伊賀（現三重縣西北部）與甲賀（現滋賀縣南部）是日本忍術二大發源地。平安末期、源平爭霸時代，直至鎌倉初期，也就是7世紀末到12世紀初這段期間，伊賀僅有一家上忍：服部。伊賀流忍術，在當時是天下一流的。後來，由於種種原因，服部家另外設立了「分店」，正是藤林、百地兩家。這是伊賀三大上忍的由來。
服部氏祖先原本是日本古代（6世紀中旬）豪族之一秦氏的後裔，而秦氏則是自中國吳國渡海過來的移民。秦氏不但傳授紡織技術給日本人，更在日本各地展開「新樂」公演，令日本人大開眼界。所謂「新樂」，是3世紀末到4世紀初，在中國非常發達的一種大眾藝能，內容包含歌舞、雜技、力技、魔術、偶人劇、口技，以及訓練犬、猴子、鳥等小動物表演節目的大眾娛樂。據說是融合西藏藝能與中國藝能的新型技藝。秦氏集團當時主要在中國南部都市與寺廟巡迴演出，日後組織逐漸膨脹，分散到中國各地。其中之二、三個樂團，為了尋求新天地，渡海到日本來。日本和服的傳統稱呼是「吳服」，語源正是取自秦氏出身的吳國。
服部氏是秦氏集團分組之一。至於何時移居伊賀？年代不大清楚。服部氏一族如何將「新樂」技能鑽研演繹成兵法忍術？也沒有詳細史料可追本究源。總之，服部一族於15世紀上旬離開老家，歸依三河大名松平清康（德川家康祖父），世代成為松平家家臣。服部一族中最有名的後裔是德川家康護衛武將之一，服部半藏正成（Hattori hanzou masanari，1542－1596）。
1582年6月2日，織田信長在京都本能寺遭遇家臣明智光秀叛亂，寡不敵眾，自戕身亡。這時，德川家康正在大阪府遊山玩水，當天還打算回京都與信長共聚一堂。途中抵達飯盛山時，接到信長斃命的速報。當時41歲的德川家康立即說要切腹殉死，後經家臣勸阻，沉思許久，才轉念為「應該舉兵為信長復仇」。然而此刻身邊護衛僅有80人左右，真要打起來，不要說是復仇了，就連自身性命也很難保。
家康與眾家臣們商討後，得出一條逃脫之路：便是從飯盛山一直線翻山越嶺到伊勢灣白子港，再搭船到愛知縣高濱港，逃回本國。從飯盛山到白子港之間，總計96公里，途中必須經過伊賀，因此在場的服部半藏正成，利用老家力量，召集了200名伊賀忍者與100名甲賀忍者，一路護衛家康逃脫叛亂現場。這就是歷史上著名的「翻越伊賀事件」。換句話說，這時若是沒有伊賀、甲賀眾忍者的助臂，日後也就不會出現德川幕府了。
此時，伊賀眾忍者會不顧性命保衛家康，也是有理由的。如果有人看過「梟之城」這部電影，應該記得片子開頭有一場屠殺伊賀忍者村的鏡頭吧？那正是前一年織田信長所下的命令，以4萬5千大軍攻擊2千忍者，殊死戰鬥長達10天。當時一些上忍、中忍們帶領著眾多下忍殺出重圍，逃到諸國。其中大部份都是逃進德川家康藩國內，在九死一生中撿回性命。因此換個角度來看，全程96公里、5夜6天的家康潛逃之行，其實也可以說是伊賀眾忍者們的報恩行動。
日後，家康命令正成組織「伊賀組同心」（相當於現代的警察局），讓正成支配這些忍者。而正成也充分發揮了這個集團的特異能力，輔助家康走向奪取天下之路。遺憾的是，正成於54歲驟亡，長男服部半藏正就（masanari）繼承了他的地位，服部家的悲劇也跟著開場了。
正成有兩個兒子，長男正就，次男正重（masasige），資質都不出色。有文武才略的父親正成於生前便已看出兒子們的庸碌了。
話說1579年，織田信長以「懷叛變之心」為由，命令家康處死嫡子信康（也是織田信長女婿）。家康惱懆多日，終於命令信康自裁。並下令另一位家臣負責「介錯」（kaisyaku）之任。為了減免自裁者切腹之後的痛苦，「介錯人」於自裁者切腹後必須即刻揮刀斬斷當事人的頭顱。豈知那位家臣耐不住這項相當於「弒君」的職責，竟然毅然出奔了。於是家康只得命令正成肩負起這項重任。
正成出發前夜，正就一本正經地端坐在父親面前，說：
「請帶我一起到二俁城。用我的頭顱替代信康主公的性命。」（二俁城是當時信康幽閉的城堡，現靜岡縣濱名湖附近）
正成思慮了半晌，徐徐回說：
「你說的正好，我也正在考慮這個方法。只是，身為人父，我無法先開口向你提議。」
正成道畢，正就當場就變了臉色。
正成再度叮囑：
「脖子洗乾淨了嗎？」意思是說，切腹的事前準備都齊全了嗎？
正就五官痙攣，結結巴巴回答：
「我是想，先得到父親大人允許之後也不遲……」
正成板起臉：
「算了，下去！」
此時，信康21歲，正就15歲。就年齡來講，正就根本無法當替罪羔羊。而正就內心也非常清楚這一點，才故意挺身而出，打算博得父親讚揚。然而，飽閱風霜、才勇兼優的正成，怎麼可能識不破小犬居心何在？可憐的正就，不但弄巧成拙，還曝露出自己的愚昧凡眼。
