1.DNA loading dye的成分主要是bromophenol blue和glycerol...
一般常用的6X DNA loading dye的配方...:
0.25% bromophenol blue,
30% glycerol
bromophenol blue 是藍色染料,用於將sample染色,
標定sample的loading的位置...
還有在run gel時,gel中會出現兩條藍色的band...
一條深藍一條淺藍...
DNA 的band一般會出現在這兩條band之間....
當然有一些size較小的DNA會跑在這兩條藍色band的前面...
我們可以在跑電泳時,觀察這兩條band的位置...
大概估計DNA跑到哪個位置了...
防止DNA跳海(跑超過gel的意思)...
glycerol 是甘油,和sample混合,使DNA sample比重增加...
使DNA sample在loadiing到well中時,可以安安穩穩的沉到gel的well中
而不會容易溢出或飄散到別的well和buffer中...
2.一般DNA的膠體電泳可用agarose gel也可以用polyacrylamide gel,
不過polyacrylamide gel,在製備上較麻煩,
而且未凝膠的acrylamide具有神經毒性,
polyacrylamide gel,通常是用來分析小分子量的DNA...
一般DNA的膠體電泳用agarose gel就可以了...
agarose gel的製備方式,就是用不同比例agarose 粉末,
和電泳的buffer加熱溶解...
凝固製成的0.5%-3%的agarose gel
agarose gel電泳的buffer有兩種:TAE和TBE...
TAE buffer: Tris-Acetate-EDTA buffer
一般50XTAE buffer的配方:
242 g Tris base
57.1 ml Acetic acid
100 ml 0.5M EDTA
加水至1公升,並調整至pH:8.5
使用前再用水稀釋至1X...
TBE buffer:Tris-Borate-EDTA buffer
一般10XTBE buffer的配方:
108 g Tris base
55 g Boric acid
9.3 g EDTA
加水至1公升,pH8.3
使用前再用水稀釋至1X...
3.影響電泳的因素
a.gel濃度的高低,濃度越高,gel的孔徑越小,
適合分析越小分子量的DNA
b.DNA的結構,環形的DNA會有超螺旋結構,
超螺旋結構會使DNA跑的較快
C.buffer中的鹽份濃度,成分和pH值 ...
在高鹽濃度下,對buffer的pH值的緩衝能力較好,
但因為在固定電壓下會使電流傳導增強,
容易造成buffer過熱的情況,有時溫度過高會使gel融化,
在低鹽的濃度下,電流傳導不易,DNA較不易移動...
使用TAE buffer時,acetate會被氧化成碳酸鹽，
造成陽極pH值上升,陰極pH值下降,使緩衝能力慢慢消失,
所以TAE不能長時間反覆使用,必須常更換buffer...
TBE的緩衝能力較好,可以長時間反覆使用...
還有一種buffer,TPE(Tris-phosphate) buffer...
這是用於polyacrylamide gel,，
但是因為電泳時會產生磷酸鹽沉澱,也不適合長時間反覆使用
http://tw.knowledge.yahoo.com/question/question?qid=1607112309548
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