1、一切都來自於崔妮蒂對尼歐的這個揭示：我知道你輾轉難眠。每天晚上都獨自一人，坐在電腦前工作。你在找他，我也曾找過同一個人。當他找到我，他說其實我不是在找他，而是尋找一個答案。有個問題驅使著我們，這問題把你帶來這裡，你我都知道這個問題。但母體是什麼？世上一定有答案。他在尋找你，只要你願意，他就會找到你。
2、這部片是對「人類終極問題」的邪惡（現代）模仿，這種焦慮我們已在卡夫卡的《審判》裡清楚感受過；而對這問題的回答我們可以以《聖經》為主要的啟示來源。如果借用《聖經》神話作為理解框架，我們可以說：莫斐斯與祭司等同於聖父、尼歐等同於聖子、崔妮蒂等同於聖靈、母體等同於原罪。它們一高一低，描繪了同樣的主題。
3、對於莫斐斯和祭司等同于聖父必須做出這樣的補充：莫斐斯為了適應「故事結構」而以某種「缺陷的方式」存在（他並不全然地全知全能），因為聖父在根本上是無法或者說不應該被表達的「空白」（我們回到第一點崔妮蒂說的：有個問題驅使著我們）；但他的確就是聖父，這可從總機坦克的口中「莫斐斯你不只是領導，更像是父親」中得到最清楚的揭示。另外，「莫斐斯」在隱喻上也與「祭司」同一，只是作為結構上的需要必須以不同角色存在，而這種存在方式最常以「一男一女」作為表現。
4、關於尼歐作為聖子這點非常清楚：他甚至死而復活了，並且在復活後真正成了「救世主」，而以一種全然不同的方式體驗世界——這可從他輕易接下子彈、表情看似呆笨卻有效地阻絕史密斯的拳腳攻擊，並且在片尾最後掛上電話而以一種全新的眼光看待世界等處得到證明，而這也許就是真正的「奇蹟」。
5、關於崔妮蒂作為聖靈則較為幽微而複雜：首先當然是她作為一個女性角色而被表達，並且從頭至尾幾乎都與莫斐斯和尼歐形影不離，更細微的地方是她對尼歐說「我比你資深許多」；更重要的是尼歐從惡夢中醒來的第一個契機來自於她（第一點的主題揭示）；而最明顯的（同時也可能是最幽微的）來自於她對尼歐說：「祭司說我會愛上一個人，那個人是救世主。」這是清楚的關於〈雅歌〉裡「婚姻隱喻」的移位表達。
6、關於母體作為原罪（或者說是「煉獄」）則最難找到一個相似的概念表達，原因在於不管是「原罪」或是「煉獄」都是以天堂意象為主的神話對比出來的概念，即使邪惡但基本上更接近考驗。但對於一個以邪惡模仿作為主要表達的故事結構來說，或許我們只能指明它們在「功能上相近」而無法做直接的類比。莫斐斯對尼歐說：「我無法告訴你，母體究竟是什麼，你必須親眼目睹」，崔尼蒂也對尼歐說：「母體不知道你是誰。」對這兩句話我的理解是：在母體裡的每一個「德森先生（我們）」，此生的任務就是去把「尼歐」辨認出來。
7、影片以電腦作為主要表現，背景不斷出現閃電、雷聲、風雨，主要動物則是黑貓與烏賊，人類則成了病毒、癌症、瘟疫，並且以暗黑霉黃等基本色調暗示了一種末世氣氛，最糟糕的則是尼歐與崔妮蒂為解救莫斐斯回到人間的大開殺戒（這是不健康的），都可看做是邪惡（現代）模仿所必須。尼歐第一次「醒來」後所見到的荒蕪世界，則是這種邪惡模仿的極致——它將天堂意象，整個改換成地獄景色。而另一個清楚的揭示來自於總機坦克所回憶：我來自「錫安」，最後的人類城市，位於「地底」、溫熱的中心（在《聖經》以天堂意象為主的神話結構中，「樂園」都是在高處的，別忘了約櫃是在阿勒山上被找到的）。當然讓女祭司像個鄰居老婦並且抽煙，說出「當救世主就像談戀愛，你什麼都不知道但你很確定」，則是在這種模仿之下傾向現代（庸俗）感的設計。最後則是片頭與片尾的後設安排，讓電腦對著你我，傳出「福音」。上述種種，在在都說明了這部影片邪惡（現代）模仿的結構。
8、然而即使出之以一種邪惡的模仿，並沒有任何作品會是究竟地獄的，我們仍然必須被啟示，在這部電影裡便以下列安排作為出口：武術教導的一段。莫斐斯對尼歐說：「別懷疑，我要解放你的心靈。」，讓我們重新回到無論是以天堂或地獄結構表現，皆須強調的內在性。「內在」（或者說「超越」）是我們對「限制／突破」的唯一回答。與此相關的有女祭司對尼歐闡明的：我不知道你是不是救世主，莫斐斯也不知道，但他堅決「相信」你是。這個主題到後來發展成尼歐對崔妮蒂說「我不是救世主，祭司說我不是」，但與此同時他卻「選擇了」要為莫斐斯捐軀，我願說尼歐在那當下「發現了自己」。另外當尼歐問起：「在虛擬世界死亡，身體也會死嗎？」莫斐斯以另一問句解釋到：「大腦相信你已死了，你說呢？」這些都讓我們回到哲學的本體論（是什麼）與認識論（我能知道什麼）的糾纏上，但在某種層面看來，也許這兩者是同一件事情——或者我們可以舉「市中心旅館」同時也是「心」的例子為證。有沒有救世主？你相信、他就是。猶太人不相信，但其他人都相信了；而耶穌到底是不是救世主呢？我認為女祭司的這個橋段設計得很好（怎麼都是異教的部分我覺得好），雖然很多地方太過噁心，比如「認識你自己」。
9、「為什麼我們不吞藍色藥丸呢？」自由意志的問題在這裡再一次被表達。也許最好的回答是：因為我們可以墮落，所以我們才可以得見上帝。而這也是人生最根本的奧義。這個矛盾的選擇在影片中不斷被以「尼歐的雙重人像」表達——在鏡子裡的兩個尼歐、在墨鏡裡的兩個尼歐、在湯匙上的兩個尼歐等等。而如此「巧合」的，這裡的「紅／藍」兩種顏色又再一次回到榮格在《心理學與宗教》裡研究過的集體潛意識，紅色代表上帝屬於覺醒、藍色屬於異教代表欲望。
10、「別試著折彎湯匙，那是不可能的。你要試著看清真相，湯匙並不存在。」連小孩都知道的話，我將它送給天真的基督徒、還有所有自認為正與上帝同行的人（也許那不是上帝，而是史密斯）。當然他們都不會接受，因為我們都已不是小孩。
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