內文是描述ㄧ生默默謹守領地的長谷倉六右衛門突然接獲寄親石田先生的通知，被評定所的重臣之ㄧ，白石先生指派為「御使者眾」之ㄧ到遙遠的墨西哥，希望能與之直接建立貿易關係，並且說，唯有出使任務，要回舊領地黑川土地才有希望。隨行的同伴有：松木忠作、田中太郎左衛門、西九助及隨從一起踏向未知變數的旅程。
此次計劃是由野心勃勃、渴望成為日本主教的保祿會司祭貝拉斯可提出，由他擔任翻譯，藉由日本與祖國西班牙建立通商關係，以獲得在日傳教的自由。長期以來，伯多祿會和保祿會是對立的，貝拉斯可認為是受到伯多祿會的壓迫，故未能擁有自由發揮才能的空間，希望能藉由此次說服羅馬教宗，成為日本主教。
ㄧ行未越洋到異鄉的日本人，飽受暈船之苦、歷經暴風雨的波襲後抵達墨西哥，然而墨西哥總督不予直接回應；於是ㄧ行人又赴西班牙竭見國王，由於伯多祿會呈給國王的信函對貝拉斯可的行為嚴重指控，須招開主教會議。為了能順利竭見西班牙國王，在貝拉斯可的軟硬兼攻下，武士為了任務而受洗，成為天主教徒。眼見成功在望，ㄧ封突如其來的信函告知日本頒布禁教令，成功卽幻化為泡影；最後的希望只有到羅馬竭見教宗，貝拉斯可向羅馬樞機主教波爾格傑求援，但也僅是遭到反對，最後在貝拉斯可的懇求下，武士雖見到教宗，但只獲得形式上的祝福。歷經一波三折的ㄧ行人依循原路回故國，然而等待他們的卻是審判和死刑。
遠藤在《武士》ㄧ書主要探討的是日本對泛神教的觀感，以致於天主教無法在日本真正落地生根的種種因素，如貝拉斯可對日本人的體驗：
在日本長久的生活中，我目睹到日本人即使在宗教中也追求現世的利益。甚至於可以說為了獲得更多的現世利益，他們才有他們所說的信仰。為了逃避疾病、災害，他們拜神佛。領主們為了希望戰勝才許願捐獻給神社或佛寺等。和尚也深深了解這情形，讓信徒們膜拜像惡魔的藥師如來，認為比藥更有效。沒有別的佛像像如來這般受日本人的崇拜。而且，不只為了逃避疾病和災害，日本人的宗教裏還有許多號稱可以增加財富的邪教，也吸引了許多信徒。(85)
從宗教中追求現世利益的日本人！每次看到他們就讓我感受到在那個國家，像基督教所說的追求永恆，或靈魂救贖的真正宗教是無法生根的。他們的信仰和我們基督教徒所說的信仰之間存在著相當大的隔閡。(86)
又如威連提神父在主教會議持反對意見的說法：
日本人本質上，對於超越人的絕對性、超越自然的存在，以及我們稱為超自然的東西並無感覺。在三十年的傳教生活中...我好不容易才察覺到這一點。要告訴他們這世界的無常並不容易，因為原本他們就有這種感覺。然而，可怕的是日本人有享受這世界無常的能力。由於這能力足夠，因此他們享受停留的樂趣，也由於這感情，他們寫了許多詩。然而日本人並不願從那而提升，也不想提升之後再追求絕對的東西。他們討厭區分人與神的明確境界。對他們而言，如果有在人之中的東西，那麼，有一天人也可以達到的。例如，他們的佛像是人捨棄迷障時存在的。對我們而言，即使有與人完全不同的自然但那也是包含人在內的全體。我們在糾正那種感覺上失敗了。
他們的感性經常停留在自然的次元，絕不再提升。在自然的次元中，那種感性微妙、精緻的令人吃驚。但是，那是在別的次元無法把握的感性。因此，日本人無法了解與人不同次元的我們的神。(210)
日本人決不會ㄧ個人生活。我們歐洲傳教士不了解這事實，這裏有一個日本人，我們要讓他更改信仰。可是「他」並不是以一個人活在日本，他的背後有村子、有家。不！不只是這些，還有他死去的父母或祖先。他的村子、家、父母、祖先如活著的生命般和他緊密地結合在一起。因此他不只是一個人，而是背負著村子、家、父母和祖先的ㄧ切的總體。(211)
