民眾接受無痛大腸鏡檢查前，最常詢問的問題是「麻醉狀態下發生腸穿孔的機率比較高，甚至會延誤救治時間」，對此，胃腸肝膽科醫師提出反駁，強調腸穿孔常是手術過程中，電流灼傷深層組織所造成，與麻醉本身無關。且有經驗的醫師操作內視鏡時會控制力道，並不會造成腸穿孔。
亞洲大學附屬醫院肝膽胃腸科主治醫師林佑達表示，曾有婦人因剖腹產造成腸道沾黏，因第一次做大腸鏡時沒有選擇麻醉，雖然檢查圓滿結束，卻對檢查產生的疼痛印象深刻，因此第二次做大腸鏡檢查時，一度考慮選擇無痛大腸鏡，卻聽聞可能有較高的檢查風險，讓她猶豫不決。
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林佑達說明，醫師實行大腸鏡時，須適時地使用推拉、旋轉、擠壓等手法，才能讓大腸鏡順利往內深入，但對曾經開刀造成腹內沾黏、體型嬌小纖瘦，或對疼痛比較敏感的患者，進行此類手法時往往會伴隨腸道撐脹、拉扯等不舒服，有些人甚至因此無法完成檢查，故發展出輔助的麻醉技術，減緩檢查過程中的疼痛。
但不少民眾在檢查前常詢問醫師，擔心在麻醉狀態下，因全然失去知覺及主動權，若檢查過程腸子不慎因內視鏡粗魯進出，造成穿孔破裂，恐無法立刻向醫師表達疼痛的反饋，會危及生命，因而對檢查望之卻步。
對此，林佑達解釋，臨床上的腸穿孔大都源自於切除瘜肉或進行止血時，電流灼傷了更深層組織所造成，往往與麻醉與否不相關，而有經驗的醫師在操作內視鏡時，會藉細微的手感變化知所進退，不會固執推進而造成腸壁頓挫傷或撕裂穿孔，請民眾不用過度擔心。
林佑達也提醒，本身有中風、致命性心律不整、急性心肌梗塞等有心血管疾病的民眾，麻醉科醫師在麻醉前會進行評估，若評估後發現麻醉風險大，也不會強行為之，倒是麻醉下的患者因咳嗽保護反射被抑制，造成吸入性肺炎的機率，則會從約兩萬分之一升至萬分之一。
最後林佑達建議，麻醉大腸鏡檢查帶來的風險，並無想像中的嚴重，民眾可按照自身對舒適度的需求，以及經濟能力選擇適合的檢查方式。
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