台灣綜合研究院
2002年底親民黨立委李慶安等人接獲前國安局出納組長劉冠軍案案情的「磁碟片」，內容詳載國安局「奉天」、「當陽」專案等經費用途及流向。親民黨質疑，經費及孳息共60億元，部分供前總統李登輝用於特殊政治用途，包括研究「兩國論」、資助台灣綜合研究院等。國安局只將其中30億元繳回國庫，其餘約30億元去向不明。
李慶安等人將磁碟片交給檢察總長盧仁發後，盧指示台灣高檢署清查，發現國安秘帳經費不只用於外交、情報工作，另有數億元匯入台綜院等單位後，疑被計畫性的匯往國外洗錢，再匯回國內私人帳戶。
緊「咬」李前總統
2003年7月18日，台北地檢署向法院聲請羈押禁見國安局會計組長徐炳強獲准。徐炳強稱，他在民國82年間到國安局任職，劉冠軍已經在做上級交辦的「秘帳工作」，並不是他安排劉冠軍經手這些鉅款。徐的供詞緊「咬」李前總統，供稱當初執行「鞏案」經費是殷宗文傳達前總統李登輝指示，要他辦理相關事宜；國安局的秘密經費會轉到台綜院，也是李的指示。
8月15日，檢方再聲押前台灣綜合研究院院長劉泰英，但被駁回。劉供稱，台綜院是國安局的「外圍組織」，外交部歸墊「鞏案」經費後，李前總統指示以秘帳款項專案資助台綜院成立第四所；為順利執行專案，部分款項才透過「海外操作」。
國安秘帳案，台綜院院長劉泰英涉嫌以洗錢和賺取匯差方式，Ａ走750萬美元部分，檢調進一步約談兩位證人，前國安會副秘書長林碧炤和前國安局長丁渝洲。丁林兩人均證實，台綜院第四所是李登輝總統批示成立的情治外圍機關。台綜院第四所成立後，林碧炤先出任所長，第一期開辦費用1000萬元，全部來自國安局，此後每年均以專案研究計畫名義向國安局申請補助。林碧炤現任政大副校長，他在接受檢調詢問時證稱，徐炳強交付劉泰英的鞏固邦誼案資金，以及劉泰英利用美金旅行支票洗錢再轉入台綜院的過程，都與國安高層當時成立第四所原旨無關，他也沒介入。
先後擔任過國安局長、國安會秘書長的丁渝洲證稱，國安局當年是用外交部年度預算結餘款墊付鞏案經費，並未用到國安秘帳的錢。
「鞏案」的內幕
在關鍵人物陸續被約談到案說明之後，國安秘帳流向台綜院的內情也逐漸明朗化。原來1994年4月4日，李總統到南非參加曼德拉總統就職典禮，當面答應撥1000萬美元幫他償還競選時欠下的一半債務，另一半則由馬來西亞馬哈地總理援助。那時因會計年度即將結束，外交部預算早已用完，李總統因而令國家安全局以「鞏固邦誼案」的名稱，支付該筆費用。駐南非大使館與外交部為鞏案所有往來電文，都說這筆款項是國安局提供，從未有國安局「墊付」或「暫借」給外交部之說。
依決算法規定，政府機關每年所有開支，在該會計年度結束後兩個月內即應辦理決算。用掉的經費，將單據送審計部審核，就完成報銷手續。鞏案款在民國84年度開支後，依理應於次年報銷，最遲不過再拖個一年。但4年之後，國安局忽然函請外交部「歸墊」。外交部官員認為國安局早該把該款報銷，不能與民間「欠債還錢」相提並論，因而反對歸還這筆款項。胡志強部長當時也有同樣的疑惑，但此後數月內，總統府秘書室主任蘇志誠卻曾不斷示意外交部付款，期間李總統還一度命親信總政戰部主任曹文生來問他：「外交部的錢還了沒有？」但受蘇志誠「轉達上面的意思」後，外交部不得不從民國88年的預算裡，硬擠出1000萬美元給國安局。
