眼睛
一般我們所看到的鼠鼠的眼睛，大多是瞳孔，而眼白部分多隱藏在眼皮底下。
加卡利亞倉鼠和羅伯羅夫斯基倉鼠的眼睛皆為黑色；黃金鼠和坎培爾倉鼠的眼睛則有黑、紅、葡萄紅三種顏色。其中也會有兩眼顏色不一樣的鼠鼠，但這並不是陰陽眼呦！
鼠鼠是夜行性的動物，所以牠們的動態視力很差。由於眼睛位於臉部兩側的關係，鼠鼠的視野廣闊，但對焦不良，物體在鼠鼠眼裡只是一片模糊的光影。也因此，鼠鼠無法判斷和物體之間的距離，所以在常常從高處掉落。
除了辨物能力不佳外，鼠鼠對於顏色的辨別也不好。根據實驗證實，鼠鼠的眼睛只能過辨識出黑白兩種顏色，不過由於是夜行性動物的關係，在光線黯淡的地方卻可以看得比人清楚。
還有，如果你發現愛鼠的紅眼睛，在過了幾個月後變深時，不要太緊張。我們稱這個為『色素沉澱』現象。從淺色眼的鼠鼠身上比較容易觀察發現，深色眼的鼠鼠也會有這種現象，但一般不容易發現。
耳朵
大自然雖然給了鼠鼠有缺點的視力，卻另外提供兩樣可以彌補的利器：靈敏的聽覺和嗅覺。
鼠鼠的耳朵成喇叭狀，可以清楚的聽到細微的聲音。鼠鼠的耳朵可以在一定的角度內轉動，這樣就可以聽到從各方傳來的聲響。
鼠鼠可以聽到的音域遠超過人類，人類可以聽到的聲音頻率是20赫到2萬赫之間，而鼠鼠可以聽和發出高達5萬赫的聲音，所以平時鼠鼠之間是利用人耳聽不到的頻率在溝通的。而我們一般最容易聽到的聲音，則是鼠鼠打架、興奮、不舒服時所發出來的聲音。
從觀察鼠鼠耳朵的狀況，我們也可以多少了解鼠鼠的精神狀況：耳朵平伏著身體時，通常是鼠鼠在睡覺或是情緒放鬆，而耳朵立起來時，則代表鼠鼠正處於警戒的狀態。
鼻子
鼠鼠的鼻子是另一個利器。鼠鼠的鼻子幾乎和狗一樣敏銳，所以牠們可以區別很多人類所分辨不出的氣味。
鼠鼠的鼻子除了被用來尋找和辨別食物外，還可以分辨是否在自己的領域裡，是否有同類或異類侵入領域，是同性異性，母鼠的話是否發情等等。所以當我們將鼠鼠放回剛換好木屑的籠子時，會發現鼠鼠在籠子裡慌張的四處亂竄，這是因為環境的味道被變更，讓鼠鼠覺得沒有安全感的關係。
總之，鼠鼠的鼻子有很多功能，失去嗅覺的鼠鼠，在自然界中往往活不過明日。
鬍鬚
鼠鼠的鬚鬚集中在鼻子兩邊，是鼠鼠用來感覺環境和大小形狀的重要器官。
前面有講到，鼠鼠的視力不良無法看清和感覺物體遠近。所以當鼠鼠移動時鬍鬚就代替了眼睛的功能：是否有障礙物、和前方物體的距離、細縫大小是否可以容納自己的身體等。鬍鬚對鼠鼠來說就像雷達天線一樣重要，絕對不可以用剪刀剪掉！
牙齒
牙齒共有16顆：門牙上下各2顆、臼齒上下各6顆。
鼠鼠的門牙相當尖銳，被咬到時往往會有很深的傷口。
鼠鼠的門牙會不斷生長，所以必須靠啃咬硬物來磨短牙齒。牙齒過長會造成鼠鼠無法開口吃東西而餓死，過長的牙齒也可能插入肉中引起流血發炎。這些被稱做咬合不正的毛病要避免很簡單，只要提供適量的硬食和定期檢查即可。
另外，鼠鼠的牙齒呈黃色是正常的門齒，不是蛀牙也不是因為食物色素的關係。
頰袋
鼠鼠的頰囊位於是在於前齒和臼齒之間，由一個凹陷狀的黏膜物所構成。左右兩邊各一，並從頭部延伸到肩甲骨。黃金鼠的頰囊約有2×5㎝左右大小，而多瓦夫倉鼠（加卡利亞倉鼠、坎培爾倉鼠和羅伯羅夫斯基倉鼠）的頰囊則約0.7×1㎝左右。略有彈性，有需要時可以再撐大一些。為配合頰囊伸縮，鼠鼠頸部的皮膚呈鬆鬆垮垮的模樣。
