澎湖的人文資產在生態環境、漢人文化與歷史因素交互影響下形成特殊的面貌。澎湖的宗教活動極為頻繁，在九十七個村里中，廣佈大小寺廟165餘座；聚落中用以鎮邪除煞的五營、石敢當、山海鎮等避邪之物星羅棋佈隨處可見。同時，年代久遠之寺廟如天后宮、武聖廟、城隍廟、觀音亭、保安宮，清代澎湖商人團體的會館如水仙宮、銅山宮、提標館等，更是歷史保存價值的重要據點。
根據考古學家研究發現：早在五千年前到四千年前左右，澎湖本島和其他小島上，至少存在「粗繩紋陶文化」、「細繩紋陶文化」、「素面紅灰陶文化」等幾個文化，證實文化遺產之淵源，同時也說明本地與台灣西南海岸所發現的史前文化有密切關係。
天后宮
位於馬公市中央里的天后宮，是全台歷史最悠久的媽祖廟。據史家考證，澎湖的媽祖信仰早在南宋時期即已出現，往來澎湖與大陸間的移民，將媽祖奉為有效的保護神。明朝萬曆二十年(西元1592年)，可以確定澎湖已建有「媽祖廟」，作為居民的信仰中心。舊有的媽祖廟在遭荷蘭人燒毀之後，康熙年間(西元1664年左右)，重新修建呈現存式樣的媽祖宮。由於澎湖自然環境的影響，媽祖宮迭經整修，例如在清代時至少經過五次重修，日據50年間曾重修兩次。澎湖中的主島大山嶼，便因建有「媽祖宮」而得名「媽宮」，縱然日人在大正九年(西元1920年)將媽宮改稱為馬公，光復後行政區域名稱沿用日人稱呼，澎湖依舊以「媽宮」來指稱馬公市。
近年來，天后宮被指定為國家一級古蹟。但是，除了被動的接受來自全國各地絡繹不絕的信眾、觀光客到此進香、觀光之外，天后宮的執事們依然保持充沛的活動力，舉行盛大的「媽祖出巡海域繞境」儀典。這樣的活動，使傳統信仰與古蹟密切的結合，在廣泛的聯結全澎湖各村里等廟中執事人員、漁民、信徒等參與其事，歷史文化因此真實的存在，古蹟也有了其存在的價值。
觀音亭
觀音亭寺內主祀南海觀音菩薩，肅穆清幽，極具賞遊價值。近岸海域，可作帆船、沙灘戲水、遊艇渡輪、內海海釣等多項活動，人潮熙嚷的天然海水浴場，傍晚時分，更是欣賞落霞景色之最佳地點。
順承門
順承門位居新復路及金龍路交叉口附近，明列二級古蹟。馬公市舊名媽宮城，外圍原有朝陽門、敘門、順承門、拱辰門及小西門、小南門等六大城門以守護之姿連線環繞，順承門是現今碩果僅存的一座。城門四周古榕纏繞，門上有譙樓(即敵樓)一座，曾謠傳有施琅部將在此陰魂不去。夕陽西斜時，疏影斜枝交織成一方空靈清麗的畫景，令人愈發思古幽情。
孔廟
澎湖孔廟前身即是文石書院，文石書院是澎湖最早的文化傳播地，位於馬公市東郊，是清乾隆三十一年，第十八任澎湖通判胡建偉所創建。文石書院建於清乾隆三十一年（西元1766年），本為澎湖第十八任通判胡建偉所倡建，澎湖產之文石，喻意書院作育英才如石紋之五彩繽紛，故名「文石書院」。
到光緒二十一年〈西元1895年〉，日人佔據澎湖後，地方人士為保存民族固有文化，將書院改為「孔子廟」。民國五十一年〈西元1962年〉，先總統 蔣公蒞臨澎湖巡視，鑒於孔子廟的年久失修，諭飭整建，唯民國五十二年修建後，已失舊有歷史風貌，僅存魁星樓政府珍視文物，加以保留，然而年代已久，損圯嚴重，縣府乃於民國六十六年依照原形，撥專款重建，以存古蹟，所以成為文石書院中唯一完整的建物可供追古思幽。
