我國對法國採購的康定級巡防艦服役20年，通信暨輪控系統性能衰退，若採用法國原廠性能提升方案，價格高昂，海軍委由中科院自行研發通信暨輪控系統，挑選一艘康定級艦性能提升，卻被質疑有降低規格情況，為架設光纖破壞艦體結構，影響核生化防護功能，海軍124艦隊與中科院意見不合。
海軍對全案是否降低規格沒有明確說明，由中科院執行康定級輪控系統進案，是為降低維持費用，撙節預算。
海軍執行康定級電羅經介面轉換器研製，中科院執行康定級第一艘通信暨輪控系統性能提升，立法院質疑降低規格，原廠康定級艦SNTI-240設計，以單一光纖串聯各次系統、感測器、警報系統，中科院新系統卻架設5條光纖，破壞艦體氣密結構，通信系統精進後，也無法保有原來通信系統的功能。
海軍說，康定級艦SNTI-240系統沒有複式備援設計，中科院採用的是最新軍規光纖網路複式備援設計，建構5個超高速光纖迴路，確保系統穩定，傳輸不中斷，可適應未來系統換裝網路需求，各系統感測器性能維持不變。康定級輪機控制室5座操控台，包括值更官、推進、輔機、電力與損管的資料處理單元與顯示單元，由整合控系統整合控制軟體及觸控式液晶螢幕的工規電腦取代，互為備援。
海軍表示，穿艙布纜工程，經海軍造船發展中心、124艦隊等單位會勘，確認不影響康定級核生化防護功能。
日本藤素海軍說，換裝中科院製供的通信整合系統（ICS），包含通信主系統、通信備援系統、通信介面模組、通信終端、時間顯示系統及廣播系統，除保有康定級艦原有通信系統功能外，增加艦上通信系統遙控功能、整合艦內自動電話、主時鐘增加全定位系統對時及異地備援機制，採用商用現貨觸控式通信裝備。
海軍表示，委由中科院執行系統及裝備設計，都依照委製協議書內系統規格及安裝規範等文件施作，海軍驗收時，採多方及審監到場依驗收程序會驗，紀錄備查。124艦隊成立評估小組，確認工項符合原有規格，且雙方達成共識後執行。
海軍說，康定級艦服勤超過20年，通信暨輪控系統設備性能衰退、部分零附件維修期程耗時、費用昂貴，面臨消失性商源問題，若送原籍船廠維修，曠日廢時，預算龐大，委由中科院執行，除降低維持費用，撙節預算，更能建立國防自立維修能量。