遠藤藉著長谷倉的遭遇和犧牲將日本傳統思想及宗教信仰的矛盾刻畫細遺。在遠藤的筆下，將長谷倉塑造成剛毅木訥且逆來順受的性格。一開始對天主教不能接受，如船旅途中遭受暴風雨的侵襲，武士從隨從與藏口中得知貝拉斯可照顧受傷的隨從清八一整夜，並手捏念珠為他祈禱。武士得知後，羞愧的不自覺手捏念珠，坐在帆柱影下看著手中的念珠：
多顆樹種子串聯而成的念珠的另ㄧ端繫著十字架；十字架上刻有瘦削的裸體男子。看來無力地張開雙手、低著頭的的男子，不明白所有南蠻人，包括貝拉斯可在內，為什麼稱他為「主」。對武士而言，稱為主的只有藩主，然而藩主並不是這麼寒愴，也不可能是這般軟弱無力的人。光是拜瘦削的這個人的行為，就讓武士認定天主教是奇怪至極的邪教。(104)
ㄧ路上，隨處可見耶穌的畫像。武士不了解威連提神父所說的「不同次元的我們的神」的真意，如貝拉斯可為了順利竭見西班牙國王，而要求武士受洗：
(我呀......沒有拜你的意思。)武是貶貶眼睛，抱歉似的嘟嚷。
(我也不知道南蠻人為何敬拜你。聽說你是背負著人的罪而死的；但是，我並不認為我們的生活因此而舒服。我很清楚谷戶的百姓們過著悽慘的日子。你的死，並無任何改變。)
武士想起谷戶的四季，風吹過每ㄧ戶人家──擁擠得像家畜棚子的家。想起飢餓時吃盡所有能吃的東西、為找尋食物而棄村的百姓的故事。貝拉斯可說這個可憐的男子拯救了人類；可是，所謂的拯救是什麼意思，他不知道。(222)
在得知任務失敗後，依循原路回日本的途中，經過普拉布耶城時，想起在提卡利村的日本修士，武士和西九助趁夜晚去拜訪。武士問修士：
「為什麼會敬服那寒傖、可憐的男子？為什麼能禮拜那疲憊而醜陋的男子？這我就不了解....」
武士第一次認真地問。西也蹲著仰望修士的臉，等待回答。從沼澤傳來印第安女人奇妙的聲音。
「我從前也有過相同的疑問。」修士點點頭。「可是，祂比現世的任何人要寒傖地生活，因此我相信。因為祂又疲倦又醜陋，祂太了解這世界的悲傷。無法漠視人的悲嘆、苦患，因此祂才變得那麼疲倦、那麼醜陋。如果祂活在我們伸手達不到的高貴、舒適的地方，我想不會有那種胸襟。」
武士無法理解修士說的話。
「祂因為一輩子都過得悲慘，因此能了解悲慘者的心。因為祂死得悽慘，因此知道死得悽慘的人的悲傷。祂既不強壯，也不好看。」
「可是，你看看教會就知道了，看看羅馬城就行了！」西反駁。「我們看過的教會都有如瓊樓玉宇，教宗住的地方也裝飾得在墨西哥市根本無法想像的地步。」
「你以為祂希望這樣子嗎？」修士生氣似地搖搖頭。「以為祂希望住在裝飾得那麼華麗的教會？不是的，祂想住的不是那樣的建築，我認為是像印第安人的破爛房子。」
「為什麼？」
「祂一輩子都是這樣。」修士以充滿深深的信心回答。之後，眼光落在地面上，自言自語似地反覆說。「祂一輩子都是那樣子。祂沒去過高傲者、富裕者的家，祂只找醜陋的、悲慘的、寒傖的、可憐的人。可是，現在這個國家的主教、司祭都是富裕、自滿的人，不是祂所要找的人。」(285)
歸國後，武士不斷想起修士說的話語。在他心中，耶穌的意義越來越大。然而武士在被判死刑時才真正領悟了耶穌的真意：
武士望著雪掉落在前方的屋頂上。飛舞的雪讓人覺得像谷戶的天鵝──從遙遠的國度來到谷戶，又往遙遠的國度而去的候鳥，見過許多國家、許多城鎮的鳥。那就是他！而如今他又要往陌生的國度......
