產業創新條例提供企業研究發展抵稅額，因採事後申請制，導致企業當年度研發投抵稅額，已無法用來扣減每年9月報繳的營利事業所得稅暫繳稅額。帳上如已無舊制研發留抵稅額的企業，暫繳稅款可能上升。
100年度企業營所稅暫繳申報，下（9）月1日起跑，為期一個月。財政部提醒企業，依產業創新條例第10條規定，公司投資研究發展支出金額的投資抵減稅額，雖可抵減當年度應納營所稅額，但因9月申辦100年暫繳稅款時，企業均未完成今（100）年度適用研發投資抵減規定的相關申報程序，其研發投抵稅款，將無法用來抵減100年度的暫繳稅額。
財政部解釋，這是因產創條例已取代促進產業升級條例，企業投入研究發展的支出，獲准可抵減應納營所稅款的規定，僅限當年度，不再有留抵四年的優惠。以及企業提出研發計畫依法可以落後審查，業者也無從獲知當年度可抵減的研發投抵稅額，才會形成計算暫繳稅款時，無法再扣減當年度的研發投抵稅額。
不過，財政部強調，暫繳稅款並非所得稅最終稅負，企業的研發抵稅支出產生的投抵稅額，仍可在次年5月申報前一年度營所稅時扣減，最終稅負不會增加。
除了研發投抵稅額無法扣減暫繳稅款外，財政部提醒企業注意，100年度暫繳稅額的適用稅率為17%，企業今年辦理營所稅暫繳申報時，是以其上（99）年度結算申報營所稅應納稅額的二分之一為暫繳稅額。
財政部表示，企業按其上年度結算申報營所稅應納稅額二分之一計算的暫繳稅額，2,000元以下者，不但免辦理暫繳申報，也可免繳納暫繳稅額。
另外，獨資、合夥組織的營利事業可免辦理暫繳申報；企業未以投資抵減稅額、行政救濟留抵稅額，以及扣繳稅額抵減暫繳稅額者，自行向公庫繳納暫繳稅款後，也可免依所得稅法第67條第1項規定辦理暫繳申報。
