微生物肥料係活的微生物，非肉眼所能見，其菌數、活性與肥效之良否實非一般農民所能辨識，均有賴有效之肥料管理，才能確保農民之權益。影響微生物肥料肥效之因子很多，同一種菌肥有的使用有效，有的卻不一定有效甚至無效，對微生物肥料品質至少應有到下列認知：
單位體積或重量中之菌種數要達到一定標準：液體中細菌每毫升至少106個以上菌體為佳，固體則依附著劑之重量不同而異，乃以多者為佳。
菌的活性要高：菌的活性是重要的指標，活躍的微生物才能適應環境及發揮作用，或達到共生的現象。
適應性要高：係指微生物對不同土壤環境及作物適應的問題，一般本土性篩選之菌種較能適應本地土壤及作物。
雜菌及雜質要少：菌種生產流程中應防有雜菌進入，以免品質變劣。
用養樂多、優酪乳等來發酵牛奶，並不是不可以，只是就達不到改良土壤微生物相的目的。
至於養菌的配方，除牛奶、糖蜜外，也有人加米糠、麥粉、海藻粉、海藻精、魚粉、骨粉等多種配方。其實只要能成功的把菌種培養起來，其它都只是果樹的養份而已。
當細菌大量繁殖的時候會出現缺氮的現象，這時期我們會添加尿素（含氮４６％）來補充，同時也會添加如磷酸一鉀（kH2PO4)、硫酸鎂（瀉鹽MgSO4)、硼、氯化鉀等。端視這一期的果樹需要而定。
菌種在培養基裡，有優渥的環境，要野放到田間，當然也要給予充足的食物。我們果園的草當然就扮演了這樣的角色。
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