特別費問題延燒至今，從政治上的爭論轉變為法律上的爭議，政治上特別費為藍綠鬥爭的明顯事例，法律上則因南檢、北檢對於特別費的認知不同，產生歧見。特別費性質為此法律案件爭點。北檢認為，特別費屬於公務費用性質。依據行政院台(70)忠授字第０五三四０、０六一二一號函內容所載「特別費係作因公招待及餽贈之需，應以檢具原始憑證列報」駁斥辯護意旨所採「特別費係國家給予機關首長之特別酬庸，與實質補貼」之見解。南檢則以「司法者應該要站在歷史的高點上來觀察，還是應該匠氣十足的堆砌法律概念，當許多首長都可能經不起這樣考驗的時候，執法者應該就要停下腳步來思考，這究竟是一個犯罪問題，還是制度的瑕疵問題。」即認為特別費為制度設計上瑕疵，而傾向將特別費視為「實質補貼」。兩者之觀點南轅北轍，同一法律問題何以產生截然不同的判斷標準，著時令人費解。
一般人對於法律判決缺乏信任，來自法律究竟是主事者主觀認知，還是具有客觀評斷標準。從法律的角度觀之，兩者所得結論，皆具有一定的法學基礎。前者，純粹自法實證主義觀點判斷，就法論法。法令未明確界定特別費為首長薪津酬勞，即應視為公務費用，並依據行政院函令檢具原始憑證列報。而後者則從歷史觀點與行政實務運作下，對於未明確界定之特別費，從歷史事實與行政慣例推論，將特別費視為是一項歷史悠久而法令規章制定不明的行政瑕疵。從法律理論發展的過程，對爭議問題解決方案同樣是爭論不休。從富勒與哈定論戰，德沃金與哈定的論戰過程中。可明確得知，對於法律見解的差異，古今中外皆然。表面上法律似乎存在者強烈的主觀意識，實則關鍵在於面對法令規範不明情況，其解決爭議所採行的法學思維，究竟傾向於自然法思想或是法實證思想，甚至是處於兩者的中間地帶。而在法庭為對上述案例做出明確判決前，任何爭議的出現對於法律內涵的充實，皆極具意義。
上述論證，對於許多人而言，或許覺得不公平。尤其在政治爭議極強的司法案件。純粹主觀的法律判決無法獲得人民的信賴，相對的，完全強調客觀的法律判決，必無法審情酌事獲致合理判決，徒增法不容情之憾。在人民殷切期盼的案件中，相信法曹人士，不致出現違反公平正義之見，也期待司法正義得以伸張。
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