「今後，您要陪伴祂。」突然，從背後傳來與藏使勁似的聲音。「今後......您要服侍祂。」
武士停下腳步，回過頭來，大大點個頭。然後，在發黑光而冰冷的走廊下，他朝向旅途的終點而去。
《武士》另ㄧ主角，貝拉斯可初始和武士之間存在一條無法跨越的深溝，雖然是為同ㄧ任務而出使，然而目的卻不同。在主教會議失敗後，他才感覺到那條無法跨越的深溝消失：
現在，我感覺到被背叛者與被拋棄者之間互相安慰、互舔傷口的友情總算產生了。我對這些日本人產生一種無以言喻的了解，我與使者之間有一種從未有過的真實連帶感。到今天為止，我的確玩弄權術，為了個人目的想把他們拉進來，利用他們不懂語言，也不知目標弱點。另ㄧ方面，他們有時也有狡猾心理，想利用我完成他們的任務。這種冷淡的心理隔閡，在我與使者之間似乎已經消失了。(241)
任務失敗後，貝拉斯可被派遣到馬尼拉修道院，但他仍忘不了日本，捨棄馬尼拉修道院院長職位，回到日本，卻不幸被官差逮捕，處以火刑。在獄中對以往有種種悔悟並對未來充滿堅定，他在巴斯凱斯神父的屍體被拖走那一剎那間有了新的領悟：
清晨，當差的用草蓆包裹神父把屍體搬走了，他的腳露在草蓆外邊，瘦如雞腳，滿是髒污，還黏著泥土。我和路易斯世田目擊這一幕時，有如上天的啟示閃過我心頭。這是地上的現實。地上的現實無論怎麼掩飾、怎麼美化，其實都像滿是汙垢、黏著泥土的巴斯凱斯神父的屍體ㄧ般悲慘。而且主不逃避這悲慘的現實，因為主也是沾滿汗水、汙垢而死的。由於祂的死，驟然給了地上的現實光輝！
現在想來甚至覺得我ㄧ切的挫折都是主為了讓我正視這現實而給予的。粉碎不知何時被美化的我的自傲、我的自尊、我的蠻橫、我的征服慾，讓我見到地上真正的樣子。就像主的死亡是為了以祂的光遍灑現實般，我的死亡也是為了日本...(328)
看完遠藤的《武士》我忽然想起電影《末代武士》的劇情。遠藤在《武士》一書把武士的面容形容成：眼睛凹陷、顴骨突出、濃濃的鄉土氣息，那是在長久的歲月之間，忍耐風雪、忍受粗茶淡飯，辛勤工作的臉，那是早已習慣了忍耐和捨棄的臉。我們都知道政治是無情的，武士在藩主的眼裡僅只是一顆可利用的棋子。然而武士的精神卻是對藩主的「忠誠」，儘管藩主派給他們的工作是多麼不如意，他們卻是「逆來順受」，也由於這種傳統精神，日本人對任何事都是抱持著「認真」的態度去應對。
在電影《末代武士》裡，勝元對歐格仁說：「祖先自小給了我ㄧ種信仰，就是“武士道精神”，祖先曾經以生命來守護“武士道精神”，現在這個“武士道精神”的使命交給了我。」勝元以自己的死勸諫天皇，讓我想起田中太郎左衛門因為任務失敗，在回程的途中切腹自殺。雖然藩主最終目的只是為了知道如何製造大船及航海技術，田中的死像是ㄧ場笑話，不過卻也說明了日本人認真、負責的精神。
“傳統精神”有時看起來像是固守己見、故步自封的生活態度，然而傳統精神是包含了祖先幾千年來的經驗累積而成的。
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