『今天好像是我來國安會以後，第一次到新聞室來，大概也是最後一次，最後一次......』就這樣，在農曆年前，國安會秘書長蘇起突然在政壇拋出驚天動地的震撼彈，決定辭去國安會秘書長職務。
蘇起表示，在馬總統就職前，台灣處在幾十年來最壞狀態，兩岸逼近戰爭一觸即發的邊緣，國際關係跌入谷底，連美國都一路疏遠。馬政府的作法就是不斷拿捏紅燈、黃燈、綠燈的分寸，希望在「三大之間難為小」的大環境裡，建構能讓台灣擁有更大安全和尊嚴的新格局。經過20個月又20天，他相信「階段性任務」已經完成『兩岸已經遠離戰爭，兩岸交流與談判正在形成一個經濟互利、政治雙贏的新局面；活路外交也讓台灣獲得更大的國際空間與尊嚴。
換句話說，馬總統在國安領域的相關競選諾言已經大部份實現。這段期間，個人殫精竭慮，全力以赴，現在考慮健康與家庭因素，我決定卸下重擔，休息充電！』
蘇起並且再度強調，處在美中日三大之間，對台灣最重要的，就是建立互信關係，他並且以海軍遠航訓練支隊訪問新加坡消息曝光，導致支隊抵達後無法靠泊，以及國防部長高華柱密訪新加坡的消息曝光為例，強調很多事情一旦曝光，可能會導致「難以收拾」的後果『今天台灣所處的「一小三大」的環境當中，兩岸與國際的互信，是我們國家最重要的資產之一，今天個人非常卑微地期許，就是不要讓台灣內部的爭議與恩怨，減損了這個得來不易的互信關係！』
據了解，蘇起是在馬總統完成出訪中美洲友邦的「久博之旅」返國後，向馬總統請辭的，馬總統雖然極力慰留，但是蘇起辭意甚堅，總統府發言人王郁琦說『總統高度肯定蘇秘書長過去20個月，在兩岸、外交與國防政策方面，對國家做出的貢獻。蘇秘書長因為健康與家庭因素請辭，去意甚堅，總統勉予同意，遺缺將由前駐新加坡代表胡為真接任......』
至於當事人胡為真，第一時間在接到TVBS電話訪問時的反應則非常低調『我現在人不在國內，我在國外，我在國外......這些來得......這個非常突然，所以我現在沒有辦法給你任何的答覆，我們回到國內之後再說，好不好？』
馬總統上任近兩年來，蘇起無疑是馬總統最信任、最倚重的國家安全事務幕僚，如今突然請辭，而且堅決求去，確實讓所有人感到意外。檯面上的理由，是蘇起上任以來，從來沒有休假，原本就有肝臟痼疾的蘇起，已經到了「筋疲力盡」的地步，為了家人和健康，只好向總統請辭。
不過，蘇起請辭很難不讓人聯想，和美國牛肉事件，以及八八水災第一時間婉拒外援有關。平心而論，在過去將近兩年時間裡，兩岸關係發展進程快速順暢，對美和對日關係也有進展，美國分別在2008年和今年兩度宣布對台重大軍售，AIT甚至還罕見地發布新聞稿，羅列這兩次軍購的詳細內容，所以美牛事件和八八水災確實對蘇起的決策方式造成影響，但如果說這是導致蘇起辭職的關鍵因素，未免又失之太過。
說來還是老問題，即使國家安全事務再龐雜沉重，應該也不至於到國安會秘書長得忙累到從來沒有休假，這要不就是國安會的分工和決策模式有問題，要不就是馬總統真正信賴的重要幕僚太少，才會讓蘇起累到「筋疲力盡」。不論是哪個原因，對馬總統的決策體系，恐怕都不是好事。