查案的關鍵
因此如果檢察官真的要調查本案，首先應向審計部調閱案卷，看國安局在民國74至78年的報銷裡，有沒有這1000萬美元。如果真已經報銷掉了，那就是「一帳兩報」；從殷宗文局長到傳話的蘇志誠，甚至李前總統，都難逃刑法侵占公款、偽造文書與貪汙的罪嫌。由於這1000萬美元「還」給國安局後，殷故局長指示會計長徐炳強與出納劉冠軍做假帳，將款轉手給尹衍樑，才發生從國內「洗錢」到新加坡，最後又回來的小部分錢被劉冠軍拐走，大部分則流向台綜院第四所的情事。
檢調為查明國安秘帳的始末，在徐炳強、劉泰英、丁渝洲等人陸續到案後，雖然積極按預定的程序，計畫約談李登輝，但是在李登輝表達強烈反彈後，即開始有各種壓力浮現，造成約談李登輝的時程也一拖再拖。
李登輝要逃到國外
在這段期間，李登輝跟陳水扁兩人曾四度密集會晤，說明國安秘帳的必要性。李登輝認為，國家定位的問題，除了在國內要說清楚，在國際上也必須講明白，尤其是取得美國和日本的認同，讓台灣逐步成為「正常」的國家。李登輝表示，如果只是靠官僚體系內成員和正式的外交管道，不管內部和國外都會有很多困難和阻力，因此需要透過國安單位進行秘密外交，才能提升台灣的國際地位。他並且以總統直選和兩國論為例，證明過去國安單位進行的遊說和秘密外交是有效的，因此李登輝也希望這些秘密外交的管道和人脈能繼續，並準備傳承給陳水扁，繼續推動直接有效的秘密外交。
10月31日，前總統李登輝在「全國挺扁總會」成立大會上，突然爆出「如果這一戰（阿扁）沒贏，我就要逃避到國外活命」。李登輝此語一出，立刻引來不少笑聲。這段話雖然聳人聽聞，現場人士未必當真。然而，李登輝是否涉及國安秘帳等弊案，至今仍在司法調查中，他的話說得輕鬆，卻很難不被政敵聯想成「畏罪潛逃」。經台聯人士提醒，李登輝立即罕見地邀集記者，主動說明：他的真意是「阿扁若下台，共產黨就來」，避免效應擴大。
李登輝出庭作證
3月10日，蘇志誠出庭接受詰問時表示，他是受李前總統指示才要求外交部還錢，胡志強表示不還錢後，蘇還再問過李前總統：「這筆錢外交部要不要還？」因此蘇志誠才會再表情嚴肅找胡志強，胡因此研判是高層授意蘇，當時外交部事後才動支第二預備金還錢。
蘇志誠接受詰問時，對於關鍵的外交部歸墊專案餘款的美金799萬餘元，為何會交由劉泰英使用，蘇都表示不知道或忘記了，對於國安秘帳此部分的盲點，由於殷宗文已經過世，必須由李登輝或劉泰英出庭說明才能釐清。
「只知來龍，不知去脈」
2004年4月14日，台北地方法院傳喚前總統李登輝為國安秘帳案作證，庭訊中，李登輝承認金援南非的事，但最後國安局到底歸墊了這筆錢沒有，他不清楚，對很多事「只知來龍，不知去脈」。但他明確表示，國安秘帳的代號很多，他不記得有「鞏案」這個代號；國安秘帳不是他主導，他也沒叫當時的總統府秘書室主任蘇志誠向外交部長胡志強催款；國安秘帳的錢流到台綜院，是殷宗文及劉泰英兩人做的事，與他無關。 徐炳強則說，鞏案相關資金的運用，殷宗文都會向李登輝報告，李不可能不知情。
