馬偕在1844年3月21日出生於加拿大安大略省(Ontario)牛津鎮的佐拉(Zorra)村一個蘇格蘭移民的一家庭裏，父母是典型的長老會信徒，有清教徒堅貞的信仰，並烙守敬虔的家庭生活。
十歲，是他一生的轉折點，著名的宣教師賓威廉，那年返回英國休假述職。途徑佐拉村時，在其教會報告在廈門宣教的情形，當時做小聽眾的馬偕深受感動，就決定一生也要做個宣教士，向中國傳福音 。
1876年他自多倫多大學諾士神學院畢業後，前往美國普林斯頓神學院深造，充實自己以備將來的挑戰。三年後回加拿大向海外宣道會，申請到中國傳道。當時雖末獲接納，卻不移其心志，他遂利用這機會到愛丁堡唸書，直到27歲那年接到加拿大海外宣道會的派令才回國。他們已決定讓馬偕前往中國宣教。
1871年10月，馬偕在家人鄉親的歡送下，乘火車離別故鄉，橫渡新大陸，由舊金山前往遠東，途經日本橫濱、香港。他為了選擇工作地點，曾前往廣州、汕頭、廈門踏查教區。最後，搭一艘雙桅縱帆式帆船「金陵號」前來臺灣。渡過「烏水溝」—台灣海峽，是馬偕離開加拿大後，最怪也是最苦的一段航程，如同當年的拓荒者。
登陸台灣展開宣教之途
1871年12月19日，「金陵二號」駛抵臺灣南部打狗（即高雄）港，馬偕被一位年輕的醫師門遜先生(Manson)招待。禮拜天早上馬偕應邀在打狗洋行裏，對船長、官吏、工程師及商人等一群人 證道。
選擇在什麼地方定居宣教？是馬偕一個急需解決的問題。此時他聽說在臺灣北部有艋舺等大城市，人口稠密，但是沒有宣教師、沒有教會，他認為這就是他應做的工作。有一天他對李庥牧師說：「我已經決心在臺灣北部工作了。」李牧師欣然回答說：「願主帝保佑你，馬偕先生。」1872年3月7日，李庥牧師陪也登上了「海龍」號輪船，啟程前往臺灣北部的海港滬尾（淡水），途經臺南，德馬太醫 生入他們的行列，和他們同行。
1872年3月9日，船開入淡水河口，馬偕博士在其日記中說：「我舉目向北向南看，然後向內陸遙望青翠的山嶺，心靈非常滿足，心神安寧且清靜，我知道此地就是我的住所。有一種平靜，明皙的聲音對我說：『此地就是了』(This is the land)同行的李庥牧師也對我 說：『馬偕，這是你的教區。』
登陸淡水後第三天，李牧師、德醫師定意由淡水出發，走陸路前往南部教區最北的佈道站—大社（豐原附近卡埔族）視察。馬偕決定與也們同行，以便觀察也將要傳教的北部地區。
他們十二號啟程徒步南行，經林口、中壢、桃園、新竹、白沙屯、大甲而到大社住了一週，再到埔里參觀。三人同住了廿三天，彼此達成以大甲溪為南北宜教區責任區分界線的默契後，才告別各歸南北。
馬偕在中部的宣教
首批到達埔社的外國宣教士，是為馬偕(Rev. George Leslie Mackay)(請注意馬偕是北部大會的開設者，他在1872年3月9日在淡水登陸宣教，是日為北部大會的設教紀念日)、李庥、德馬太，他們三人於3月7日由海路在打狗出發，9日抵淡水，11日由淡水南下，視查新教區，11日黃昏到中壢，12日黃昏到竹塹(新竹)，14日到大甲，又同日(馬偕日記說是15日)進入南部長老會教區的大社，見面時彼此握手問候：「平安！」。
馬偕他們在大社和內社講道和洗禮，3月17日馬偕日記表示他們在大社禮拜，有一百人以上聚會。24日在內社教會施洗30人，同日回到大社有15人受洗。馬偕等人在25日一大早動身前往埔社，有55人護衛著，途中看見人家的田園，有水稻、大麥及甘蔗，不久到了山麓，山上有許多生蕃。我們經過了一個大山谷，兩邊陡峭爬上爬下險峻異常，傍晚我們到達一個大盆地，四週都是山，這裡就是埔裏社，現在此地仍未有教會，我們在小茅屋裡住宿，晚上約有一百人聚集做禮拜。3月29日馬偕接見廿個水蕃(邵族)，他們住在一個大湖(日月潭)，用鹿皮圍身，手拿弓箭，頭上插花(相片)。3月31日(日)，這幾天有許多病人來看醫生，早上約三百人參加崇拜，下午則有三百五十人左右。為廿二位信徒施洗。
