A、 憲法和條約
由於人權公約也是條約，因此在論及其和憲法的關係時，憲法和條約的關係就成為問題，眾所周知，憲法９８條第１項規定憲法的最高法規性，但是就關於違反憲法條款的法律等等的效力問題，而制定的該條文，並未明文規定其與條約的關係，另一方面，９８條第２項規定「日本國締結的條約以及確立的國際法規必須誠實地遵守」，更進一步地，規定最高法院的違憲審查權之憲法８１條也並未明文規定公約是否為審查的對象。
因此，對於憲法和條約的優劣關係有各式各樣的看法，學說也分成（ａ）條約優位說（ｂ）憲法優位說（ｃ）折衷說三種。政府的見解有（ｉ）將條約中被確立之也稱為國際自然法的國際法規明文化－例如外交官的治外法權，關於這一點憲法是以其法秩序為前提而採納的，因此認為優於憲法，（ｉｉ）另一方面，二國間的政治的、經濟的條約則是憲法佔優位，（ｉｉｉ）投降文書或者和平條約這種攸關一國的安定與否之條約是優先的（第３３次國會（參）預算委員會政府委員答辯 山內一夫他編『國會の憲法論議』行政）。
另一方面，最高法院的判決，砂川上訴審判決（最大判１９５９年１２月１６日－刑集１３卷１３號３２２５頁）大多是被以憲法優位說的立場來引用，但是由於該判決擁有條約與「以主權立國的我國的存在基礎有著極重大關係的高度政治性」，「一眼就極能明白其並不違憲，是在法院的司法審查權的範圍之外」，因此事實上將條約置於司法審查的範圍外的這件事情引導出和條約優位說相同的結論。
此外，還有並非條約本身，對於為具體實施條約的法律等等，有違憲審查權，只認定這個法律為違憲無效，藉以解決憲法和條約相互矛盾的說法。這項學說承認比砂川判決更為廣泛的違憲審查權，並且主張有正當性。
從國際法的層面來看，我國也已經批准的維也納條約法條約２７條有規定「當事國，不得將條約不履行的正當化根據，援用於本國國內法」，這裡所指的國內法當然也包括憲法，此外，這項條款被解讀為將國際習慣法成文化的規定，因此可視為是憲法９８條第２項中所謂確立的國際法規，我國也受其約束。
Ｂ、人權公約的條約性質
學術上，條約被分成契約條約和立法條約，但是人權公約是聯合國大會經合意通過的，並且擁有與國際社會全體相關的目的，以期確認或者長期地確立一般的國際法規，因此，屬於立法條約，且是一般多數國家間條約，具有一旦簽署該公約之所有國家皆受其拘束的性質。
Ｃ、人權公約和憲法９８條第２項所謂「確立的國際法規」的關係
有鑑於上述人權公約的條約的條約性質，人權公約是否為並不只是我國批准的條約，亦可說是確立的國際法規之問題，在檢討憲法上的人權公約地位時，是相當重要的。
首先，何謂「確立的國際法規」，有２種學說，其１是「被一般承認，且實施的成文、不成文的國際法規」，其中即使是我國未批准的條約也包含在內。其２是，「所謂被一般承認，且實施的國際習慣法」，並且認為為成文法規的條約是否被排除在外。但是條約之中，也包含確認國際習慣法或者宣誓其存在的條文，因此區分成文或不成文未必有實質上的幫助。
雖然人權公約亦是成文條約，當然其中包括有宣誓及確認國際習慣法的存在之條文，關於這些觀點，若站在上述的與憲法和條約的優劣相關的政府見解之見解上的話，就該賦予以憲法為前提，憲法規定占優位的效力。此外，當初並非是國際習慣法，但是也承認其習慣法化。因此，人權公約整體上是否為確立的國際法規，即國際習慣法，成為一項問題。但是，從人權公約的成立過程等等來看，很難將整個人權公約在成立時即視為國際習慣法，寧可說其當初並非國際習慣法，但是就條約成立以來「進入國際法的一般體系，並且現在因其法的信念而採納，結果對於不是條約的當事國，或者非當事國的各國也具有拘束力」的這種可能性，有加以檢討看看的必要。但是，目前人權公約已高達１３４個批准國，不過，尚有安保理事會常任理事國未批准該公約，而且若考慮到已批准但尚有保留的多數國家，其中包含我國，那麼要將公約整體視為國際習慣法化，在認定上是困難的。
那麼就個別規定來看又是如何呢。關係這一點，因為有人權公約第４條的禁止免除義務的條款作參考，所以６條（生命的權利），７條（刑求等等的禁止），８條１項及２項（奴隸的禁止），１１條（禁止因債務的拘禁），１５條（禁止溯及處罰等等），１８條（思想、良心、宗教的自由），等等這些條款是有可能被承認為國際習慣人權法。此外，在美國以「國際習慣人權法」為題的第３再確認書７０２中，除了上述條款外，尚有「長期恣意的拘禁」，「制度性的人種歧視」，「國際上認定的持續性形態之重大人權侵害」。
