腸病毒典型常見症狀：
手口足病 ─
發燒或微燒，手掌、腳掌、屁股 和膝蓋等部位零散不痛、不癢、不結痂、不結疤的小而呈長橢圓型淡紅斑疹或小水泡疹；口腔黏膜及舌頭，其次為軟顎、牙齦和嘴唇出現水泡潰瘍，而疼痛、厭食、流口水(小小孩)。
疱疹性咽峽炎 ─
突發性發燒、嘔吐及咽峽處(只有口腔後半部)出現小水泡、或潰瘍；厭食、流口水(小小孩)。
嬰幼兒有些第一天只有發高燒輕微嘔吐，咽峽部可能是正常或有點紅暈水泡而已，到第2、3天才有明顯小水泡或潰瘍。因此有些家長不瞭解為什麼第一天看診的醫生沒看出來，其實在流行期，發燒幼童都應注意口腔變化的可能性。
因此醫生有時會請有懷疑腸病毒感染的小朋友次日回診檢查確定，或發燒小朋友回家抱怨喉嚨很痛、厭食流口水，可再請醫生看看喉嚨並檢查四肢、膝蓋及屁股。
◎疱疹性咽峽炎常被誤以為是長牙：
嬰兒發燒、厭奶、流口水增加，也應請醫生檢查寶寶的咽峽部，有無小水泡或潰瘍，因為疱疹性咽峽炎常被阿媽誤以為是長牙沒關係。
鑑別診斷疱疹齒齦舌炎：
疱疹性咽峽炎，在口腔「後半部」咽峽位置出現小水泡或潰瘍，因類似疱疹表現，直譯為疱疹性，但有的專家建議直接叫咽峽炎而不要加上疱疹性，因為當年翻譯時不知是腸病毒引起，一般人又容易與疱疹混淆，尤其兩者在初期症狀都很類似。
如果牙齦紅腫，舌頭潰爛，口腔前部黏膜也有破洞，四肢無水泡，則是疱疹病毒引起的疱疹齒齦舌炎，不是腸病毒，但可能會張口就流血，即早給予ZOVIRAX可有效防治疱疹齒齦舌炎變嚴重(健保一般是不會給付的)，腸病毒引起的咽峽炎則無效。
觀察有無重症前驅症狀的變化：
如果小孩子的活動力不錯、精神狀況很好，就可較放心觀察。但嚴重併發症大多以猝發型式突然出現，仍應小心，尤其是3歲以下的小朋友在皮膚上 (手掌、腳掌、口腔黏膜、屁股和膝蓋) 出現疹子的5天內。
有下列情況需立刻就醫，儘速請醫師診查是否有少見的腦膜腦炎及心肌炎等。
(1) 有嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力應即早就醫，一般神經併發症是在發疹二至四天後出現。
(2) 肌抽躍（類似受到驚嚇的突發性全身肌肉收縮動作）。
(3) 持續嘔吐。
(4) 持續發燒、活動力降低、煩躁不安、意識變化、昏迷、頸部僵硬、肢體麻痺、抽搐、呼吸急促、全身無力、心跳加快或心律不整等。
症狀─
嗜睡或無法入眠：
除了一直想睡外，病童也顯得疲倦無力，原來活潑得小孩會變的安靜不想動。
無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮：
通常是在睡眠中時出現突然被驚嚇或嚇哭之現象，或與前一項同時發生突然全身肌肉收縮，隨著病情變化嚴重時，在清醒時也會出現。
食慾不振或持續嘔吐：
食慾不振超過24小時，一天嘔吐之次數超過兩次以上，尤其是沒吃東西時也吐，要特別注意。
呼吸急促或心跳加快：
在休息狀態下，呼吸急促或心跳超過每分鐘100次以上
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