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現行加值型及非加值型營業稅法第8條第2項規定，銷售同條第1項免稅貨物或勞務之營業人，得申請財政部核准（自96年4月1日起授權各地區國稅局自行核定）放棄適用免稅規定，依第4章第1節規定計算營業稅額。其立法意旨係有鑒於按加值課稅體系之營業人，銷售免稅貨物或勞務時，由於進項稅額不得扣抵銷項稅額，下一手銷售時將按全額課稅，致產生追補效果而不利於適用免稅之營業人，為使其作有利之選擇，爰明訂得經財政部核准放棄免稅改按第4章第1節規定課稅。

銷售免稅貨物或勞務之營業人，未依規定申請核准放棄適用免稅而開立應稅統一發票交付買受人，買賣雙方並據以申報營業稅，如買受人取具符合同法第33條規定之合法憑證且無同法第19條規定不可扣抵之情形，則買受人已持該進項憑證申報扣抵之進項稅額，免予補徵；至銷貨人銷售免稅貨物或勞務應開立免稅統一發票，而誤開立應稅統一發票，該銷售額應列入免稅銷售額，於年終計算調整當年度不得扣抵比例，就其已多扣抵之進項稅額，補徵營業稅。
營業人如欲放棄適用免稅規定，應先向所在地主管稽徵機關申請層轉財政部核定，切勿因一時疏忽漏未申請，而造成補稅調整之困擾。