1873年10月馬偕再到中壢、新港、獅潭底、內社等地，整天醫病、傳道，與人談論耶穌基督的救恩。1874年10月在內社和南部教區的會友一起禮拜。沿途都為人看病、拔牙、傳福音。1875年4月8日從新港社前往內社，10日返內社趕上禮拜，11日守聖餐。1975年10月底馬偕為參加南部的講習會，和學生一同由淡水出發，11月9日在內社講道，11月17日抵達埔裏逗留兩天，就去牛眠山和水社。1878年4月又去竹塹、新港、後龍，後來到內社訪問李庥夫婦。1892年1月2日，抵達大甲。在街上佈道，為85人拔牙，也與許多人談論福音真道。中國政府說馬偕應在那裡設立教會。(馬偕日記)
馬偕進入埔社路線
宣教師在中部平埔族中大受歡迎的情境，相形於漢人不斷的反教，有著天壤之別。也讓這些為福音而不辭辛勞、出生入死甘冒危險進入蠻荒之地的異國宣教士感到欣慰。另外我們也清楚看到，甘牧師所走的路線，正是平埔族人平常打獵走的路線，也是巴宰族人來往大社、埔社之間的路線。這條是平埔族群入埔之北路，即今131號道路，由新社經大湳、水底寮，南經抽藤坑入太平鄉、翻越大橫屏山入北港溪上游經國姓至埔裏地方（洪敏麟，台灣舊地名之沿革第二冊下p.206）。而由新社或由太平、霧峰經國姓到埔裏的路線，沿途正是泰雅族的出沒區。北部教會的馬偕牧師也曾走這條路線，1872年3月25日，馬偕和55人一大早從大社動身前往埔社，途中看見人家的田園，有水稻、地瓜、大麥及甘蔗、不久到了山麓，山上有許多生番。我們經過了一個大山谷，兩邊陡峭爬上爬下，險峻異常，傍晚我們到達了一個大盆地，四週都是山，這裡就是埔裏社。
認同台灣娶台灣某
1878年夏天加拿大長老教會海外宣道會，接到馬偕來信「今年五月我在英國領事館與一位台灣女子結婚，然後我們馬上一起出發 巡視各教會」。他們的驚訝是可以想像的。
馬偕來台的第六年（34歲），在淡水完成也的終身大事，並且娶了本地人，充分表示也對台灣的愛和認同。從各方面來說，馬偕博 士的婚姻是成功的。 生為台灣人 死為台灣魂
1900年5月，馬偕最後一次巡視蘭陽平原諸教會，回淡水不久，既因喉癌而聲音全部沙啞。9月牛津學堂開課時，他已無法授課。10月時曾前往香港治療，他已知藥石罔效。翌年一月回淡水，最後喉嚨開始糜爛，吞食之物由喉部流出，肉體受盡煎熬。6月2日下午四時病逝於砲台埔寓所，享年58歲。家人及教會遵其遺囑安葬於淡江中學後面其私人墓園，而非外國人公墓（西仔墓，有一牆之隔），葬禮 在6月4日。
他在台灣傳教共三十個年頭，設立教會六十餘所，施洗信徒達三千人。東奔西走、跋涉山河於客、漳、泉、平埔、高山間，蹤跡遍及苗栗以北，東達花蓮、台東。終其一生認同台灣，以淡水人自居，他心在台灣、愛在台灣、血流在台灣、留根在台灣，和四百年來一直將台灣作寄腳處，不認同這塊鄉土的一連串外來政權，形成強烈對比。馬偕臨終前幾年，曾以下面的詩詞，表達他對美麗島的無限摯愛：
我衷心所愛的台灣啊！ 我把有生之年全獻給妳 我的生趣在於此； 我衷心難分難捨的台灣啊！ 我把有生之年全獻給妳， 我望穿雲霧，看見群山， 我從雲中的隙口俯視大地， 遠眺波濤大海，遠眺彼方， —我好喜歡在此遠眺。 誠願在我奉獻生涯終了時， 在那大浪拍岸的聲響中， 在那竹林搖曳的蔭影下， 找到我的歸宿……
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