榮工公司找來負責技術移轉並開挖主坑西行線的法國ＳＢ公司，擔心進洞後趕過導坑，得承擔合約之外的地質風險，加上導坑因事故連連，連同主坑都買不到保險，因此開始每天書信協商，要求榮工增加承包經費，否則堅拒進洞。八十四年十一月，榮工決定與ＳＢ解約，收回自己做。
少了擁有ＴＢＭ開挖經驗的外國協力廠商，榮工摸索得更辛苦。八十六年十二月十五日，雪山隧道最大的災變發生了。西行線挖斷了萬年水脈，大量湧水以每秒三百公升的速度湧出，價值十億的ＴＢＭ硬生生被水與泥埋住了。第二天土石抽坍已漸趨穩定，湧水量仍大得驚人，最大時每秒高達七百五十公升，二十分鐘就可以灌滿一個標準游泳池。「東行線的湧水也同時加大了，當時最擔心的是，如果整個坍方連鎖反應，這個工程就沒有明天，」中興工程顧問北宜工程處副理張龍均說。
ＴＢＭ被埋，評估修復需要花八億多元，呈報交通部之後，決定放棄，等水量也漸趨穩定，施工人員開始挖出土石，一段段支解這條埋在地下的「巨龍」，前後耗時將近一年才處理完成。
雪山隧道ＴＢＭ被埋的消息也震動了外界。有立委要求雪山隧道停工，改為博物館，讓小學生參觀，「瞭解錯誤政策的可怕」。交通部長蔡兆陽正式指示國工局評估是否要更改路線、改開國際標。國工局評估，雪山隧道的困難已經在國際間「惡名昭彰」，國際包商就算有興趣，要價也至少是原來的兩倍。因此，國工局主張讓榮工繼續施工，同時找國內外專家一起會診。
八十五年初至八十七年初，國工局找來南非著名的cementation公司來施作水平長距離鑽孔，以瞭解ＴＢＭ前方地質。原來預計鑽孔深度三百公尺，但實際鑽到一百零七公尺就因坍孔嚴重、湧水而放棄。日籍專家鬼頭誠率領技術團隊來台協助灌漿技術，但效果也ㄕp預期，先後離去。
工程挫折連連，國際技術團隊一一撤走，但，「我對同仁打氣：我們現在做的事，都會留下來成為歷史的一部分，不像股票漲了又跌，轉眼成空，」當時擔任國工局三區處副處長的曾大仁鼓勵團隊，一定要撐下去。
長期地底歲月，工作不分日夜、危險、無法顧到家，他們早有心理準備。像颱風天，別人是冒著風雨趕回家，他們是冒著風雨，從家裡趕回工地守著。但是，質疑、打擊不間斷。
張文城記得，在那段眾人喊打的日子，當時的交通部長劉兆玄是唯一雪中送炭的長官。「導坑ＴＢＭ第十次受困後，劉部長來看我們。」他記得，那天劉兆玄彎著腰，跟著他們鑽進地質惡劣、還不斷滴水的迂迴隧道，去瞭解ＴＢＭ受困情形。他出來後，只跟大家說，「好好解決問題，工期沒有政治壓力。」
主坑西行線採用ＴＢＭ的開挖法，一直到了八十七年三月才宣告放棄，改採鑽炸法。
鑽炸法是先在岩壁上鑽孔，放置炸藥引爆後，再將岩渣以怪手挖除，運出洞外。同時，以鋼支保撐住岩盤，灌漿鑄模。
在地質最惡劣地帶，施工團隊參考日本青函海底隧道的方法，慢慢摸索出一套「近灌遠排」的工法：先在前方做「錐形灌漿」二十五公尺，固結後，打長孔到後面的涵水層，讓水壓釋放，再鑽炸二十公尺。接著，再向前灌漿、排水、鑽炸，一直重複這些步驟，像地底蝸牛一樣慢慢向前推進。
「每一輪要花兩個月時間，也就是每個月只有十公尺的進度。」曾大仁說，雖然慢，但總算開始有進度了。通過最惡劣的五百公尺地質後，為了補回ＴＢＭ損失的進度，國工局決定從翡翠水庫這頭增開工作面，同時從二號豎井往下挖，到達隧道的預定深度後，再向左右兩邊開挖，全力趕工。
負責隧道西口工程的榮工北宜施工處第三施工所主任王台福記得，這段工程進行一直都還滿順利，直到導坑在八十八年六月通過「鶯子瀨向斜」，鑽到大湧水，「鑽機一抽出來，裡面就噴出三十幾公尺的水柱，炸藥根本放不進去。」湧水最大時每秒三百多公升。由於西口比較高，水自己流不出來，只好找來幾十顆馬達，每五百公尺設一個抽水站，接連抽水，花了半年才把所有的水抽掉、地質處理完。他說：「那時候工人得穿潛水衣、背氣瓶下去安裝馬達和電力系統。」
地底的歲月，不是一般人所能想像。在海拔三百多公尺高的山頭上，他們打下二號豎井，這口井深度將近二百五十公尺，採從上向下施工的降挖工法。施工中的廢土要一桶一桶吊上來，湧水要用馬達抽出，工作人員得穿著高度達到胸口的「雨鞋裝」，萬一臨時停電，還得趕緊用繩索把人拉上來。「我們開玩笑說應該每人發一個救生圈，湧水來不及抽的時候，人只要跟著救生圈漂上來，就省得拉了，」榮工北宜施工處第六施工所主任鮮正麟說。