此外，公約人權委員會，就其解釋並不承認保留的其他條款，９條（禁止恣意的拘禁）以及２７條（少數民族的保護）（一般性意見２４．８項）也是同樣的。至於其他條款該為何種規定才能認定其為國際習慣人權法，成為今後必須檢討的課題。另外，關於世界人權宣言，有附加整體上為國際習慣法的說法。
Ｄ、憲法和人權公約的抵觸可能性－以具體範例為中心
（１）「公共福祉」和人權公約
我國憲法和人權公約的關係方面，自從第２次政府報告書的審查以來，就屢次在國際人權＜自由權＞公約委員會委員之間被提及，特別是以限制人權的原理而在憲法中規定的「公共福祉」和人權公約的各個條款所規定的限制個別的事由之關係，成為一大問題，因此首先就這一點提出討論。
我國的憲法上，和財產權有關的２９條，其內容是依附在「法律」之下，與受教育權相關的２６條，其實現方法則是依據「法律」，但是此種情況下的「法律」與其說是限制基本人權的事由，倒不如說是和其內容及實現方法相關的條文，在其他的基本人權方面，也是有程度的差別，並且其內容和實現方法不得不依照法律，因此不能解讀為限制權利的事由。因此在日本國憲法中，限制人權的事由只有「公共福祉」。
另一方面，人權公約有規定具體的自由權以及參政權，而且各個條文都有個別的限制規定。在規定參政權的２５條明示得以行使「無不合理限制」的權利，即表示服從合理的限制。規定公開審判的１４條１項中，具體地表示承認非公開審理的理由有「民主社會的道德、公共秩序、為當事者私生活的利益之必要」的限制，而信教的自由中表明宗教及信仰的自由（１８條３項）方面，規定要服從「法律規定的限制，並且為了公共安全、公共秩序、公眾的健康或者保謢他人的基本權利及自由所必須的」限制。另外還有，規定移動的自由及居住的自由之１２條，保障私生活等不受非法干涉的權利之１７條，規定表現等等的自由之１９條，和集會的自由等等相關的２１條，承認結社等等的自由之２２條，這些條款也被視為是共通的。
因此，認定「公共福祉」和人權公約各條款的各個限制事由矛盾是理所當然的事，但是，根據政府報告書的審查（第２次）中政府代表說明，則是做了「公共福祉」因其為「為調整人權相互間的矛盾、衝突之實質的公平原則」而嚴格地解釋、適用，並非對人權有不當的限制之答覆。但是，如同眾所周知，在實際的判例中，為了限制憲法上的基本人權，這種抽象且曖昧的概念，常方便且輕易地被利用，是不容爭辯的事實。
人權公約５條規定，不允許「公約中承認的權利或者自由…限制超越本公約中規定的限制範圍」。因此，將憲法上的限制事由之「公共福祉」套用在公約上，而限制公約上的權利是不被允許的，雖然憲法的保障範圍因「公共福祉」而被侷限住，但是卻不能將公約上的權利更侷限於公約規定的限制事由。假設因公約使得人權保障之範圍比憲法要來的廣泛，但是還要預想其被解讀為因「公共福祉」而禁止的這種例外的情況則另當別論，不過通常不可能預設該種情況。因此，除了例外情況之外，由於公約的保障範圍較廣泛，所以不會有抵觸的問題產生。
（２）憲法１４條的合理的歧視基準和公約２條、２６條的平等條款
第３次日本政府報告書的審查中提出，並且在委員會的勸告和建言中有被提及的是，嫡生子和非嫡生子的繼承比例不平等的問題。委員會認為此為因出生之歧視，並且違反公約２條、２６條，就相同問題，根據先前最高法院的判決，嫡生子、非嫡生子間的繼承比例在法律上的差異是「合理的差別」，並不違反憲法１４條的規定（最大決１９９５年７月５日，民集４９卷７號１７８９頁）。在此種狀況下，保障法之下平等的憲法和人權公約解釋，是處於對立、抵觸的立場。
ａ、在適用憲法１４條方面，最高法院認為「憲法１４條１項，對於國民並非保障絕對的平等，而是應當解釋為其宗旨是使用應該歧視的合理性理由來禁止歧視，因此就事件的性質，採取被認定是合理的差別歧視」，所以該適用所謂合理的歧視案並無違反憲法１４條。此外，其範圍方面，不應該區別憲法１４條中所指出的因人種、信仰、性別、社會地位、門第而產生的歧視，以及因其他以外的理由而產生的歧視，１４條的指出只能算是例子，解釋上，不用特別去考慮以被指出的理由為基礎的歧視。
原本關於這一點，學說上有產生對立，而且還有主張一概不准有因憲法１４條揭示的事項而有歧視待遇的立法。
ｂ、另一方面，人權公約中２條以及２６條有平等的規定，２條限定在公約規定的權利的尊重、確保，但是２６條則被解讀為並無限定權利的範圍。此外，公約２條以及２６條所列舉的事由中，即使是公約４條所規定的緊急狀態下，也不允許只以人種、膚色、性別、語言、宗教或者社會的出身為理由之歧視，因此只因這些理由，而不受歧視的權利應該也能稱為絕對的權利。
