等值交換的信念一直是這部作品裏不斷迴旋的主題，「鍊金術」對於二十一世紀的人類而言，一點也不覺得稀奇，利用化學元素、物理原則便可合成種種物質，這就是所謂中世紀所謂的「鍊金術」，替換中國的道家學說，也就是煉丹祈求長生不老，點石成金的技術。這在中古時期，不論中外幾乎是一種想像下，靈與肉足以到達臨界點，創造神靈與肉體相契合，甚至是形上的概念。這也無非為了找尋所謂的永恆，運用圖陣結合人類肉體、知識經驗，創造空前未有的新世界，從中世紀的神職修士、科學家永不懈怠的努力方向。
因此此一動畫所設定的便是一個近代歐洲，這是日本動漫畫最獨到之所在，巧妙地將歐洲近代的莊園、城邦戰爭，融入大和民族的精神，最鮮明的例證，即是愛德華•艾力克鍥而不捨的執念想為弟弟艾爾凡斯•艾力克利用鍊金術以等值的物質交換原則找回人類肉體軀殼。又如，當愛德華受到審訊時，大量的豬排飯擺在面前，這些都是日本人審訊文化中經常出現的物件。
在動畫劇情中設定的「鍊金術」即是：「是以理解物質的內在的法則：理解，分解，再構造成立，進行鍊金術必須按照『等價交換』法則：為了獲得某種東西（例如：漫畫中艾爾凡斯為修補斷了手的鎧甲，而從鎧甲上提取定量之金屬去鍊成新的一隻手），鍊金術師需要以同等的代價交換，代價不夠的話便需要以自己的任何部份（例如：身體的一部分、記憶等等）被作為代價的填補而『被拿走』」（註）。類似修為進而理解，重新建構再創造，這種物質交換者，這是在中古時期科學家甚至是神學家所給予的教養。此一理念被挪用並且將之動畫化，企圖讓每一個環節緊緊相扣，以達圓滿的故事情節。
既是提出所謂的「等值交換」的概念，即使犧牲也在所不惜，其引發的痛苦情結也就是所難免，為了企圖以等值交換換回母親，愛德華、艾爾凡斯兩兄弟自然付出極大的代價，失去一手一腳的愛德華，以進入國家鍊金術士的行列，為了將靈魂所在鎧甲上的弟弟找回身體，尋覓傳說中的「賢者之石」種種的歷險，這在神話中所提出的「英雄崇拜」的模式，塑造英雄必須經歷冒險犯難、犧牲奮鬥，甚至毀壞一切都為了達到英雄的目的。
然而，劇情推演過程慣有的牽絆與記憶，是這部動畫最原始的初衷。這部作品可以看到日本人對歐洲近世的迷戀與嚮往，更重要的是這部作品最讓人動容的正是兄弟情誼的牽絆，當初為了鍊成召喚回慈母是愛德華的執念，賠上艾爾凡斯的軀殼，以致讓他們生生世世，即使在動畫版最後一集，愛德華等值交換後換回了十歲的艾爾凡斯，自己卻被拋擲到真理之門另一方的二十世紀初的倫敦，與父親馮•霍恩海姆共同居住，依舊念茲在茲的想回到艾爾凡斯的身邊，這不僅是肉體上的羈絆（愛德華以自己的鮮血畫出鍊金術陣式將弟弟的靈魂固定在鎧甲上），更是孺慕的兄弟之情的牽連，他們找尋「賢者之石」歷險犯難、休戚與共，無法分離，艾爾凡斯的鎧甲也必藉由愛德華的鍊金術才得以完整，這種種的情感牽繫，相隔千里無法割斷。
記憶同樣也是情節中反覆出現的主軸之一，只要述及愛德華企圖完成的鍊金術之意圖，幾乎記憶皆會隨之受到召喚，成為此作品的複聲調，從牽絆纏繞的親子情懷衍生的記憶迴旋曲，構成整部動畫的完整性。記憶作為此一複聲調，其具有美麗、補足與塗抹的意圖。過往如何的不順遂，在英雄鍛鍊的歷程中所有的殘缺、痛苦、危險往往在一次次記憶的淬鍊下，讓每次的冒險成為另一種美好經驗的完成，讓這些血腥、不完整、痛苦、悲傷的歷程，通過記憶選擇性的美化、除去這些感傷、悲痛的過往，讓歷險成為另一種成長，也讓愛德華與艾爾凡斯間的牽絆更加深，這也是為什麼不管是愛德華等值交換下的身體出現時，艾爾凡斯幾近瘋狂的想取回拉斯拿走哥哥的手與腳；當艾爾連帶鎧甲幾乎要消失於鍊金術陣內，愛德華不惜一切以肉身交換回艾爾凡斯。
人類永遠在企盼所謂的「永恆」，並非僅是肉身不滅，《鋼之鍊金術師》裏所否定的是僭越神權，當人體鍊成術成為愛德華汲汲營營追求之際，以活人鍊成「賢者之石」不為本主題所接受，生命自然規律的運行：生老病死，大自然的循環，物種的生滅，這才是正道，當人僭越神權之時，在這部作品視為可憎之舉，也是愛德華•艾力克企圖要找回弟弟的身軀最痛苦的掙扎。道德倫理、自然法則，在人類理性是可以被接受，然而涉及親情的羈絆與愛戀糾葛之際，情感上卻是不斷的想超越這有限的肉體與理性。這也是人類生命最大的課題，究竟人類的基因工程中，複製人的存在，是否是一種神權的僭越？抑或是為了人類自尊自大的存在？其界線曖昧模糊，往往正是悲劇所導致的原因。
儘管《鋼之鍊金術師》動畫是從愛德華與艾爾凡斯兩兄弟之情，想要藉由人與神間交際點，找回自己的身體與召喚回過往無憂的生活歲月，此一命題是如此的狹小，然而卻深刻的觸及到究竟人類前途何去何從，當巨大的命題在眼前之際，每個悲劇的誕生，幾乎是塑造英雄的過程令人悲戚。而每一樁悲劇，無非人的貪嗔癡愛，即便是人造人奪取賢者之石，也是為了成為真正的人，那麼如此一個想望亦可理解中諒解，這也是人無從全然理解他人情境的窘境，通過語言、文字、影像，人類所要建立的不正是共同理解的橋樑？企圖找到自身出路的最大目的。
註：維基百科全書《剛之鍊金術師》，網址：
http://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%8B%BC%E4%B9%8B%E9%8D%8A%E9%87%91%E8%A1%93%E5%B8%AB