1868年,明治天皇繼位.倒幕派藉機政變與幕府發生最激烈,也是最後的軍事衝突,結果雙方達成協議共組聯合政府開啟明治時代.明治匍登基即發布五條誓文等一系列重要文告申明新政權發展藍圖及至江戶協議後,傳統幕藩體制崩潰,明治維新之意義即在企圖建立新統治秩序—王政復古.在聯合政府下,少數來自薩長實力人物藉明治天皇名義組成權力核心代替幕府成為日本新的領導階層.明治政府雖然承繼幕府遺產但也面對種種問題：國內經濟混亂,政府財政未建立,舊武士階級勢力依然龐大,還有外國強加的軍事及經濟壓力等.這就是明治維新需要克服的難題.
明治政府為應付幕藩體制崩潰後的危機分別進行版籍奉還及廢藩置縣,厲行中央集權.1869年版籍奉還名義上收回諸藩封建自主權,1871年建立徵兵制後憑籍軍力強制廢藩置縣,期間幾番重整政府架構及各地官吏.最終少數公卿及薩長實力派掌握明治政府實權,開啟寡頭政治.考明治政府迅速建立政治體制,一方面在貨幣經濟影響下,蓬勃的商貿發展把各藩緊密聯繫在一起,另方面外國軍事經濟壓力迫使各藩聯合一致支持新政府.此外各藩相對孤立之餘又不願被排除在新政權之外,結果由實力人物主導的聯合政府得以建立,並在列強相互制衡情況下從中漁利,以及在相對穩定的政治架構下進行明治維新運動.
為鞏固中央權力,政府對舊武士階層及社會階級作出改革.政府禁止武士配刀特權,徵兵令結束其壟斷武裝力量殊榮,秩祿處分用公債代替俸祿支付武士,此外政府廉價授與產業,然而大部分武士不善經營導致貧困.大部分武士因此沒落,不滿的武士發動叛亂,以西南戰爭規模最大,最終遭到鎮壓而失敗.新政府發布軍人敕諭,強調軍人職責在於對天皇的絕對服從,與之並行的警察制度終於使政府穩固下來.武士們改以言論與政府相抗衡,要求循西方制度開設國會,藉此打破寡頭對政權的壟斷,結果開啟所謂自由民權之局.
明治政府為追上西方科技水平,於是提倡文明開化,大力引進西方先進事物.1871年設立的文部省參照法國統一學制,鼓勵私人教育.時有福澤諭吉等組織明六社傳播西方事物,包括學術思想及先進機器.西方文化一時大受日本人青瞇.大量聘請專業技師指導國內學員,又大量派遣留學生等等,旨在吸取西方物質文明.同時卻阻止歐洲自由主義等思想在日本傳播,強調自身的傳統,結合東洋道德與西洋技術,即培養和魂洋才,只有這樣才能確傳統政權不被傾覆.
明治政府接過幕府財政爛攤子,入不敷支.政府先用公債代替發俸,又施行土地改革,然後參照西方制度重整金融系統設立銀行,發行紙幣等等措施籌措資金.為發展經濟與西方看齊,明治政府大力推廣殖產興業.在江戶時代,日本經濟已進入資本主義萌芽階段,商業發展蓬勃.1870年明治政府設立工部省,積極引進西方先進生產技術,例如用美式農場開北海道,各項基礎建設如造船,鐵路,電訊等,發展迅速且有效率,同時繫於政府保護國內產業,不少特權商人和武士發展成為大財團—財閥,最終成為西方強勁的競爭對手.
在社會層面,雖然舊體制崩潰,但舊武士階級仍然是社會的主導力量.明治政府將公卿,大名列為華族,武士列為士族,舊有農工商劃為庶民,此與幕府階級統治分別不大.政府允許平民稱姓,出任官職及參軍,禁止買賣人口,廢止了稱穢多的賤民階級,但理由卻是方便戶籍管理,發展軍事力量,而賤民階級至今仍為部落民遭受歧視,另明治政府在發表五誓文同時還發表五榜揭示,即沿用幕府嚴格控制農民的政策,由此可見明治政府的本質實與幕府相差無幾,進步相當有限.
在宗教方面為強調天皇威權,定神道為國教,政府尊神道貶佛教,引起一陣廢佛毀釋運動.究其本質乃在於思想灌輸,培養絕對股從的人民.甚至在日後教育政策上,亦強調忠君的倫理道德.
整體觀看,明治時期改革政策與幕府時代大致一樣,即重商主義抬頭,加上吸取西方技術革新自身,可是幕府限於幕藩封建體制,不利資本主義發展,而明治政府使日本確立統一的經濟市場,進而結束政治上的分裂,結果成就了新時代.
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