財團法人海峽交流基金會與海峽兩岸關係協會（以下簡稱兩會）於104年8月24日至26日假大陸福州舉辦「兩岸兩會第十一次高層會談」，簽署「海峽兩岸避免雙重課稅及加強稅務合作協議（以下簡稱兩岸租稅協議）」，俟該協議併同臺灣地區與大陸地區人民關係條例（以下簡稱兩岸關係條例）第25條之2修正草案送立法院審查，完成相關生效程序後，將有效解決雙方人民及企業面臨之兩岸雙重課稅問題，減輕稅負及降低稅務風險。
鑑於兩岸經貿投資關係及人民往來日益密切，財政部自98年起配合行政院大陸委員會透過兩會建立之平臺，與大陸國家稅務總局於對等尊嚴及平等互惠基礎下洽商兩岸租稅協議，歷經6年數回合諮商就協議內容達成全部共識後，於兩岸兩會第十一次高層會談中完成簽署，開啟該協議生效適用之契機。
財政部強調，兩岸租稅協議之諮商過程甚為周延審慎，6年來該部持續蒐集利害關係人意見納入諮商，使本協議提供之減免稅措施更為優惠、資訊保護程度更為嚴謹，切合臺商企業及臺籍員工之需求，有效解決其在大陸所面臨之重複課稅問題。另財政部自102年8月迄今，亦積極與各界溝通，陸續拜會29位立法委員、對1,051位會計師、臺灣地區76,531名企業人士或學生及大陸地區1,653名臺商溝通說明兩岸租稅協議之內涵及效益，且參據臺灣地區與大陸地區訂定協議處理及監督條例草案，於簽署前完成2階段國家安全審查，確認無國家安全疑慮後，辦理北、中及南3場公聽會，擴大公眾參與及提高本協議透明度，簽署後將送請立法院併同兩岸關係條例第25條之2修正草案審查，完全尊重國會監督，符合各界對於兩岸協議應公開透明及接受公眾監督之期待。
財政部說明，兩岸租稅協議內容主要包括3部分，各類所得減免稅措施、爭議解決機制及防杜逃漏稅措施。適用對象為兩岸各自稅法規定之居住者（包括個人及企業），另臺商經由第三地區公司間接投資大陸（約占對大陸投資總金額75%），該第三地區公司之實際管理處所在臺灣並依臺灣稅法居住者相關規定納稅者，為臺灣地區居住者，可依臺灣稅捐稽徵機關核發之居住者證明在大陸適用該協議；適用之稅目主要為所得稅，海空運輸收入另可適用營業稅免稅。
在各類所得減免稅措施方面，所得來源地（如大陸）係就原依其內部稅法可課徵之所得稅提供合宜之減免稅優惠，並由居住地提供稅額扣抵，以消除雙重課稅。該協議生效前後兩岸課稅規定比較詳附表，擇要說明如下（以臺灣居住者為例說明，大陸居住者亦可互惠適用）：
一、營業利潤：臺灣居住者企業在大陸未經由「常設機構」從事營業所取得之利潤，大陸應予免稅。例如該企業在大陸無固定營業場所，在大陸承包工程期間在12個月以下，在大陸提供服務天數於任何12個月期間合計在183天以下，在大陸設立發貨中心僅從事貨物儲存及交付，均不構成常設機構，其營業利潤可向大陸申請免稅。
二、股利所得：臺灣居住者從大陸取得之股利，倘為公司組織且直接持有給付股利之大陸公司25％以上資本時，大陸對該股利課徵之上限稅率為5％；其他情況，10％。
三、利息所得：臺灣居住者從大陸取得之利息，大陸課徵之上限稅率為7％，另符合特定要件之利息免稅。
四、權利金所得：臺灣居住者從大陸取得之權利金，大陸課徵之上限稅率為7％。
五、轉讓股份所得：臺灣居住者轉讓其所持有大陸公司之股份或其他權利取得之所得，僅由臺灣課稅（即大陸應予免稅）。但該股份之50％以上價值直接或間接來自大陸之不動產，大陸可以課稅。
六、移轉訂價相對應調整：大陸稅捐機關對大陸企業與臺灣關係企業之交易進行移轉訂價查核，調增該交易之利潤並據以課稅時，該臺灣關係企業得向臺灣稅捐機關申請「移轉訂價相對應調整」，倘經審核大陸稅捐機關之調整符合常規交易原則時，臺灣稅捐機關將作適當之相對應調整，以解決重複課稅問題。
在爭議解決方面，雙方居住者於對方面臨本協議適用問題，例如移轉訂價相對應調整問題或雙邊預先訂價協議等事宜，可透過中央層級平台，即臺灣財政部及大陸國家稅務總局努力協商解決；所面臨之稅務問題亦可透過該平台反應溝通，減少歧異。
另在防杜逃漏稅措施方面，為彰顯兩岸租稅協議避免雙重課稅之意旨，該協議訂有嚴謹之要件及範圍，雙方同意交換「為實施本協議」或「為課徵所得稅」相關且必要之資訊，且負保密義務，並明定資訊交換四不原則約定如下：
一、不溯及既往：僅適用於該協議生效之次年1月1日以後開始之課稅年度之資訊，假設該協議本年生效，即僅交換105課稅年度以後之資訊。
二、不作刑事案件使用：一方依該協議所取得之任何資訊，不得用於刑事案件。
三、不作稅務外用途：一方依該協議所取得之任何資訊，僅得為所得稅之核定、徵收、執行、行政救濟目的使用。
四、不是具體個案不提供：一方並無義務進行「自動」或「自發性」資訊交換，即僅進行「個案」資訊交換。
目前我國已簽署生效之全面性租稅協定有28個，其中7個屬亞洲地區（包括新加坡、印尼、馬來西亞、越南、以色列、印度及泰國），兩岸租稅協議將進一步拓展我國在亞洲地區之租稅協定網絡，建構更完善更緊密之全球租稅協定網絡，營造永久合理低稅負環境，有利我商全球營運布局及吸引外資來臺投資。又大陸目前已躍升為全球第二大經濟體，跨國企業著眼兩岸語言相同且臺商深耕大陸之優越經驗，以臺灣為亞太營運中心，進行全球或區域投資營運布局之興趣將大增，可加速重要產業在臺投資深耕及設立營運據點，對於未來與其他國家洽簽租稅協定亦具積極正面之助益。
兩岸租稅協議簽署後，將併同兩岸關係條例第25條之2修正草案送立法院審查，倘能儘速完成生效程序，可讓臺商企業及人民儘早享有該協議之效益。為此，財政部將積極配合行政院大陸委員會辦理，並依前開條例之授權規定按該協議內容訂定子法、配合訂定或修正適用租稅協定相關規定，並與陸方就該協議執行細節續予溝通，以確使雙方稅捐機關依該協議執行，落實協議效益。
財政部強調，兩岸租稅協議提供之優惠減免稅措施及爭議解決機制，可消除兩岸投資、經貿活動及人員移動之租稅障礙，增加臺灣投資環境對外資及陸資之吸引力，創造臺灣人民更多就業機會，臺商企業更多商機，進而促進臺灣經濟成長，提升國民所得及擴大臺灣稅基，所增加之稅收，政府可用於建設，建立優質投資環境，產生臺灣經濟持續成長之良性循環效果，符合「以臺灣為主，對人民有利」之最高原則。
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