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納豆孢子性益生菌用來製作納豆所需之納豆菌，是不產生毒素和對人體沒有病源性的安全菌株(GRAS)納豆孢子性益生菌日本傳統食品納豆功效良好，在這半年來已漸成主流，用來製作納豆所需之納豆菌，是不產生毒素和對人體沒有病源性的安全菌株(GRAS)，其屬於枯草桿菌(Bacillus subtilis)的近緣菌，與胞子乳酸菌Bacillus coagulans皆可形成耐熱耐酸的孢子，因此對胃酸的抵抗力強。
納豆菌的存在可以藉由提供益生菌活化增生所需的重要營養素，進而幫助這些益生菌大量增殖，改善腸道環境和體質。此外納豆菌亦會藉由拮抗和遮蔽等作用抑制人體內惡菌過度的增殖，從而達到抗菌保健的效果 納豆菌的納豆激酶對於血栓的溶解力納豆菌的納豆激酶對於血栓的溶解力是非常強大的，與一般醫學臨床上經常使用的血栓溶解劑 -- 尿激 ( urokinase ) 相比較，每一劑量的尿激打入人體後其作用時間約只能維持三十分鐘，但是只要一小碟納豆 ( 約100公克)，其所含的納豆激酶即可發揮於心肌梗塞時所使用的尿激一樣的效果，且其效果又可長達八至十二小時。納豆激酶的功能性傳統納豆製品是由黃豆經納豆菌自然發酵而成，有豐富的文獻支持其具有：
一、溶解血栓的功能(Thrombolytic Effect)，可以運用於防止或改善心肌梗塞cardiac infarction, 心絞痛angina pectoris 、心血管疾病(Circulation Enhancement)、降低血壓(Blood Pressure)(2)、老人性痴呆(senile dementia) 腦中風Thrombotic clogging of the cerebral blood vessels；腦中風cerebral infarction腦出血cerebral hemorrhage
二預防骨質疏鬆Osteoporosis,納豆發酵產品具有大量vitaminK2可以增進骨鈣吸收；
三、提昇免疫力、抗癌；
四、對腸胃不適、現代社會特有的腸激躁症irritable bowel syndrome及便秘具治療性的改善； 五、抗菌，對大腸菌0-157病毒有確定功效(antibacterial effect to prevent cholera, typhoid and dysentery)。
此外，還具美白、抗老化、改善記憶力、改善經痛、經期不順等功效。
參考資料
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