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財政部臺北市國稅局表示，綜合所得稅列舉扣除自用住宅購屋借款利息支出與房屋租金支出僅能擇一適用，不得同時列報扣除。
該局說明，自用住宅購屋借款利息每一申報戶每年扣除數額以30萬元為限，但申報有儲蓄投資特別扣除額者，其申報之儲蓄投資特別扣除金額，應在上項購屋借款利息中減除，且以一屋為限。
該局指出，申報購屋借款利息之扣除，房屋必須以納稅義務人本人、配偶或受扶養親屬名義登記，及於98年度在該地址辦竣戶籍登記，且無出租供營業或執行業務使用者為限；申報房屋租金扣除額，每一申報戶每年扣除數額以12萬元為限，且納稅義務人、配偶及受扶養直系親屬在中華民國境內租屋供自住且非供營業或執行業務使用，申報時應檢附承租房屋之租賃契約、支付租金之付款證明及承租地址辦竣戶籍登記之證明文件，始得列報該項扣除額。
該局舉例，納稅義務人甲君申報扶養父母，當年度有儲蓄投資特別扣除額20萬元，自用住宅購屋借款利息支出30萬元(房屋為父親所有並設有戶籍)，租金支出24萬元(由甲君承租並辦理戶籍登記，供自住之房屋)。依規定，自用住宅購屋借款利息支出須先減除儲蓄投資特別扣除額，故得列報之自用住宅購屋借款利息支出為10萬元（30萬元－20萬元），另租金支出雖有24萬元，但受限於每一申報戶12萬元限額之規定，僅能列報12萬元，因自用住宅購屋借款利息支出與房屋租金支出僅能擇一適用，故甲君應以選擇列報租金支出12萬元較為有利；但若甲君自用住宅購屋借款利息支出為70萬元，則甲君以選擇列報自用住宅購屋借款利息上限30萬元較為有利（70萬元-20萬元=50萬元，但每一申報戶以30萬元為限）。
該局籲請納稅義務人於申報上揭扣除額時，須注意符合相關規定，以維自身權益。
(聯絡人：北投稽徵所王股長；電話27201599分機500)