倉鼠有儲藏食物的習慣，牠們會先把食物放在頰囊內，再吐出來吃掉或是儲存在鼠鼠認為安全的地方。雖然牠們會自己清潔頰囊，不過也有忘記的時候，所以要小心食物腐敗所造成的頰囊發炎。
前肢
鼠鼠的前腳腳底有毛，有四隻指頭。（第五隻退化，但仔細看仍可看到）
鼠鼠的前腳是很靈活的，舉凡抓、握、推、拿，只要是人手可以做到的動作，鼠鼠也可以做到。
不要看鼠鼠前腳小小的，牠們的抓握能力可是很厲害的。除了拿牠們最愛的食物以外，牠們還可以在籠子裡吊很久的單槓，或是在你抓牠出來時緊抱著你的手不放。除此之外，當牠們用小小的手靈活的梳理著毛髮（洗臉）時，往往讓人看到發呆，真是可愛到不行。
後肢
鼠鼠的前腳腳底有毛，有五隻指頭。
鼠鼠因為常需用兩隻後腳站立的方式警戒周圍，所以後腳比前腳稍大，支撐力也較強。
體腺
黃金鼠的體腺位於背部兩側，呈直徑3㎜左右的黑點。公鼠因為需要標示領域及引誘母鼠，所以臭腺比母鼠發達。
多瓦夫倉鼠（加卡利亞倉鼠、坎培爾倉鼠和羅伯羅夫斯基倉鼠）的臭腺不在背上，而是在肚子的正中央和嘴部的內側。
野生的倉鼠會將有臭線的部位在石頭或植物上摩擦，英文稱為marking。這個動作有兩的目的，一個是標示自己的領域，警告別的鼠鼠不得擅自侵入；一個則是引誘路過的母鼠，增加交配的機率。家裡飼養的鼠鼠，則會在自己的籠子週邊做出同樣的舉動，放出籠子散步時，也可以看到牠們在別的鼠鼠的籠子邊緣、或家具的突出側做出同樣的動作。
當兩隻倉鼠相遇時，常會看到牠們互聞味道，判斷是否認識對方，然後再決定是要接納還是要攻擊。不過，未成年的幼鼠因為臭腺還沒有成熟，所以不會劃分地盤，在遇到公鼠時也比較不會受到攻擊。
生殖器
鼠鼠的生殖器官的構造和和人類大致上是相同的，唯一不同的是公鼠多了凝固腺。凝固腺是嚙齒目動物特有的器官，交配時會分泌一種膠狀物質混合於精液中，將母鼠的陰道封住，以增加受精的機率。
公鼠的睪丸和身體比起來佔很大比例，黃金鼠的睪丸沒有被毛覆蓋，而多瓦夫倉鼠（加卡利亞倉鼠、坎培爾倉鼠和羅伯羅夫斯基倉鼠）的睪丸則有一層細毛覆蓋。
較有趣的是公鼠會像在咬東西一樣搓揉自己睪丸，真正的原因為何目前並不清楚，不過可以確認並不是生病。睪丸有調解體內溫度的功能，所以有時候睪丸會縮在體內有時候會露出在外面，所以夏天的時候會出現拖著睪丸走路的有趣畫面。如果不會分辨性別的話，可以去鼠鼠大補帖看看。
乳頭
鼠鼠的乳頭基本上有7對（有的個體會多或少一對），分布於前腳和後腳之間的腹部兩側。母鼠的乳頭比公鼠好辨別。
尾巴
除了黃金鼠的尾巴較長、有一層稀疏的毛覆蓋以外，其他種的倉鼠的尾巴都特別的短，上面有一層細密的毛覆蓋。
倉鼠的尾巴之所以短，是因為牠們在地上生活。在樹上生活的鼠類如松鼠花栗鼠，長長的尾巴可以保持樹上生活時的身體平衡。但地上生活的倉鼠因為沒有爬樹的需要，所以尾巴退化至今天你我所看到到模樣。不過，倉鼠在有狀況時仍會搖著那幾乎沒有作用的尾巴，表達自己的意識。
尾巴是倉鼠很在意的一部份，隨意碰觸會讓牠們有危險的感覺。
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