雖說自然科學比較不受語言的羈絆，事實卻也不是那麼單純．
三四十年前，美國有位科學史家孔恩（ Thomas Kuhn） 寫了一本非常著名的書－－”科學革命的結構”（The Structure of Scientific Revolutions），並從此書推展出一個非常流行的名詞－－”典範”（paradigm）．
孔恩主張每個時代的科學都有自身所遵循的一整套架構，架構和架構之間具有不可共量性（incommensurability），舉例來說，同樣是燃燒的現象，過去有一套稱為”燃素理論”（phlogiston theory）的學說，認為可燃物內含有一種叫做燃素的物質，所以燃燒後釋放出來，物体才會因而減輕重量，當然隨著科學的演進，現在沒有人再去討論所謂燃素，而代之以原子結合能的釋放現象來解釋，可是討論還是同一個燃燒現象．
所以，也許，未來會有一套新的學說，再度推翻目前的理論，這麼一說，到底什麼理論是真確的，無法肯定，如果回到術語本身，問題更是複雜，”燃燒”一詞在不同時代的科學辭典裏，定義並不全然一致．
更典型的是”原子”一詞，按希臘文本義，原子是不可再分割的物質，可是現在，符合這個定義的，暫時可能反而是電子，或者夸克（但夸克在現在的實驗中，依然不是可以長期獨立存在的粒子），原子內部存在有太多複雜的結構，電子能階上的電子雲和原子核內的中子質子，甚且，在量子論當中，原子之類的存在是依觀察者而實現，沒有觀察者的時候，是否有原子存在，物理學家們互相爭辯，本來”原子”被定義為物質最基本的基石，現在連是不是一種”物質”，都產生了疑義，除非連”物質”一詞的意義也跟著變動，否則，我們可能無法再認為”原子”是一種物質性的存在．
自然科學的術語体系依各自理論不同，對同一個術語，其內涵也有所差異，雖然它們的外延都是相同的，因之，定義本身亦隨時代不同而更替．
結果，每一種科學所用的語言本來都根源自日常用法，經過時日變化後，都脫離了它本來樸素易解的面目，同樣的文字，卻和日常語言判似兩種不同的体系．
一種典範可以看成是一種自成一格的語言系統，並且這是一種很不一樣的語言系統，對於不同原子觀的物理學家而言，他們還是可以一起討論原子的各種行為，透過方程式，他們討論原子的可能位置或動量，而不必去爭辯它是如何達到目前的位置或保有當時的動量，是突然跳現在雲霧室照片裏，或者循牛頓式粒子碰撞來改變，都不用理會．
因此，保持各時代理論互相溝通的機制是用數學之類的形式語言來統一的，形式之下的實質，依每個人不同的形上學信仰而有不同解釋．
實驗方面，則有所謂操作型定義來縮減各類名詞的爭議，因為自然語言本身的模糊性，並不因為討論的東西是自然現象就完全沒問題，術語本身又會隨時代演進而轉變意義，各科學社群才會發展種種工具來避免陷入無謂的爭論．
學習一種典範，就如同學習一種外語一樣，要明瞭每個詞語的意義，就必須深入這個文化，重新認識每個東西的標記和它們互相的關係，還要小心被字面所誤導．
自然科學一樣有它的語言問題，但確實，自然科學家們也提供了一個消除語言爭論很好的範型．
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