由於豎井是通往地底唯一的入口，挖掘工具、污水處理等大型機具，都得先行拆解，吊下去再組裝。所有的工作人員，也得每天從這裡搭乘吊籠上上下下。由於隧道底下鑽炸法工作面溫度高達三、四十度，汗流浹背的工人冬天回到零度左右的豎井外，經常不小心感冒。
中興工程顧問北宜高工程處站長沈天英曾到過後來開挖的一號豎井，深度五百多公尺，比台北一○一大樓還高，感覺更可怕。下面是污濁又危險，上來後，外面又是世外桃源，「出洞時好像『再世為人』，」他形容。榮工北宜處第六施工所站長陳志民也說，他經手過的工人大約有一百人，只剩二十多人留下，其他都做不下去而離職。
由於雪山隧道任務艱鉅，當時的國工局局長鄭文隆說：「我都把最好的、意志力強的、耐磨耐操的丟過去。」然而這些菁英，卻在北宜高遇到人生最嚴酷的打擊。
由二號豎井增闢工作面後，雪山隧道開挖進度提升許多。北宜高工程走入順境， 八十九年十月，施工團隊卻被監察院以延宕工期糾正，並函送最高檢察署調查有無圖利廠商等不法情事，進一步偵辦是否涉官商勾結。九十年二月開始，又被包商檢舉「廢棄土處理不當」、「違法解除合約圖利」等，官司一件件紛至沓來。
鄭文隆記得，一天春寒料峭，他站在國工局長九樓的辦公室，透過窗口，看到這些同事在一樓廣場邊瑟縮地排成一列，等著交通車載他們上調查站，一張張茫然無助的臉孔，讓他心痛如絞。「我覺得他們好像是要被送進屠宰場，」想到此事，鄭文隆仍然眼眶泛紅。
鄭文隆當時曾對檢調單位表示他願意出面說明，得到的回覆是：「不用忙，我們下一步就會約談你。」九十年國工局官員被約談一百多人次， 五月法院宣判：從國道新建工程局長鄭文隆、北宜高工程處前後任處長、副處長、工地主任等十三人都遭司法起訴，最高被求處十三年徒刑，併科罰金三百萬元；鄭文隆也被求處六年，工程人員士氣受到空前重挫。
三區處副處長黃治就是那位被判刑十三年的人。判刑前，他遭羈押四十多天，父親卻在這時住進加護病房，檢察官只讓他拿掉手銬，他就穿著腳鐐，到醫院探視病危的父親。「真是情何以堪！」說起這件往事，一直參與北宜高工程的興志營造總經理翁錦煌忿忿不平的表示，認真做事，出去卻是一雙手銬等在外面，真的很令人難以接受。
雪上加霜的是，當年五月，東口西行線37K爆出大量土石流，工地主任林子益被活埋殉職。工程、官司，兩樣的I重，同時落在這一群工程人員肩上。
台北地方法院經過兩年多的審理，認為國工局長鄭文隆等九名被告缺乏不法圖利廠商動機，也沒有拿到任何好處，罪證不足，判決九人均無罪；卻遭檢察官不服上訴。多年官司纏身，黃治的身體大受影響，曾在捷運車站昏倒三次，醫師診斷「自律神經失調」，才年過五十，他便申請提早退休。
受這件官司刺激，擁有美國北卡羅萊納州州立大學營建管理博士學位的處長陳純敬，更憤而辭去公職，專心準備打官司，並以四、五十歲高齡報考東吳大學法律研究所碩士班。
「十幾人被起訴，判的刑加起來上百年，」想到那段煎熬的日子，已經在雪山隧道工地待了十三年的張龍均還是很激動：「我們工程師就是二十四小時把事情做好，沒有考慮到程序、手續等法律細節，」他說，明明看到隧道快坍了，當然要趕快想辦法防範，但是如果新採用的工法沒有在合約內，坍塌的「事實」後來也沒有「發生」，就可能變成圖利。「後來大家到承包商工地談事情的時候，連水都不喝。」
一群工程人員，在地底待了漫漫的十三年，換來回不了家的辛苦，甚至是無端的官司，為的是希望看到終於貫通的日子。 九月十六日中午，坪林北勢溪畔的合歡山莊裡，氣氛就跟當初這條路要開通時一樣的歡樂。國工局三區處、榮工公司和包商正在開懷地慶祝全線貫通，席開十幾桌，原住民工人划著拳、喝著酒，好好享受難得的半天假期。
大學時代當過登山社社長的張文城，滿場跑，向這些平時對他「可望而不可即」的工人一桌桌敬酒，舉起酒瓶，大半瓶高粱轉眼下肚，在眾人鼓譟聲中，他站起來高歌：「愛拚，愛拚，才會贏」，然而，最後兩句才唱出口，眼淚便毫無預警的落下。坐在下面的黃鳳岡，一樣哽咽說不出話來。
淚眼中，眾人皆醉，他們仍要獨醒，工程尚未結束，把心情收拾妥當，繼續達成這「不可能的任務」……
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