我國的全民健保制度實施迄今，確已嘉惠了無數身患重病卻無力負擔龐大醫療費用的病患及其家庭，一般民眾也以低廉的保費而得到高品質的醫療服務，使得全民健保成為政府施政滿意度最高的政策之一。但近年來，健保所收取的保費已不足以支付巨額的醫療支出，健保的財務危機日益惡化。中央健保局不得已改採總額預算制度，實施醫院自主管理、卓越計畫，但卻衍生出許多問題，例如日前上千名地區醫院代表上街抗議健保給付不公、重症病患被當成人球、民眾門診掛不到號等現象。曾幾何時，曾被國外媒體譽為「烏托邦」的全民健保制度，似乎已到了非改弦更張不可的地步。
從經濟學的角度來看，「全民健康保險」與其他的保險一樣，都不可避免地會發生保險文獻上「逆向選擇」及「道德危險」的問題。一般保險公司的醫療保險係針對投保者個人的身體健康狀況來計算投保的金額，也就是投保者身體愈健康，要繳的保費就愈少；身體狀況愈差，要繳的保費就愈多。但全民健保的收費方式卻不是如此，而是類似以稅收的方式來收取保費，並且「強制全民納保」，其目的是要以集體的力量來幫助身患疾病的弱勢族群。因此，我們可以預見，全民健保若不是強制投保，身體健康的人就不會去投保，而只會吸引那些體弱多病或身患重症的人來投保，在劣幣驅逐良幣下，健保財務虧損的情形勢必更為嚴重，甚至導致健保無法繼續經營下去，此即「逆向選擇」。不過，由於全民健保是「強制全民納保」，自然可解決「逆向選擇」的問題。
另外，醫療市場因為有保險的介入，使得許多病人在看病時並不直接付費給醫生，而是由提供保險的第三者（保險公司）來支付醫療服務的費用，形成第三方付費的現象，這種付費方式的改變，往往會引發「道德危險」的問題」。也就是被保險人在購買保險後，因為成本有保險公司幫忙分攤，理性的人會降低事前健康情形的注意及防範能力，並在事後增加醫療支出的索賠及需求程度，如此當然容易造成醫療資源的浪費。我們的全民健保制度，民眾只需負擔部份自付額（掛號費），在就醫上可說是無任何的限制，大家抱著「不看白不看」的心態，非必要的逛醫院拿藥亦時有所聞，醫療資源浪費的事件也就層出不窮了。
當初全民健保在規劃時，就有學者提出「保大病不保小病」的主張，以回歸「保險」的精神，避免將來可能發生的財務危機，可惜未獲得執政當局採納。但「錯誤的政策比貪污更可怕」，因為民眾一旦享受到政策的好處後，想再做任何改變就不容易了，改革的過程中必然會招致民眾的抗爭與反彈。經濟學家一般認為，若將「社會福利」與「社會保險」混為一談，勢必會對國家的財政造成嚴重的衝擊，全民健保的財務問題就是一個最好的例子；唯有將「保險」與「福利」劃分清楚，「保險歸保險，福利歸福利」才是解決問題的正途。
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