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要預防 B 型肝炎，除了注意日常生活習慣外，可以接種 B 肝疫苗來加強防範，B 型肝炎疫苗是注射型的不活化疫苗，目前國內使用的 B 肝疫苗為基因工程所製造，有相當高的安全性，接種 B 肝疫苗為三劑肌肉注射，第一劑與第二劑相隔 1 個月，第二劑與第三劑相隔 5 個月，在施打 3 劑後的保護力可以持續至少 15 年。然而根據兒童肝膽防治基金會的發現，有部份施打完 B 肝疫苗的孩童也出現罹患肝炎、肝腫瘤或肝癌的情況，因此特別呼籲家長，接種 B 肝疫苗後，仍需要進一步的血液檢查，看是否在孩子身上產生抗體，才能確認 B 肝疫苗是否發揮保護作用。

據台大醫院小兒腸胃科主任張美惠表示，B 肝疫苗的確讓台灣孩童的 B 型肝炎帶原率由 10% - 20% 下降至 1% - 2%；兒童肝癌的發生率則由每 10 萬人平均發生率為 0.52 人，下降至 0.13 人。雖然這數據顯示出不錯預防的成效，然而仍有一部分的人在接種完 3 劑 B 肝疫苗後，仍然無法發揮保護作用，因為不產生抗體而成為 B 肝帶原者，在日後發展成肝硬化或是肝癌會大為提升。

因此張美惠特別提醒家長，如果夫妻中有 B 肝帶原者，尤其是媽媽是帶原者時，會有很大機率發生垂直感染，最好讓小孩按照 B 肝疫苗的施打疫苗時程來接種，即出生一週內、一個月、滿六個月，在完成 3 劑 B 肝疫苗接種後；再於孩子 12 至 15 個月大時，進一步作抽血檢驗，看是否有產生 B 肝抗體或抗原。假如完成接種後的一年，抽血檢查發現沒有產生抗體者，可再補接種，並再檢測是否產生保護性抗體，同時定期追蹤，及早預防處理。