何謂歧視又是指什麼呢？人種差別廢除條約１條，女性差別廢除條約１條皆是參照公約人權委員會的一般性意見１８來定義，即歧視是指「凡是以人種、膚色、性別、語言、宗教、政治意見及其他意見，國民的或者社會的出身、財產，出生或其他地位等等的理由為基準之所有區別、排擠、限制或優先，以對全體人類皆站在平等立場的人權和自由之認知，享有或行使的行為皆為無效，或者視為有害目的或者有害效果之行為」。從這種觀點來看，為改正歧視之政府的行動，措施是必要的，且不可有歧視的待遇，而且基準須合理且客觀，同時在公約的規範之下，要以達成正當目的為目的，此時的歧視待遇，未必構成「歧視」，這一點是前述一般性意見中所表明的委員會的見解。
ｃ、如上所述，憲法１４條列舉的事由和公約２條、２６條列舉的事由重覆性頗高，但最高法院的解釋中所列舉的事由屬於範例，並非指保障絕對的公平，而且若有合理的理由，以列舉的事由為基準的歧視也是被允許，相對地，在公約中只有「人種、膚色、性別、語言、宗教或者社會的出身」之歧視是絕對禁止的，這和公約２條、２６條所列舉的事由也有所區別，「歧視」有一定的定義，以合理的且客觀的基準為基礎之歧視待遇並不能視為「歧視」，但是和我國法院的「合理的基準」適用性方面，指稱並無所謂的合理基準的情況比較的話，應該採取站在更嚴格立場做出結論的委員會公約解釋，而且這一點和非嫡生子的繼承權有關的判斷相對立。況且，歐洲人權法院的判例（例如Ｍａｒｃｋｘ案件、系列Ａ，參照３１卷）也認定非嫡生子的繼承權在法律上的差異即是出生的歧視待遇，關係這一點，和公約人權委員會的看法是一致的。
ｄ、但是，這只是具有相等意義規定的憲法１４條與公約２條、２６條在解釋上的對立，並非指憲法和公約相互矛盾、抵觸。
日本政治在第３次政府報告書中，就憲法保障的人權和公約中的人權做了以下描述「兩者間即使文言上有差異，但是內容並無不同」，而法院的判決中也說明兩者意義是相同的。可是，這些敘述從公約如同後述，是依據維也納條約法條約規定的解釋方法，而且其文言的解釋方面是自律性的，也就是說忽視必須和國內法概念劃上等號的原則，是不正當的。今後公約的解釋會依據正當的方法而更加強，尤其是法院解釋的憲法上人權的解釋和國際人權〈自由權〉公約委員會以國際法解釋原理為基準，解釋的人權公約，兩方的對立，抵觸之可能性會增高。
（３）其他有抵觸可能性的條款
公約本身的文句和憲法上的條文，也有明顯抵觸的條款存在。舉例來說，公約２０條的禁止宣揚戰爭思想和禁止倡導人種的宗教的憎惡思想和憲法２１條的表現自由就是其中一項（原本，也有見解表示這和公約５條２項並無抵觸）。
（４）抵觸可能性的分析
有關人權的憲法內容和公約內容的關係，可從以下４種情況考量。
第１、 憲法和公約包含解釋，全部是一致的情況。
第２、 公約在人權保障內容上比憲法來的廣泛、具體且詳細的情況。
第３、 憲法保障內容較廣泛（舉例來說，雖然公約１９條３項和憲法２１條相關，但未必明確），具體且詳細的情況。
第４、 憲法和公約矛盾的情況（舉例來說，公約２０條或人種歧視廢除公約４條和憲法２１條）。
在憲法和條約的關係方面，如果採用條約優位說的話，則不會有問題，若採用其他立場的話，如前所述，國際法的一般原則，是不能以包含憲法的國內法為理由，來和不履行公約的義務相抗辯，因此第１的情況不會有特別的問題發生，但第２、第３、第４的情況，就需要檢討。
ａ、首先是第２的情況，譬如說，如果同樣考量制定法律來保障比憲法更廣泛的人權，基本上是可行的話，那麼公約廣泛的人權保障就不會和憲法有任何的矛盾、抵觸，其有效性也不會有問題。這種情況本來就不是抵觸的問題。
ｂ、第３的情況，依據公約５條２項，明白規定憲法的廣泛人權保障應該優先，並且不容許以公約的人權保障的範圍較狹隘為理由，來限制包含憲法的國內法之人權保障。
ｃ、第４的情況，原本在批准條約時，是可以利用行使保留權來迴避的課題，但是現在則行不通。因此，這個問題是個極度難以解決的問題，不過，有必要視之為憲法解釋的問題並朝儘可能解決的方向來檢討。此外，被視為國際習慣法的條款也如前所述。
ｄ、再者，在現在的制度下，違反條約不能成為法定上告理由，但是，為了確保條約的適當解釋和運用，因此必須強調違反公約成為上告理由的必要性。
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