予鄭芝龍甚麼幫助，可能很大一部分是允取他以荷蘭人的旗幟進行劫掠行為）。
1627年，鄭芝龍攻陷廈門，許心素被殺，貿易大勢霎時掌握在鄭家手中。1628年福建當局便對鄭芝龍進行招撫，給予中級軍官的游擊之職，冀其懾平海疆（其實福建當局是在成本的考量下採取「以盜制盜」的辦法）。鄭芝龍雖然成為地方軍官，卻仍擁眾數萬，劫掠沿海；但在海盜眾分贓不均的情況下，李魁奇與鐘斌紛紛與鄭芝龍分道揚鑣，相互為敵，並大敗鄭的部眾，而閩府與荷蘭人也在此時拉攏李魁奇等人；不過李魁奇並非如同鄭芝龍般的容易控制，致使鄭芝龍又出現了一線生機，獲得閩當局與荷蘭人的支援，且在閩當局的離間下，鐘斌與李魁奇分裂，加入鄭家的勢力當中。1630年，李魁奇大敗，並在福州斬首示眾。隨後，鐘斌又與鄭氏反目，卻於1631年遭到鄭氏討平，此時鄭家勢力逐漸到達高峰。而屢屢幫助鄭芝龍的荷蘭人，一直希望能夠獲得前往中國自由貿易的權利，但卻遭到鄭芝龍的冷處理（其實鄭芝龍被夾在福建當局與荷蘭人當中，也只能就自身權限給與私下貿易，而這並非荷蘭人所願的），大員長官Putmans便與巴達維亞的總公司計畫出兵，威逼使福建當局簽定正式的貿易協定；與此同於，與鄭芝龍同為顏思齊手下的劉香，因吸收李魁奇與鐘斌的部眾而逐漸坐大，荷蘭人為了扶植新勢力，便與劉香和李旦之子李國助搭上了線，三方共同消滅鄭家勢力；此後荷蘭人不斷的侵擾福建沿海，1633年鄭氏集中兵力在金門的料羅灣重創荷蘭建隊，隔年兩方便進入談判階段，眼見沒有利益的劉香於是偷襲臺灣，未果；潛逃至廣東一帶，次年仍舊為鄭芝龍所討平。1635年以後，鄭家的勢力便完全掌控東亞海域，並隨著1644年明朝滅亡後，成為一股海上的龐大勢力。
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