被告前國安局會計長徐炳強提出一份與前國安局長殷宗文及台綜院長劉泰英共同簽名的備忘錄與李對質；雙方對備忘錄內容各執一詞，並當庭起爭執。
三人簽名的備忘錄
這份備忘錄的由來，是前年3月，當時的國安局長丁渝洲指示會計長趙存國查帳，發現外交部於民國88年間返還的1070萬美元，短少799萬餘美元；徐炳強為說明這約800萬美元的流向，寫了一份備忘錄，指這筆錢是經李登輝總統核可，撥交台綜院第四所全權運用，由他及殷宗文、劉泰英共同簽名。但李登輝堅稱備忘錄的內容與事實不符。
依徐炳強的供述，有關外交部鞏案歸墊款799萬餘美元，運用作支援台綜院第四所，進行秘密外交及國家安全的用途，是殷宗文奉李登輝的口頭指示辦理。殷宗文等人認為：口頭指示無法銷帳，為了使程序完整，即簽報相關公文呈李登輝批示，但公文一直沒有下來。
由於公文沒下來，國安局又在查帳，殷宗文與劉泰英、徐炳強等三人就一起到李登輝的大溪寓所，要求李登輝「補個書面資料」給他們，以便對國安局的查帳有所交代，但李登輝不肯。
徐炳強供述，他們離開大溪寓所後，擔心他們當初的奉命行事，將來會有麻煩；三人商議後，由他擬妥三人當天與李登輝見面的內容作為備忘錄，三人在備忘錄上簽名認可，作為國安局查帳時，補正原始憑證短缺的依據。
李登輝堅不認帳
當天庭訊時，合議庭提示備忘錄要求李登輝表示意見。李承認殷宗文當時帶了徐炳強來找他，但劉泰英是否在場，他已記不得。他不了解徐炳強為什麼要突然來看他，寫下「這個東西」，他也不清楚目的何在；裡面的內容不實在。他很不滿意徐一直咬住他與國安秘帳案有關。
由於備忘錄內容事關案情重大，可以佐證徐炳強及劉泰英究竟僅是「奉命行事」或貪贓，及李登輝是否因指示殷宗文等人辦事而涉入國安秘帳案，合議庭便隔離訊問李登輝。李矢口否認備忘錄內容後，傳喚徐炳強入庭，讓徐看李的作證筆錄。
「治國不過問細節」？
徐炳強很驚訝李登輝否認備忘錄的內容，當庭要求與李登輝對質，由他直接詢問李登輝一些問題；對質時，兩人仍對備忘錄內容各執一詞，並數度爭執。李登輝在對質過程中，嗓門提高許多，但對質結束後，李反而當庭幫徐炳強緩頰，認為徐炳強或許是會計人員做事考量的方法比較不一樣，「當然要聽殷宗文的話」。
徐炳強供稱有關資金流向台綜院情事，都是殷宗文奉李登輝指示辦理，他則是依殷宗文的命令執行。但李登輝前此否認知情，也堅稱沒有指示殷宗文做這些事。公訴檢察官在庭中也認為，李登輝是國家元首，「治國不過問小事細節」，李登輝可能對國安秘帳款項流向台綜院的事不知情。
怪異的「證詞」
李登輝的「證詞」有許多不合常理之處：第一，如果李登輝知悉國安秘帳的「來龍」，那就是明知國安秘帳內的款項皆為公帑；既知為公帑，數額又極大，則豈有在公文上批「悉」，卻稱不知金錢用途之理？若皆不問「去脈」，則李登輝先前又為何公開聲稱「沒有一毛錢放進口袋」，為他自己在國安秘帳案的作為辯護？
第二，台綜院在李登輝卸任總統以前就已成立。台綜院購買供李登輝所用的辦公室，以及成立從事秘密外交工作的部門，用的都是國安秘帳的錢。李登輝卸任後，隨即就任台綜院的名譽董事長，其親信蘇志誠、女兒李安妮亦先後出任台綜院要職。這麼長的時間、這麼密切的互動，李登輝怎麼會不知道台綜院大筆經費正是國安秘帳的「去脈」？難道李登輝用錢從來不問來源，從不考量其中的法律和道德風險？
