史前
根據考古學家的考證，澎湖在五千年前即有以粗繩文陶為代表的新石器文化存在，證明澎湖至少在五千年前已有先住民生活的足跡。
開拓
連雅堂臺灣通史稱：「澎湖之有居人，尤遠在秦和漢之際，或曰楚滅越，越之子孫遷於閩，流落海上，或居於澎湖」。宋朝時「澎湖」一名正式見於野史及方志，而史書上有漢人居住澎湖的確實記載始自南宋，在南宋理宗寶慶元年（西元1225年）宗室趙汝适著「諸蕃志」中明確的指出「泉有海島曰彭湖，隸晉江縣」。
設置
元代設巡檢司元世祖至元18年（西元1281年）11月澎湖正式設巡檢司，隸屬福建同安，使澎湖收入中國版圖早於台灣403年。至明太祖洪武21年（西元1388年），因東南沿海長年海盜倭寇為患，朝廷追勦無功，澎湖反成盜寇巢穴，遂依部將湯和所請，行徙民墟地政策，廢巡檢司，將原有居民遷至泉、漳二州安置。
盜寇據亂時期明朝廢巡檢司後，澎湖更淪為海盜、倭寇剽掠沿海的根據地，造成無窮的後患。嘉靖末葉之後巨盜林道乾、林鳳、曾一本等都曾利用澎湖為基地以竄擾沿海，天啟六年至永曆12年（西元1626－1658年）鄭芝龍亦占據統制澎湖。明朝廷為追勦盜寇數度追擊至澎湖，嘉靖42年（西元1563年）俞大猷痛擊佔澎海賊與倭寇，駐偏師於澎湖，朝廷依其所奏復設澎湖巡檢司，唯俞大猷去職後巡檢司也被廢止。明自洪武21年廢巡檢司至永曆15年鄭成功收澎湖（西元1388－1661年），經251年近三世紀之盜寇據亂，使澎湖回溯荒蕪。
荷蘭人據澎明朝廢巡檢司後近三世紀之盜寇據亂時期，亦予荷蘭人有機可趁。明萬曆32年（西元1604年）7月12日荷蘭人韋麻郎率大船三艘開入澎湖，是時澎湖無兵駐守，即登陸，半商半軍，在娘媽宮（現今馬公）開洋貨攤，萬曆32年（西元1604年）10月25日明廷派浯嶼都司沈有容諭退韋麻郎，有石碑記錄之，現存於天后宮內。萬曆37年（西元1609年）荷蘭商船至澎湖，適逢澎湖汛兵戍守期，無法登陸而離去。明熹宗天啟2年（西元1622
年）7月1日晨荷將雷爾生率艦12艘、兵1024人侵入媽宮港，當時澎湖汛兵已撤離，即在風櫃尾登陸，居民數千人抵抗，被殺3餘人，荷軍佔據澎湖後為長期防備，役民搬石築城，除建造紅毛城，並在風櫃尾、金龜頭、時裡、四角嶼、漁翁島建築炮臺以守海道，其後荷艦出入海洋，對南北海運商旅影響至鉅。天啟4年（西元1624年）福建巡撫南居易奏准攻澎湖荷蘭人，擒高文律12人，驅荷大勝後南居易於暗澳（今文澳）築天啟城，設游擊一，把總二，統兵三千，建炮臺以守
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