至於正成，在信康從容不迫筆直橫切腹部後，喊道「半藏，介錯！」時，久久無法揮下手上的刀，最後棄刀跪倒在地上泣不成聲。一旁擔任驗屍官的家臣，忍無可忍，跨前一步，喊道「殿下，請恕罪！」隨即斬下信康頭顱。事後，家康呼喚半藏，淚流滿面地說：
「天下父母心，半藏不忍心下手，也是理所當然的。」
這句話令代半藏介錯的驗屍官嚇得屁滾尿流，連夜出奔，逃進高野山內。
話說回來，正成過世後，正就不但繼承了正成的職位，還娶了家康姪女為妻。身份是「旗本」（在戰場上守護將軍的近衛，也是守護軍旗武將），與家康又是姻戚關係，俸祿卻只有5千石。父親正成是8千石，正成過世時，分給弟弟3千石，自己繼承了5千石與「伊賀組同心」組織。可是，正就不滿足。加上正就在同心組織中評價不好，這更令正就日夜焦躁不安，一肚子怨氣。
庸才果然是庸才。正就將「身份地位」與「真實才幹」等同視之了，以為他表面上的身份正代表著他的才幹。另外，正就犯了一個不可原諒的錯誤。他將組織視為私物，誤以為他是頭子，部下們便是他的家臣。只是，當時所謂的「同心」，是將軍的直屬部下，而同心組織頭子與同心的關係，相當於現代企業中的上司與部下，雙方真正的頭子其實都是企業董事長，也正是德川家康一人而已。
半藏正成在世時是亂世，上忍與下忍的關係當然也是絕對性的，家康也深知同心組織獨特的隱密性與其意義，凡事都讓正成獨當一面；但是家康統一天下之後，組織也不得不轉換成官僚機構形式。正就的悲劇，就在於他無法理解時代的變遷。舉個例來說，某年秋季，暴風雨襲擊江戶，江戶城第二外郭與第三外郭城垣都倒塌了，江戶城本身也遭受落雷，城內外騷動不已。「伊賀組同心」平時任務是守衛城堡，當下全體出動搶修城牆。這時，正就竟然派人傳達命令，說什麼自家宅邸圍牆與大門都受損，要同心們馬上趕過來修理宅邸。可是暴風雨越來越大，城堡損害程度也越來越嚴重，同心們便暫時不理會正就的命令，全體各就各位繼續搶修江戶城。
日後，同心們前往半藏宅邸打算修繕圍牆時，正就不但懲罰眾人營造其他工程，還命令兩位組長禁閉在家，而且遲遲不肯解除禁令。家康輾轉聽到此事時，直接下達命令給兩位組長，要他們動身去偵察大阪城。正就即使頭腦再笨，也不敢違背家康意旨，只得心不甘情不願地讓兩位組長出發。壞的是，他竟然在兩位組長服勤期間，叫喚了其中一位組長內人，硬逼她同衾共枕。結果，那位以美貌出名的組長內人，考慮到丈夫立場，忍辱負重讓正就得償所願，卻在事情畢後，當場咬舌自盡。
長年來的鬱結，終於令「伊賀同心組」於1604年發動武裝政變，據守在長善寺。說是「政變」，其實他們抗議的對手不是幕府，而是正就這個昏暴頭子。由於所有下忍的兄弟、家族、親戚們都加入這場政變，據說人數高達千人左右。這在忍者世界中，可以說是空前絕後的事件。同心們不但要求幕府罷免正就的職位，也想剝奪正就身為上忍的身份。
家康起初默不作聲，靜觀事件演變過程。後來是正就實在無計可施了，親自懇求家康罷免他的職位。家康接受了正就的請願，將服部家貶為平民，讓正就寄食在妻子娘家。政變主謀者當然全部都判以死刑，其中包括那位內人被蹂躪之後咬舌自盡的組長。而「伊賀同心組」也經過重新整編，正式成為幕府官僚機構之一。
為了復興家道，正就於1615年參戰「大阪夏之陣」，不幸陣亡。弟弟正重也因妻子娘家（大久保長安）變節事件，家破人亡，單身流浪諸國，最後客死他鄉。
現代日本後人口中所說的「服部半藏」，指的是有「鬼半藏」之稱的正成。正成雖然承繼了伊賀上忍中之最的血脈（上忍中也有階級之分），不過，到了他這一代，已經算是「白道」武將身份了。何況他是長矛高手，在各種戰役中立下不少戰功。家康之所以會心服正成，我認為，可能是正成的確具有指揮「黑道」與「白道」雙方的才幹吧。
400多年後的今日，日本皇居仍遺存有「半藏門」，這是半藏親自設計的城門，以備敵方自海上攻進城時，將軍一族可以自半藏門一路沿著甲州街道（古道），逃脫到甲府城。當時他自己的宅邸也是在半藏門附近。現代皇太子與雅子皇太妃有時候會從這個門出入。半藏門城外有一道「半藏濠」。日本橋到澀谷之間的地鐵路線，名稱也是「半藏線」。
（上忍：又稱「智囊忍」，專門策略作戰整體計劃。中忍：實際作戰時的指揮頭子，當然忍術也得超群出眾才行。下忍：又稱「體忍」，相當於現代的特殊部隊，在最前線實際作戰的忍者。）
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