檢察官避重就輕
第三，李登輝將公帑流入台綜院的責任都推給了殷宗文和劉泰英，並表示自己不知情。然而，當被告國安局前會計長徐炳強激動地表示他是奉上級指示辦理，並要求和李登輝對質後，李登輝卻又表示「徐炳強是下屬，當然要聽殷宗文的話」，似乎有意為徐求情。如果此案確是由殷宗文和劉泰英所為，李登輝確實不知情，他又憑什麼斷定徐只是聽命行事，又如何確知徐本身並未參與？
倘若檢察官堅持所謂的「法曹倫理」，李登輝這樣的「證詞」是根本過不了關的。可是，本案的檢察官卻十分的「客氣」，並未點破李登輝證詞的疑點，反倒說什麼「總統治國不過問小事細節」，分明是有意放水。其實，檢方本來應該將李登輝涉嫌的部分一併偵辦，才能實現公理正義；但檢方不僅未將李登輝列入偵辦對象，當李登輝出庭作證時，又在詰問方面避重就輕，本案被告真正的責任不明，法院不論怎麼判，都很難令人心服。
法庭的判決
2004年9月27日，台北地方法院判決國安秘帳案唯一受審被告徐炳強無罪。主要理由是合議庭採信一份「殷宗文的手札」，認定徐確實奉殷宗文的指示行事。本案審理時，公訴檢察官認為，殷宗文的手札應視為「傳聞證據」，不足採信；但合議庭函詢國安局，向殷宗文的機要隨從查證，證實殷宗文每週二上午固定向李登輝總統報告事情，手札大多是在週一記載第二天要向李登輝報告的內容，屬自己報告參考之用，不對外公開，所以沒有做假的必要，手札具有證據能力。
殷宗文在手札中提及，台綜院第四所（戰略及國際研究所）是民國86年間奉總統核定成立，為國安局的外圍組織，經費由國安局補助支付。在「殷宗文在手札」中88年2月12日及4月12日分別記載「戰略研究所需要大量經費」、「戰略研究所經費、基金及人事，外交部歸還款已撥付劉泰英」。合議庭因此認定，徐炳強是奉殷宗文的指示，將750萬的美金旅行支票交給劉泰英，徐炳強只是奉命行事，沒有與劉泰英共同侵占公款的意圖，因此宣判無罪。判決書並指出，關於劉泰英挪用公款涉嫌犯罪部分，既未經檢察官起訴，法院因「不告不理」無權加以審判。
「割裂辦案」所為何來
國安秘帳案在貪瀆部分的情節其實十分清楚，即秘帳中用以支付南非外交工作的一筆款項，後來由外交部「歸墊」；歸墊回來的錢，卻又轉為台綜院購買房舍以及其他費用沖銷。偵辦的方向當然應是：總共折合台幣2億7000餘萬元的鉅款，究竟是由誰下令、經誰操作，而由公帑轉為台綜院之私用？
倘若檢察官能追究下去，則劉泰英將公帑挪為私用，究竟是出於他自己的意思，還是受到上司即台綜院名譽董事長李登輝的指示行事，當然即可真相大白。因為，無論從國安局和台綜院兩方面來看，國安局這邊下令付款的長官，追本溯源，李登輝豈無關係；另在台綜院這邊將公帑轉為私用，詳究起來，李登輝同樣還是躲不掉。
但檢察官竟然割裂全案，國安局這邊將責任推給死者殷宗文，且要徐炳強一人扛下，甚至主動求刑15年；至於台綜院的責任，又將劉泰英部分留中不發，因此法院認為，劉泰英拿到國安局的錢之後，挪為台綜院購屋私用所涉及的犯罪，基於「不告不理」，不在本案審理範圍。檢察官顯然就是要避免牽出李登輝，「國安秘帳案」也因此完全辦不下去。
文章定位：
