我提出另外的觀點，這篇主要先著重在劇情的部分，對於角色的探討得晚些再寫。
駭一告訴我們，身旁的人，周遭的天氣溫度變化，吃的，喝的，不過是虛幻。人生活在駭一的世界裡，看似真實，卻濛濛懂懂。但是真實世界會比較好嗎？如果人們瞭解事實的真相，有選擇的權力，會願意吞下紅色的藥丸嗎？
迷一般的錫安究竟是怎樣的一個天地，生活在裡面的人們和 Matrix 裡的人有什麼不同嗎？駭二所告訴我們更多關於真實世界的情況，同時也引進了許多迷團。身邊圍繞著比起電腦特務更強，打不死的白色雙胞胎保鏢的法國佬的身份是什麼？ Orcale 的角色更吃重了，在一連串與尼歐的問答中，帶出了終極的神秘人物 Architect 並給了尼歐一個選擇，存活下來的是 Trinity 或是錫安？
駭三裡用了很長的篇幅在描述錫安與機器世界（machine world）的征戰。機器世界壓倒性的武力，逐步的摧毀錫安的防衛。Morpheus 與 Trinity 再次將 Neo 從法國佬那邊解救出來，之後 Morpheus，Niobe 與僅剩的飛船正努力趕回錫安並肩作戰。 Neo 與 Trinity 駕著另一台飛船，靠著 Neo 所展示超人的能力，一路突破防衛到達了機器世界的城市裡面。
同時，agent Smith 在 Matrix 裡面的能力越來越大，連 Orcale 都同化了。因著 Smith 的擴張 Matrix 已經不再是原先的虛擬世界。兩個世界原有的平衡慢慢的開始出現了傾斜。Neo 提出交換的條件，打敗 Smith 換取錫安的停戰。
Neo 與 Smith 的最終大戰，差不多會演變成千年戰爭，在駭二中我們便已經知道單靠拳腳無法分出勝負。Neo 靠著 Smith 體內的 Orcale 得知，同化只是表象，真實的核心 (core or soul)是不會變的。駭三裡被重複的一句話：
『在哪裡開始的，在哪裡結束。』
Smith 由於 Neo 在駭一中侵入了他的內部，改變了他的本質。看起來好像是消滅，卻是另一種能力的賦予與轉移。所以 Neo 只有再次進入 Smith 的內部，重新瞭解（反組譯？）Smith 的核心，才能找到破解的方法，將偏移的 Matrix 調回正常（Reset？ not Reboot）。
Smith 被消滅，機器大軍停戰，錫安眾人高呼和平，故事到此結束。
駭三的情節主要在顛覆駭一，駭二所建構的世界。當我們透過駭二所建構出來的錫安，或者是在 animatrix 所描述的二次文藝復興等等歷史，都以為血腥與不完美才是真實世界該有的樣子。我卻不這麼認為。
當 Neo 展現空手擋烏賊，雙手一張便可以阻擋機械世界砲彈的特異功能；眼睛瞎掉後看到的與他爭鬥的居然是黃色的 Smith 影像；在機器世界裡，看到的不是冰冷的鋼鐵管線，是不同於 Matrix 綠色的光芒，反倒是神似於 Matrix 架構的黃色光芒。那是因為他已經看透了機器世界的本質。他要拯救的，與其說是錫安的和平與眾人的安危，倒不如說是設法求得兩個世界的平衡。無所謂機器世界是惡，錫安是善。Matrix 是虛擬的，同樣的錫安也是虛擬的。所有的程式都有其命中注定的功能，而 Neo 所要做的便是他該做的事，所以到機器世界才有意義。
簡單的推論，如果真實世界存在，那麼火車人（Train Man）所要偷渡的小女兒要從程式的身份轉成什麼呢？小女兒不是本來就在 Matrix 裡了嗎？如此一來法國佬的身份便很明顯了，他是兩個虛擬世界溝通的介面與掌管者。
至於 Neo 為何無法在機器世界內飛天遁地等其他的角色問題，也許晚點可以再聊。
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