孔廟歷經三十餘年來，因強風鹼雨侵蝕，及颱風豪雨沖刷使屋瓦斷裂，致孔廟主體鋼筋斷裂形成危樓，無法使用，於民國八十八年賴縣長有感於此，盼各界能合夥保存地方之文化資產共同關懷付諸努力，決定斥資改建成今之新孔廟。
西嶼西臺
西嶼西臺乃清朝劉銘傳所修之砲臺。光緒十年中法戰爭起，法將孤拔（Courbet)率遠東艦隊攻我臺澎，澎湖不守，臺灣瀕於危殆，幸賴劉銘傳艱苦奮戰，始得保全。中法和議後，劉銘傳籌劃臺灣防務，並奏請於澎湖設總兵一名，極力加強澎湖防務。當時在現址澎湖縣西嶼鄉外垵村設四座砲臺，本砲臺規模浩大，施工情形甚為艱苦，於光緒十四年七月完工。西嶼西臺為一凹下式建築，四周築有城垣，牆內疊石成壇，壇上設有砲臺，壇下則建隧道式營堡，成山字形配置。入口處並有弧拱形城門洞兩道，上方橫額題：「西嶼西臺」。本砲臺為目前全省保存最完整而極具歷史價值的大座古老砲臺。
西嶼東臺
西嶼東臺為清光緒十三年(西元1887年)劉銘傳所修之砲臺。座南朝北，其規模有內外二城廓，外廓士提東南角置觀測所，與金龍頭共同扼視媽宮海口，內廓有營舍與砲座，規模略較西嶼西臺小，營防建築型式也有不同，但其配置上較西嶼西臺完整。
澎湖開拓館
本館是日治時期澎湖廳長及台灣光復後澎湖縣長的官邸，於1935年三月竣工落成，典型日本「大正－昭和」時期的建築，建築風格融合了東西方建築的特色，圓形的窗櫺、歐風八角窗、文藝復興風格的內開木質大門，入口玄關的淡雅磁磚壁面、日式文化瓦、屋頂及拉門，就地取材的貓公石矮牆，整棟建築物充滿歷史文化特色。
館內展示開拓澎湖史料文物，依序從歷史－開拓序曲、移民路迢迢、勇闖黑水溝、聚落開拓、戰爭－烽火澎湖、政經文教發展、建設現況以及閱讀澎湖等展區，娓娓道盡先民開拓的艱辛歷程。 全館佔地面積2001平方公尺（約605坪），室內面積320平方公尺（約97坪），戶外庭園有百年榕樹、高聳的大葉欖仁，庭園裡澎湖特有植物眾多，提供優質的休憩空間。
金龜頭砲台
馬公金龜頭砲台由總兵吳宏洛重建，配備有七、十、十二吋口徑之阿姆斯壯後膛砲各一門，為全澎湖戰力最強大之砲台，乙末之後，日軍地圖上明白的標示了這個砲台，日軍於佔領大城北砲台後，向西挺進準備攻佔馬公時，受東角砲台及西嶼砲台的猛烈攻擊，隨後日軍自東門突破，佔領東角砲台及金龜頭砲台。現在砲台基座及四周城牆，砲台圓體，樓梯、砲台底座，入口處牌樓維護尚稱良好，城垣為玄武岩疊砌及混凝土構造物。現由彭防部駐軍中，為軍事管制區，尚未對外開放。
拱北砲台
拱北砲台為劉銘傳於清光緒十二年〈西元一八八六年〉新築之九座新式砲台之一，也是唯一的一座內陸砲台，因而格外具有歷史價值，乙末之役〈西元一八九五年〉後被日軍所佔領，目前為軍事重地。拱北砲台位於馬公城外東北方的拱北山上，是掩護馬公港背面的重要砲台。日軍登陸後以此為首要佔領目標，在砲台攻防戰中日軍陣亡2人，負傷17人，是日軍在澎湖一役中勉強稱得上激烈的一場戰鬥。拱北砲台被攻下後，日軍即長驅直入，佔領馬公城。
目前的砲台為日本時代的大型制式砲台，設施完備，施工精緻，特別是尚保留一座觀測所。澎湖目前擁有荷蘭、清末及現代砲台，本砲台則為唯一之完整的日式砲台。位於澎湖最高之拱北山上，為掩護馬公港重要砲台。現為軍事管制區尚未對外開放。
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